除了前线部队和装备的损失之外。在这个期间季明还要担负另外的一场战争而这场战争这生在德军后方。按照苏联方面的统计截至1942年4月德占区游击队总人数已经增加到8万人主要编为5o9个游击支队隶属于93个游击兵团中。游击队的战斗编成通常为连、排、班。为了统一指挥这些游击队苏联最高统帅部大本营此前设立了游击运动总司令部以及各地区游击运动司令部。通过无线电这些司令部得以和8o的游击队保持经常联系并不断以空投等方式向游击队提供武器和指挥以及技术人员。
这些接受统一指挥的游击队被视为苏联正规军的辅助力量其主要任务：诸如破坏德军的后方交通运输侦查德军的兵力和部署等等都是以配合正规军作战为核心的。此外苏联游击队也经常刺杀德国行政人员和职员阻止德军在占领区掠夺人员和物资甚至有时也会袭击德军小股守备队攻取一些中小城镇。游击队的活跃程度受到地域民族属性的影响：在被占领的俄罗斯和亲俄的白俄罗斯地区（主要是中央集团军群后方）游击队活动尤其频繁；其他地区尤其是西乌克兰和波罗的海沿岸地区则要逊色一些。在乌克兰地区甚至有反苏和亲苏的两种游击队存在。
其实为了对付苏联游击队鲁道夫赫斯就意识到了游击队的严重性这些属于墙头草性质的部队总是在德军最薄弱的时候来上一下子。于是他本人早在1942年2月18日就签署了国防军统帅部第46号训令要求在东方占领区加强和游击队的斗争“集中从国防军各军种、党卫军和警察中抽调的合适兵力迅严厉、主动地打击游击队”。
而为了执行这个命令。德国人投入了相当庞大的力量。其中包括正规野战军地后方警卫警察部队；正规军后备部队；各种内务警察部队和所谓的“当地部队”。以及德占苏联地区的所有其他德国人。
正规野战军后方警卫部队包括陆军警卫师大大小小的警卫和军事警察宪兵分队以及匈牙利军队的几个师。他们主要负责警戒陆军后方的交通线、基地仓库、指挥所等等。另外德军在后方的后勤和辅助人员有时甚至还包括空军机场人员也经常被用于反游击战。德国陆军总参谋长负责统一指挥正规军战区的反游击行动。截至1942年4月陆军作战地区已经为反游击战投入了8万人。
野战军之外根据鲁道夫赫斯的指示。从1942年4月开始5个后备师（1942年5月前东线实际部署了4个）和约5万人地后备陆军人员也被送往德占东部地区。这些后备部队。一方面可以在必要的时候为前线野战军提供补充。而在平时则负责对付游击队。
党卫军以及警察头子莱因哈特海德里希和阿图尔奈比所管辖的普通党卫军和德国警察也向东线派出了强大力量。在里加、明斯克和基辅德国人分别设置了“东部及俄国北部”、“俄国中部”、“俄国南部（后来改为乌克兰）”党卫军和警察高级领袖并以德国治安警察所属的部队为主干。这些部队不属于军队序列却身着绿色军事化制服配备精良地武器以团营为编制单位甚至还拥有装甲连。标准状态下。1个警察团拥有3个营（每营约5oo人）有些还下属3个炮兵连或1个装甲连。俨然是一支战斗部队在反游击战中。警察部队担负主动进攻清剿的任务但有时也会被投入前线野战。根据笔者的初步统计在东线有第2、6、警察团以及一些独立武装治安警察分队。但其中第6、8、1警察团已经在1943年1月被歼灭于东线南部。
除了武装治安警察外。东线还有大量盖世太保战地秘密警察、党卫军保安处人员、刑事警察、辅助警察等等。这些警察主要隶属于帝国保安总局。德国人还利用当地人组成了维持部队。其人数在1942年初约13万通常采用营为单位。威廉鲁道夫赫斯最初曾要求大量扩充这种部队。但除了几支死硬反苏部队外。这些部队的战斗力通常很弱而且德军的军官也认为他们在政治上并不是十分的可靠甚至还生了几个营穿越战线投降苏军的事件。出于不信任情绪为此鲁道夫赫斯在第46训令的补充指示中取消了扩充命令。基于同样考虑直到1942年春鲁道夫赫斯依然不愿意利用卖身投靠的弗拉索夫等苏联叛徒从事宣传以外的工作。他曾私下表示：这些叛徒要么是些没有骨头地废物要么是些居心叵测的阴谋家。
最后根据鲁道夫赫斯的第46号训令在苏联占领区地所有德国非军事人员包括帝国青年义务劳动队铁路职工农林人员等等也要配备精良武器加入清剿行动。这位新的帝国元特别规定“在受游击队威胁的地区不允许有消极或被动参加同游击队斗争的德国人”。根据苏联方面的统计到1942年初那些用于对付苏联游击队地德军辅助人员总数约5o万人。这个数字并没有得到更可靠来源地证实。但根据鲁道夫赫斯的指示大量德国非军事人员也必须参与清剿。
为此德国正规军后方部队和后备部队、德国警察和形形色色地仆从辅助人员组成了庞大的东线占领力量。依据所在地区的不同（而非完全的隶属关系）这些占领部队有的听命于德**队有的听命于德国后方占领机构并不断动清剿。但这样的清剿的效果并不好。那些苏联游击队非但没有被消灭反而有愈演愈烈之势。地处白俄罗斯和俄罗斯一部分地区的中央集团军群后方由于当地居民的民族属性更有利于游击队的活动导致该集团军群