接下来的事情的变化就非常戏剧话了，四川总兵官杜文焕等人护佑总督大人杀出重围，退入重庆，立刻得到了石柱总兵官秦良玉率四万大军前来汇合，阴差阳错之下，本来从陕西调给秦良玉的三万多精壮是让她南下贵州平奢崇明、安邦彦的，并且辅助洪承畴封锁湘西吴黑苗，现在却成了平定蜀王叛乱的中坚力量。
总督朱元伤重，加上年纪也不小，一路车马劳顿，加上与自己有知遇之恩的蜀王反目成仇，身体一下子就垮了下来，主持重庆大局的人一下子变成了秦良玉，收编残兵，得两万有余，重新编制交由杜文焕统领，有了朝廷拨下来的一百万两白银，使得平叛有了充足的军费，蜀王叛军虽号称三十万，重庆城下大战三昼夜，蜀王损兵折将，秦良玉的威名更是再一次威震蜀中，白杆军也成了天下间少有的劲旅之一，蜀王知道自己没有能力打下重庆，不得不暂时退回成都，巩固已经打下来的地盘和势力。
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