张亮基在刚任云贵总督初期，面对云南的糜烂局势束手无策。，
1861年底，马如龙联合昆阳杨振鹏和新兴田庆余部回民军，再次向昆明进发开始对省城的第三衣围攻。
1862年（同治元年）初，云南府所属各州县大都被回民军占据，昆明成为一座孤城。当时坐镇昆明的云南巡抚徐之铭迫于形势，不得不改变一意主剿的态度，一面准备向回民军发动军事进攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民军中“议和”，用高官厚禄引诱他们投降。
张亮基刚一上任便遇到这样的麻烦，岁面临的形势着实不容乐观，
所幸他身边的总督卫队五千将士，都是由乡勇队帮忙训练战力强悍，不然只怕他连云贵的地面都不敢轻易踏足，这地方实在太过凶险。
而且刚开始吴可新任两广总督，也需要理顺两广事务才好腾出手来帮助盟友，刚开始那段时间只能独立奋战几乎没有外援。
此时回军将领马如龙认为机会难得，立即拜倒在云南巡抚给出的高官厚禄面前，声言“世受皇恩”，“志在报效，历年汉回仇杀，不得已铤而走险，非敢叛逆，今愿率众投诚”。
1862年3月经过一番羞羞答答的讨价还价，回军大将马如龙、马德新、杨振鹏等人正式向云南清军投诚。为了表示对朝廷的“忠顺”，马如龙等亲自到各地说降，胁迫各地将士解散或撤退，各路回军占据的昆明四周的昆阳、新兴、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民等城拱手献给清军。
他们的输诚行径受到了新任云贵总督张亮基的赏识，在张亮基以及云南巡抚的操作上奏下，朝廷很大方的授予投诚回军大将马如龙“署理总兵”的官职，授予投诚回军将领马德新以“二品伯克”之衔。
张亮基倒也是好运气，刚一上任云贵总督对任事务两眼一摸嘿之迹，便遇到如此好事自然不会轻易错过。
他在中原地区任职期间，吴可的乡勇队和左宗棠的楚军跟随左右，无论是河南还是淮北之地论凶险都要比战乱四起的云贵厉害得多，不管是河南的数十万捻匪还是临近的太平天国老巢，稍一不慎便有杀身之祸临头。
任职中原期间他虽然没有亲自指挥过战斗，都由手下两员大将吴可以及左宗棠帮忙解决，但手下总督卫队将士也都是见过雪经历过事儿的狠角，可能指挥大规模作战不成但是战场厮杀却是半分不秫。
经历过那么多风风雨雨，对于如此剿匪平叛有自己的一套准则，初上任时还没来得及开展工作，治下叛乱情况便有所好转，这对于张亮基来说是件好事。
而回军大将马如龙、马德新等降清后，大理杜文秀继续坚持反清斗争，滇西回军武装则成为云贵总督以及云南巡抚等的心腹之患。
回军大将马如龙、马德新等人在云南督抚大臣的授意下，接二连三地对杜文秀进行诱降活动。1862年夏马如龙写信给杜文秀，并派杨振鹏前往大理，一面以高官厚禄诱劝杜文秀投降，一面以军事进攻相威胁。
马如龙在6月2日（五月初六日）的信中声称：“如以和为非，则卧榻之侧，岂容他人鼾睡，官处必发兵西向。此时两迤（指滇东、滇南）既和，迤西（即滇西）孤立。前省［军］西发，每为东南所扰，故尔无功返。……刻下省垣无南顾之忧，官兵得专西伐之力，则迤西虽有数城之众，恐难敌全省之师。尔时欲迤南赴援，弟等已授职官，宜报朝廷，必无赴救之理。”
可大理杜文秀早已对朝廷失望彻底，哪会轻易听信马如龙的劝告？
他接信后既不为马如龙所述高官厚禄所动，也不理睬马如龙等的恐吓。在给杨振鹏的回信中他一针见血地指出，官府的所谓和议，“不过因江南未靖，西洋复来，各省纷争，天下鼎沸，暂为缓此急彼。俟彼处稍定，必将举全师以压我境。迨至彼时，［我兵已散，我将各离，始知朝廷包藏祸心，则谋不及施，勇不及逞，嗷嗷待毙，悔之晚矣！”
6月下旬，杨振鹏到达大理，杜文秀仍严词拒绝，“坚执不从”。1863年夏，马如龙又派他的亲信马负图到大理劝降，杜文秀斩钉截铁地回答：“马云峰（马如龙号云峰）做马云峰的官，我杜文秀造我杜文秀之反。想我杜文秀归顺，除非黄河水清。不然万万不能。”
1864年，马德新亲自出马，前往大理游说。杜文秀仍然拒绝讲和，说他“看不起那些身为回军大将，倒反去接受清廷手下的一点官职”。铿锵有力的拒绝说降，表明了他与清廷势不两立的决心。
张亮基也是初次遇到官军实力不如匪军的情况，刚开始时自然不敢有任何马虎大意。趁回军马如龙等投诚之迹，命令其与官军配合先稳定云南东部以及南部的局势，至于糜烂不堪的西部地区先放在一边不做理会。
经过两年多时间的熟悉，张亮基已经彻底掌握了云贵军政大权，加之吴可早已控制了两广军政大权，能够抽出手来帮助老丈人平息治内叛乱，于是张亮基准备对大理乱匪杜文秀部用兵。
1863年6月，云贵总督张亮基令署云南提督马如龙防守省城，筹集粮饷军火；令署理布政使岑毓英率军进攻滇西。
8月，岑毓英率清军从昆明出发，于11月20日占领楚雄。此后岑毓英以楚雄为基地，分兵向大理进犯。清军虽先后占领了大姚、永北、邓川、宾川、浪穹（今洱源）、赵州、云南、