同年12月，伯希和回到河内的远东学院。1909年5月，伯希和又受法国国立图书馆委托，从河内出发，经南京、天津，到北京购买汉籍。这时，从藏经洞劫得的大批文献已安全运抵巴黎，入藏法国国立图书馆。伯希和于是随身携带一些敦煌珍本，如《尚书释文》、《沙州图经》、《慧超往五天竺国传》，《敦煌碑赞合集》等，来到北京，出示者，目的是买好他们，以取得在收购珍本汉籍时的帮助。
当时在北京的许多著名学者加罗振玉、蒋伯斧、王仁俊、董康、宝熙、柯劭忞、江瀚、徐枋、吴寅臣等，都前往伯希和寓所参观或抄录，他们为这些珍贵写本落入外人手中大为震惊，立刻上书清朝学部，电令驻兰州的陕甘总督，让敦煌县知县调查清点藏经洞文献，不许卖给外人，并让甘肃布政使何彦升押运送京，交京师图书馆（今北京图书馆）收藏。王道士好像早就料到这一点，在官府清点之前，他早把一些比较好的写本转移收藏起来。而前来押运的清朝官吏很不用心，并没有把藏经洞文献收拾干净，而且沿途又遗失了不少。当运载写本的大车进了北京城后，押运官何彦升并没有马上移交学部，而是拉到自家宅院内，伙同亲友李盛铎、刘廷琛等人，把其中的许多珍贵写本据为已有，然后才交给学部，入藏京师图书馆，总共约九千多件。
何家藏品后来卖给日本京都藤井氏有邻馆，李家藏品一部分归南京国立中央图书馆，今在台北。其他也大部分转售日本了。王道士隐藏起来的写本，一部分后来送给了斯坦因，还有一部分在1911－1912年间被日本大谷探险队的吉川小一郎和橘瑞超买走，总数也有数百卷。大谷探险队的成员，没有经过考古学的训练，从他们在新疆盗掘古墓的行径来看，也不是虔诚的佛教徒。他们得到敦煌写本后，既没有编目，也没有马上放入博物馆保存，以至后来流散各地，甚至不知所在。
最后一个来藏经洞盗室仅收获并非最少的人是俄国的奥登堡。他是帝俄时期的著名佛学家，在1914－1915年间，率领俄国考察队来敦煌活动，他们测绘了莫高窟四百多个窟的平面图，还拍摄了不少照片。据说他们还在已经搬空了写本的藏经洞从事了挖掘，结果获得了大批材料，虽然多是碎片，但总数在一万件以上，它们收藏在苏联科学院东方学研究所列宁格勒分所。因为奥登堡的工作日记一直秘藏在苏联科学院档案库，所以奥登堡如何搞到这么多藏经洞文献，至今仍然是一个谜。
敦煌文献的被盗，是中国近代学术文化史上的最大损失之一。难怪我国著名学者陈寅恪先生悲愤地说：“敦煌者，吾国学术之伤心史也！”
变色现象，当人们徜徉在敦煌莫高窟的艺术殿堂时，往往被它那精美、绚丽的壁画所倾倒，实际上，现存壁画的色彩与初绘时已有所不同，人物肤色等已经发生了变化。
长期从事莫高窟壁画临摹和研究的敦煌研究院美术所馆员吴荣鉴说，从研究结果看，敦煌壁画变色的部分，主要是人物肤色和与其颜料成分近似的部分色彩，已经由初绘时的肉色，变成了黑色、铅灰色或褐色。
变色原因，过去，许多专家认为，敦煌壁画变色，是因为古人在作画时颜料中使用了铅粉的缘故，铅粉氧化，从而导致壁画变色，但新的科学分析表明，在敦煌壁画的人物肤色及近似色彩中，并没有使用铅粉。
不久前，敦煌研究院的科研人员对壁画中人物画颜料取样进行了x－衍射分析，结果发现，敦煌壁画变色与三个方面的因素有着重要关系：一是使用朱丹和含有朱丹的调和色，经千百年氧化反应，彻底改变了初绘时的色彩；二是植物颜料经千年氧化而直接褪色，或被下层变化的色彩上翻而掩盖；三是敦煌土质是经海水浸泡过的海底床，含有大量的碱性元素，成为颜料化学反应的催化剂。
不褪色原因，敦煌壁画为何能保持千年不脱色？颜料从何处来？用什么工艺、矿物制成？多年来众说纷纭。敦煌研究院研究人员王进玉，通过对敦煌壁画所使用的三十多种颜料进行科学分析后，提出，中国在一千六百多年前，就具备了很高的颜料发明制作技能和化学工艺技术，敦煌壁画颜料主要来自进口宝石、天然矿石和人工制造的化合物。
敦煌石窟不仅是世界上著名的艺术宝库，还是一座丰富多彩的颜料标本博物馆。它保存了北朝至元代等十余个朝代千百年间的大量彩绘艺术颜料样品，是研究中国乃至世界古代颜料化学发展史的重要资料。敦煌研究院研究人员王进玉采用科学方法，将现代仪器分析结果与古代文献记载结合起来，以敦煌壁画常见的红、黄、绿、蓝、白、黑、褐等三十多种颜色为样品，进行科学分析后提出上述观点。
敦煌莫高窟，王进玉说，借助敦煌石窟的不同年代研究壁画颜料，不仅可以证实中国是最早将青金石、铜绿、密陀僧、绛矾、云母粉作为颜料应用于绘画中的国家之一，而且表明中国古代的化学工艺技术和颜料制备技能在当时居世界领先水平。
敦煌飞天是敦煌莫高窟的名片，是敦煌艺术的标志。敦煌飞天从起源和职能上说，它不是一位神。它是乾闼婆与紧那罗的复合体。乾闼婆是印度梵语的音译，意译为天