除此之外，还有一件事也让杨侗和元文都等人心惊肉跳了一把，书信的最后，竟然还盖着大隋郑王王世充的朱砂大印！——杨侗给王世充封的爵位可只是郑国公，王世充现在又冒出了一个郑王爵位，是谁封的，杨侗和元文都等人当然是用脚指头都能猜到。
很简单的离间计，但年幼识浅的杨侗和昏庸忠臣元文都等人还是中了计，一个剪除内奸王世充的计划也随之迅速出笼，元文都提出在宫城内布置伏兵，待王世充上朝时突然动手，将他拿下问斩！早就在怀疑王世充的杨侗没考虑多少时间就同意了元文都的建议，接着元文都又立即找来了段达、卢楚、郭文懿、皇甫无逸和赵长文等朝廷忠臣，向他们公布了杨侗的决定，并且与他们一起商量动手计划，迅速决定在一天后的早朝时动手除掉王世充这个祸害！
杨侗和元文都自然严重低估了王世充，事实上早在李密军使者把尸体送进宫城没过多久，王世充就已经听到了风声，接着杨侗连夜召见卢楚和段达等人的消息，也很快就被监视他们的眼线送到了王世充面前，杨侗召见六大辅政重臣却单单漏了自己这点，自然让王世充疑心大起。所以王世充不仅立即派出了大量人手探听消息，还立即加强了保卫工作，不给元文都等人突然动手的任何机会。
同时王世充的运气也相当不错，虽然他并没有探听到元文都等人的计划，一天后当元文都等人在宫城里布置了埋伏准备动手时，王世充却突然崴了脚受了些轻伤，为了休息被迫告假，在无意中躲过这次大劫，也让元文都等人的苦心布置付之东流。
王世充的告假还引来了一个意外后果，那就是都和段达等辅政大臣吓了一个魂飞魄散，在不知道王世充是真的被迫告假的情况下，元文都和段达等人无不怀疑风声已经走漏，王世充已经知道他们准备杀他。其中性格懦弱的段达在极度恐惧之下，为了保住自己的性命，居然脑袋进水的派出了女婿张志跑到王世充面前告密，还让张志告诉王世充，说自己负责太阳门的防御，王世充如果愿意进兵宫城，他可以打开太阳门迎接王世充入宫。
就这样，东都兵变不可避免的发生了，怒不可遏的王世充为了自保，也是出于本能的自卫，立即召集麾下将领商议清君侧，而忠于隋炀帝的大将费青奴已经在此前战死殉国，余下的掌兵将领不是王世充的亲戚，就是王世充的心腹，又饱受缺粮折磨牢骚满腹，对成天舞文弄墨不干正事的无能忠臣元文都等人早就充满怨气，听了王世充的决定不仅没有一人反对，还全都鼓掌叫好，立誓追随王世充行事。
再接着，王世充立即集结了以淮南旧部为骨干的两万精锐，向他们公布了元文都等人准备冤杀自己的事，当众宣布起兵清君侧，又承诺成功之后重赏士卒，把日渐短缺的城内粮食优先供应过饱受缺粮之苦的军中将士，两万将士在将领率领下齐声领命，接着又在王世充的亲自率领下向皇城开拔，刀锋直指东都皇城外唯一适合大规模作战的右宣辉门。王世恽和王世辨等人也立即率领其他城门的驻军，迅速封锁城内大小道路及天津桥等要害，禁止行人通行。
关键时刻，杨侗和元文都等人又干了一件蠢事，没有固城自保，还命令守皇城的将军跋野纲率领皇城守军出门反击，知道王世充厉害的跋野纲被逼率军出城，再当看到王世充的大军杀气腾腾的扑来时，很清楚自己不是王世充对手的跋野纲干脆利落的临阵投降，献出右宣辉门还率军加入了王世充的兵变行列，王世充的军队长驱直入，迅速接管皇城并直扑太阳门。
和约定的一样，段达很守信用的打开了太阳门迎接王世充入城，正在督促御林军守卫其他宫门的元文都和卢楚等人措手不及，只能是赶紧奔回乾阳殿去求杨侗救命，杨侗被迫无奈，只能是走出乾阳殿外，厉声喝问王世充来此做甚。王世充下马，忍着脚疼向杨侗跪拜叩首，大声说道：“陛下，元文都和卢楚等奸臣听信谣言，无端要杀害微臣，微臣不得以率军清君侧！请陛下处死元文都和卢楚等奸臣佞贼，微臣情愿领罪！”
与此同时，匆忙率军赶来增援的将军费曜被王仁则轻松击败，王世充军迅速包围乾阳殿，王世充再次开口逼迫杨侗交出元文都等人，年仅十五岁的杨侗受胁迫不过，只能是命令侍卫拿下元文都和卢楚等人，交给王世充处治。而当侍卫按住了元文都后，元文都流下了眼泪，哽咽说道：“陛下，老臣今日死，恐怕明天就轮到你了。”
听到这话，杨侗放声大哭，却还是没有勇气留下元文都，仍然还是挥手让侍卫把元文都等人推下乾阳殿，交给王世充军乱刀砍死。
元文都，你是个忠臣，是你阻止了陈应良独霸东都，你也没有看错王世充，但是，你是一个无能的忠臣，你没有能力挡住历史巨轮的七十码。
隋义宁元年、皇泰元年七月二十一日，王世充在江都发生兵变，杀元文都、皇甫等五大辅政大臣，并处死他们全家，皇泰帝杨侗被迫不过，只能是册封王世充为左仆射，总督内外诸军事。东都军政大权，从此全由王世充掌握，东都姓了王，西都姓了陈，大隋东西两都，居然双