与此同时，常州知府的捷报也送到了南京城中，李信在江滩一战被王有珍大书特书，当然也少不了他坐镇后方的一份功劳。几位尚书在政事堂里掂量着这份捷报，心中五味杂陈。孙鉁从这份看似花团锦簇的捷报里却看出不少猫腻来。比如斩首不过数百，至于海寇的大船结果则只字未提。其事实真正的情况可能是海寇并未遭受重创，他们很可能转而劫掠其他地方去了。
孙鉁的猜想没错，海寇劫掠了苏州府太仓，太仓城破，知县以身殉国，百姓遭受劫掠，损失不计其数。这对南京诸位重臣不啻于晴天霹雳，海寇能劫掠太仓就能劫掠常熟，进而还可能向东南劫掠松江府。须知苏松二府，是南直隶乃至全国的财赋重地，如果让海寇祸害了，可就不是三两年能够恢复元气的。这个责任谁来担？许多人的目光都不约而同的望向了身体虚弱，心力交瘁的南直隶巡抚孙鉁。
孙鉁猛烈的咳嗽了一阵，才强忍住收声。
“孙鉁奉旨巡抚南直隶，守土有责。眼下事已至此，我要调用李信三卫军戍守留都重地，诸位可有异议？”
三卫军在南直隶应天府地界驻扎，一直名不正言不顺，地位比较尴尬。孙鉁一直谋求三卫军在南京有合乎现实的理由，而今既然诸位尚书都退缩了，不想承担责任，他索性就借机提出来。
“只怕不妥吧！镇虏侯统属京中并未有定论，若贸然提调，只怕于体制不和……”
工部尚书熊明遇旗帜鲜明，提出了反对意见。孙鉁也冷眼相看，也没有好脸色，直接回了一句：“巧妇难为无米之炊，熊尚书既然觉得不妥，想来你是有妥当的办法了？既然如此，孙鉁让贤就是了，正好病体所累，已实在负重难堪！”
熊明遇哪里敢接这个烫手的山芋，终于让步了。
“孙部堂说哪里话，老夫也只是随口一说，不过应对海寇，也不是全然，，没有注意，福建总兵郑芝龙麾下水师身经百战，不如调他俩击贼！”
户部尚书郑三俊，当即提出质疑。
“这伙海寇挂着郑芝龙的旗号，如果双方果有牵连，招郑芝龙前来，岂非是前门驱狼，后门进虎？”
郑芝龙海盗出身虽然已经招安，但是却类似于听调不听宣地位，将福建沿海经营的俨然好似一个独立王国。就算海寇与郑芝龙没关系，谁又敢保证在这种风雨飘摇之际，此人没有二心呢？
不过众人赞成熊明遇意见的多，总要派人去一趟，毕竟如果没有像样的水师，那股海寇在长江水道上来去自如，等于截断了南北的交通。更要命的是，长江粮道一段，顿兵在太平府的魏国公岂非就面临断粮的危险？
于是孙鉁当面拍板，责令留守总兵邵化龙负责南京城防，李信的三卫军负责应天府，伺机开赴江南各府应援。同时，又派专人往福建晋江送信，敦请福建总兵郑芝龙率水师开赴长江口打击海寇。