但是可怜的人类在星际拓扩的历程中，还是碰到了智慧生命体，对于这种未知的生物，人类选择的了攻击，结果第一批殖民船队就这样消失在了银河系的第一悬臂的星云之中。
他们是发迹于小麦哲伦星系的贾米尔斯人，这个庞大的星际帝国，跨越了两个星系，来到了银河第一悬臂，成为银河西区的霸主。他们又是一个联邦主义国家，将探索到的文明都纳入自己的版图之内，对于大的星际文明，他们给予贾米尔斯人一样的地位，对于小文明，他们给予次等地位。这样文明也是一个极具侵略性的。
两个接触的文明不久就陷入了战争之中，不过作为一个持久的霸主，贾米尔斯人拥有着庞大的舰队以及系统性的战舰武装。面对一盘散沙的旧人类联邦，各联邦成员国又各自为战，战舰制式不统一，性能差异大。贾米尔斯迅速突破了人类了的防线，攻下了2000颗有人和半有人居住星球。旧人类联邦不得不抛弃统合体模式，放弃原来的一切，随着基因工程开始上马，新人类诞生了，跟普通人在外表上没有太大的差异，只不过身体更加强壮，抗疾病能力等等都有很大提高，大脑则有明显的优势，虽然脑域开发比宇宙大开发还要困难，但是这足够造成差异了，新人类脑部具有第六感等等特异功能。拥有超能力的人类不再是遥不可及的梦想。随着接受基因改造的人类越来越多，人类联邦也就更名为新人类帝国。
为了跟上新人类的基因及脑域开发，人类军也开始装备宇宙机甲，也就是宇宙机动战士，分为仿人类和仿生物类，庞大的载弹量、高机动及更强的火力，成为了人类宇宙军的主力部队，仅仅装备三年之后，在泰伯乐恒星系战役中，人类成功地扭转了战局，重创了贾米尔斯联邦舰队，战略反攻开始了。同时人类也开始吸收消化贾米尔斯的技术，推出了宇宙战舰强化计划，开始建造系统性的，统一制式的各类战舰。
不过随着贾米尔斯加强了银河系的军力，人类与贾米尔斯人的战争开始逐渐变成拉锯战，消耗战，战争就此持续了半个多世纪。在此过程中，人类也接触到了第二悬臂的银河星际联盟等其他外星文明。