但是，关宁军和建虏的关系有默契的一面不假，也有根本矛盾的一面，从建虏的角度来说，彻底收服关宁军，用关宁军作为先锋，才是打进中国的妙方——毕竟满洲人太少了，根本死不起人，所以要想夺取大明江山，就必须用海量的汉奸部队，而关宁军作为大明重点培养，战斗力相当强的部队，能在关内明军中起到连锁反应，这不单纯是经济问题，也是政治问题.
所以关宁军的利益在于不冒险进攻建虏，并不代表建虏不会积极进攻关宁军。要知道，建虏的本质是土匪，而且是很穷的土匪。在土匪没有余粮的情况下，去抢地主，抢大户是天经地义的。于是，在建虏驱赶了蒙古林丹汗，重创了东江军并且使朝1鲜屈服了之后，马上再次进攻关宁军。目的同宁远那次一样，掠夺物资，也就是打劫。这次，关宁集团和老袁应付的办法还是查不多，重要人物都缩到宁远和山海关，其他地方就随他去了，投降也好，抵抗也好，逃跑也好，我都不理，反正建虏抢的差不多也就退了。（还有一个因素就是东江军了，这个放在以后再说，这里单说关宁集团）除了一点意外之外，战争的基本进程都在关宁集团计算之中，一点意外当然是指锦州的赵率教了，他没投降也没跑，而且建虏也没把他怎么样。这个意外给了明廷一个提示，就是在建虏大举抢1劫的情况下，单单守住一座城堡，哪怕城堡里有点物资，并不是很难，并不是只有你袁崇焕才能守住的。更何况，锦州不是宁远，锦州是后修的，八成也是豆腐渣工程，而且位置比宁远要靠前的多。于是在，所谓“宁锦大捷”后，老袁被遣散回家了。
可以说这两次关宁集团炮制出来的大捷对明末形势确实有着深远的影响，在这两次大捷之前，因为自己也穷的要死，所以蒙古的亲明部落对建虏还是有很强的进攻**的，每次攻击建虏他们也都报捷，不过明廷要看到首级后才给赏钱。但是这两次大捷，清楚的告诉了这些蒙古亲明派，就是你亲明也就是能得到一点赏钱，至于生死存亡这个最重要的层面，人家根本没把你当回事儿，根本没当你是自己人。你们的价值，也就是给关宁军修城堡争取一点时间罢了.
加上林丹汗战败的的影响，在生死存亡之际，许多蒙古部落纷纷转化立场，或者首鼠两端，或者直接站到满清一边.最直接的就是袁崇焕和满洲的议和，当然袁崇焕和满洲的议和不是袁崇焕个人的问题，也很大可能只是袁崇焕的个人策略，但是袁崇焕和满洲的议和对蒙古人的外交影响是非常大的.
（要知道明廷对外态度一向是毫不妥协的，土木堡之后，连皇帝被人家抓了明廷也没割地求和。对蒙、对日、对荷兰，明廷的字典中没有求和这一项）在袁崇焕和满洲的议和后，在关宁军龟缩不出，加上满洲人的压力之下蒙古亲明各部纷纷和建虏妥协，毕竟你大明可以和满洲虚与委蛇，蒙古部落显然也可以，这直接埋下了日后“已已之变”的祸根。
这次大捷的真相关宁集团并没有办法完全掩盖，因为一个是影响太大，另外一个就是关宁还是有不少被明朝作为沙子参合进来的外来户，比如满桂、比如赵率教。所以，在关宁集团报功后不久，天启皇帝还是了解了真相，了解了袁崇焕这个监军完全失职并且跟关宁军沆瀣一气的事实。在对关宁军投鼠忌器的情况下，天启皇帝也只能查处监军了事，而且为了不过分刺激到关宁集团，对袁崇焕也只是免职而已，没有进行审查之类的动作。为什么皇帝会顾忌关宁集团呢？我觉得事情是这样的：
其一、关宁军的军阀化，孙承宗任职期间，他并没有有效的控制住关宁军，而关宁军长期处于战争状态下，享受的战争补贴已经大大的加强了他们的力量，加上后来他们扶植的袁崇焕，他们已经实际的半军阀化了，这也是为什么熊廷弼开始的时候提出辽人守辽，后来又推翻自己言论的原因，毕竟惹急眼了关宁军，人家坐视不理让满洲进关，还是直接投降满洲，都是明朝的滔天大祸，军阀化以后的关宁地方集团已经不是朝廷能够用以往那一套仅仅发饷银能够控制的了。
其二、山海关又在关宁军掌握之中，一旦他们学习李永芳之类的汉奸，全面投向建虏，那么后果的确不堪设想，看看后来建虏的入关就可以了解这个状况。
其三、东江军的成本也不小，虽然东江军敢于再艰苦条件下死拼建奴，可是毕竟东江军来自东北辽民的身份决定了明朝想用他们，就必须管这些逃难辽民的死活，这点让大明文官们相当不满，而且这个时候的东江军还没有能力独力面对建虏。但是，毫无疑问的，明廷是打算扶植东江军以牵制关宁军的，天启七年，朝廷就曾打算让东江军移镇盖州，只不过顾虑东江军也逐渐军阀化【话说大明朝对军人军饷偷工减料这一套，决定了时间稍微长点，将领基本都会军阀化】才搁置了提案。但是在袁崇焕二次上台前，东江军是在壮大之中的，明廷的态度也是有限的支持的。
所以，在撤掉了袁崇焕后，明廷开始转移注意力到东江方面，并且压制关宁集团，怎么压制呢，慢慢的减他们的饷，慢火煮青蛙么。在这个过程当中，关宁集团是没什么办法的，因为他们不在走头无路的时候是不可能直接投靠建虏的，建虏不过蛮族而已（他们也的确自称manzu），投靠了他们