袁嘉升在选拔皇家科学院院士时，往往不拘一格，凡是有特长的读书人，他都选入皇家科学院，还特别注重选拔农业院士。
徐光启的《农政全书》基本上囊括了中国明代农业生产和人民生活的各个方面，包括开垦、水利等方面知识，定为了农业科学院院士的必读书目。
第一个当选农学院士的是，是柳如是念念不忘的情人陈子龙。
陈子龙是读书人，诗词都不错，诗风或悲壮苍凉，充满民族气节；或伟丽秾艳，沉雄瑰丽，为云间诗派首席。但是陈子龙的祖上，世代务农。袁嘉升看陈子龙的文章，非常不错，从晚明的政治、军事、赋役等入手，最终谈到了农田、水利、学堂文化、典章制度等。尤其是农事，尤所用心。
原来，陈子龙和徐光启的家族还有联系，他在徐光启去世后，从其次孙徐尔爵那里得到了《农书》草稿数十卷，日夜抄录，删其繁芜，补其缺略，自己编撰成了《农政全书》六十卷，以为这是富国之本。
在大殿面试时，袁嘉升问陈子龙道：“你对儒家学说有何看法？”
陈子龙毫不客气地回答说：“启禀皇上，臣以为，俗儒是古而非今，撷华而舍实。必须加以革新，讲求经世实用之学。”
陈子龙的说法颇得袁嘉升的心意，他问道：“听说你编撰了不少经世致用的书籍？”
陈子龙道：“臣不敢贪功，臣与徐孚远、宋徵璧等一起，对有涉世务、国政之文，撷其精英，志在征实，辑成《皇明经世文编》，凡五百零四卷，又补遗了四卷。选文以明治乱、存异同、详军事、重经济为原则，包括军事、赋役、财经、农田、水利、学校文化、典章制度等。以期上以备一代之典则，下以资后学之师法。臣随身带了一本，皇上可以看看。”
袁嘉升点点头，说：“不错，呈上来朕看看。”
太监取书给袁嘉升送上，袁嘉升打开一看，当时接触到的许多现实问题，对其中一些文章加作旁注，表达了编者的政治主张。
袁嘉升很高兴，说：“徐光启原来负经世之志，其生平所学，博究天人，而皆主于实用。对于农事，他尤所用心，盖以为生民率育之源，国家富强之本，看来他后继有人，朕就选你当他的继承人，选拔你当大明皇家科学院里的农业院士，你当农业领衔院士。”
陈子龙说：“谢皇上恩典。臣对徐光启大人的为人和学问，向来也是十分敬佩的，早年臣曾亲自到京城拜访他，问当世之务。徐大人谢世后，臣从其次孙徐尔爵处得《农书》草稿数十卷，日夜抄录，现在也成书了。”
袁嘉升对陈子龙的做法很欣赏，说：“甚好，以后你就带领农业院士，为天下百姓引进土豆、玉米、番茄等新品种，让天下农民不再饥荒，善莫大焉。”
陈子龙说：“臣领旨。”
除了选拔农业方面的人才，袁嘉升还注重新思想人才的选拔，王夫之也顺利通过了笔试。
王夫之自幼跟随自己的父兄读书，当年还很年轻，才二十五岁。
王夫之反对宋明理学中的禁欲主义，在笔试的文章中主张提倡不能离开人欲空谈天理，他认为天理即在人欲之中。
袁嘉升问他：“你可知道，存天理灭人欲乃是朱熹理学思想的重要观点，人欲是指超出人的基本需求yù_wàng，诸如私欲、**、贪欲，通俗一点说，就是人的yù_wàng要有一个度！这有什么不合理？王阳明也曾向他的弟子提出过存天理，去人欲，以便致良知。”
王夫之说：“臣以为，不能离开人欲空谈天理，天理即在人欲之中。人欲也是天理之一，不然，人若无欲无求，那人与草木石头有何区别？耳有聪，目有明，心思才有睿知。研其理者，人之道也。聪必历于声而始辨，明必择于色而始晰，是故心出思而得之，不思则不得也。”
袁嘉升问道：“那你对人性是如何看的？”
王夫之回答说：“人性不是一成不变的，而是随着环境的不断发展变化的；而且人性的形成，不全是被动的，人可以主动取舍。人性本身无好坏，好人可以办坏事，坏人也会办好事。”
“确实，人性不是一成不变的，好人可以办坏事，坏人也会办好事。”袁嘉升听了，点点头，这是认识论上的一大进步，因为中国人总认为人性善或人性恶。王夫之提出人性好坏取决于具体环境，这就让人摆脱那种非善即恶或非君子即小人的无意义争论，注重制度的建设而非光靠道德的绑架。
袁嘉升让王夫之当了皇家科学院的文部院士，负责哲学思想方面的院士。
除了黄宗羲、顾炎武，陈子龙、王夫之等人，大明皇家科学院还缺一个执行院长，名誉院长由皇帝本人担任。
汤若望推荐了方以智，说他是一个难得的通才，可堪大用。
方以智是安庆府桐城县人，出身士大夫家庭。方氏一族也是名门望族，在桐城地区赫赫有名。
方以智的家学很厚实，曾祖父方学渐精通医学、理学，他从小耳濡目染，对经史百家，礼乐书画，还有医药琴剑都有兴趣。
方以智在崇祯十三年就中进士了，被选为庶吉士。崇祯皇帝召对德政殿，对方以智也很满意，让他当了皇子定王和永王的讲官。
袁嘉升也觉得方以智不错，提拔他当了大明皇家科学院的执行院长。因为他本来官的级别也不低，让他来当大明皇家科学院的执行