袁嘉升更看上方以智的，是他在明清之季，西学东渐之时，他一面秉承家教，以《易》学传世，一面又拜访传教士，好西学，跟汤若望等传教士都是好朋友，而且方以智接受西方科技知识，并非盲从，而是经过自己的考察思考，加以消化。例如他对于西方地圆说，考察了观测证据才接受。对于西方传教士的错误说法，他则予以批驳，还在崇祯十六年写下了《物理小识》。
袁嘉升也知道，黄宗羲、顾炎武、陈子龙、王夫之、方以智这些人，在历史上也是积极抗清的忠君爱国之士，可堪重用。
最终，袁嘉升选拔了三百人，在南京城建立了大明皇家科学院，为天下招揽和选用人才。皇家科学院又分成外籍院士部、科学部、农业部、哲学思想部等，他本人担任大明皇家科学院的名誉院长，亲自去皇家科学院出席开学典礼，毕业典礼，每年都选拔三百顶尖实用人才培养，为大明的复兴提供人才保证。