在857年，吐蕃邦金洛平民发动起义，同时以拉萨为中心的卫如地区两大奴隶主家族卢氏和巴氏因为利益关系发生严重冲突，发生了长期的战争。起义军利用他们火并的时机，侵入吐蕃帝国的中心地带。平民起义持续了长达几十年的时间，吐蕃社会终于在起义风暴中彻底瓦解。此后数百年，吐蕃分裂为许多部，拉萨的地位急剧下降，许多历史建筑毁于战乱。
元治时期，分裂割据的后期，拉萨地区多次发生鲁悔、巴、惹、征四集团间的战争。1160年，在拉萨、雅隆澎波一带
四集团互相攻杀。连续不断的战争，不但给拉萨地区藏民的生命财产和农牧业生产带来很大危害，还烧毁了大昭寺、小昭寺的一部分，损失严重。此后不久蔡巴喝举于拉萨一带崛起，逐步取代了其它地方势力在拉萨的地位。
1239年，蔡巴噶举派派使臣到蒙古地区展开外交，中国皇帝元世祖忽必烈赐蔡巴庄园属民3700户。13世纪中叶，元朝划分卫藏十干万户，蔡巴被归为3个万户之一。蔡巴万户作为拉萨一带的重要势力，在拉萨发展的历史中起过重大作用，也有过不少建树。它不但建有蔡巴寺、贡唐寺，而且蔡巴噶举的创始人向·尊珠扎巴、他的门徒和历代蔡巴万户长还长期悉心管理着大昭寺，并多次对大昭寺进行整修。还曾组织力量疏通水道、加固河堤，一度使城市得以复兴。
明朝时期
1409年，著名的黄教始祖宗喀巴在拉萨创立了第一次祈愿**会。同年他在拉萨以东的旺古山上兴建了格鲁派的第一座大寺院——甘丹寺，黄教寺院得到发展。1416年，宗喀巴的弟子降央曲吉·扎西贝丹在大贵族柳梧·南喀桑布的资助下，在拉萨西郊约10公里外的地方修建了哲蚌寺，1419年，宗喀巴的另一个弟子降青曲吉在拉萨北郊修建了色拉寺。
格鲁派以这三座大寺为基地，不断壮大自己的势力。大约16世纪初，宗喀巴大弟子吉尊·喜绕憎格专门研习密宗，在拉萨建立了密宗学院即下密院。后来贡嘎顿珠又在密宗学院的上部另建了上密院，形成著名的上、下密院。在以后的一段时期内，喜绕僧格还先后在色拉寺山上的色拉群丹处、蔡公堂，达孜县的德钦桑昂卡尔，墨竹工卡县的吉米次和彭波竹结等拉萨郊区继续修建了一些类似的寺院。从此，拉萨佛教兴盛不已。
明朝还在西藏边界开设了一些茶马互市，内地的纸张、丝绸、茶叶等通过茶马互市进入西藏，西藏的牛、羊、马交换到内地，内地与西藏边地经济上的往来非常密切。
公元1644年，清朝入主中原，统一全国，并逐步建立起对西藏地区的统治。从17世纪到18世纪，五世哒赖到八世哒赖时期，西藏政治相对稳定，社会相对安宁，拉萨城市发展相对较快。在此期间拉萨发生过两次较大的动乱，一次是1717年新疆准噶尔人入侵，一次是1727年前后藏发生战争，都由清朝中央派兵平息。特别是公元1727年到1788年间，除1750年郡王珠尔墨特那木扎勒被诛引起短暂的骚乱外，拉萨人过了整整50年没有社会动荡和战争硝烟的和平日子。在此期间拉萨修建了大量贵族府邸、活佛家庙、政府衙门，还有商店、作坊、茶楼、酒店、民宅等。这时，拉萨市区以大昭寺为中心向四面延伸辐射，不断扩大，东至清真寺，南至三怙主庙，西至琉璃桥，北到小昭寺，基本上形成了今日旧城区的格局。到清仁宗嘉庆（1796—1821）年间，拉萨居民已有5000余户，人口达3万之多。
1727年（雍正五年），清朝中央政府在西藏派驻驻藏大臣，衙署最早设在拉萨冲赛康。公元18世纪末在鲁布柳林西侧新建驻藏大臣衙门，拉萨市民称“朵森格”（石狮子）。清朝中央还在西藏派驻军队，军营设在拉萨北郊的扎什地方
公元1757年七世哒赖喇嘛圆寂后，乾隆皇帝在西藏实施摄政制度，即在前一辈哒赖喇嘛圆寂至后一辈哒赖喇嘛亲政之前，任命一位大活佛代行哒赖喇嘛的职权，俗称摄政王。德穆活佛、策墨林活佛、热振活佛、功德林活佛，都曾出任过摄政王。他们先后在拉萨修建了高大雄伟、华美壮观的家庙。与此同时，历辈哒赖喇嘛的家庭，大小僧俗贵族的府邸，也竞相在拉萨城区动工兴建。在布达拉宫以西约2公里处建起了罗布林卡，以后迭经扩建，成为占地36万平方米的大园林。由此形成以布达拉宫为中心，辐射八廓街、罗布林卡周围约3平方公里的拉萨古城。
当时西藏商人、内地商人、不丹、尼泊尔、印度诸国商人，纷纷云集拉萨经商，冲赛康、铁奔康、坚布康、旺堆辛嘎、八廓街成为拉萨五大市场。伊斯兰教信徒聚居城东河坝林一带，大都以屠宰磨面为职业：汉族居民多住城南，种菜、配酒者居多。这一、二百年是拉萨第四次大规模建设时期，也是甘丹颇章政权的全盛时期。
1890年，中国同英国签订《中英会议藏印条约》，愤怒的三大寺僧人和群众予以强烈谴责。1904年，拉萨遭到英帝国主义侵略。许多喇嘛武装反抗，其他许多藏民也大刀和匕首，参加战斗。1924年，一些亲英军官试图政变，被告发，十三世哒赖罢免了为首的藏军总司令擦绒。后擦绒试图建机械厂，被误认为修英国理事馆，遭到痛恨英帝国主义的群众殴