朱由检及时中止朝会，避免了一场没完没了的争吵。接下来他移驾养心殿，只传召阁臣和户部、兵部官员议事，巧妙地把科道官员排除在外，也总算是能商议一些具体的部署了。
除了正式任命卢象升为三边总督外，眼下还有几件大事要做。第一件事自然是解救抚宁，收复永平、迁安、滦州三地。其实朱由检已经做出部署，郝永忠和李来亨早已在赶赴蓟州的路上了，现在只不过走一道正式程序而已。
除了郝永忠和李来亨以外，这次朱由检终于提出，要让山海关边军主动出击，先解救抚宁之围。
之前在京师保卫战的时候，很多大臣极力主张山海关边军来京师勤王，但是朱由检没有同意。现在朱由检要用山海关边军了，又有大臣出言反对，认为镶白旗兵力较少，不会在关内久留，不如各自坚守。清军攻城不下，自然会撤走，若出城作战，反而要冒风险。而且大军一动，少不得要出粮出饷。虽然户部卖国债得了一千万两银子，但花钱的地方实在太多，能省还是要省。
朱由检听了不禁心中暗笑，心想这帮人之所以前后态度截然相反，其实道理很简单：他们只是怕京师被攻破。现在京师安全了，他们也就无所谓了，清军蹂躏百姓，竟似毫无关系！
好在孙承宗、王在晋、袁可立三位老臣坚决反对这种论调，一再强调京师和山海关之间必须畅通无阻，绝不容许满清军队在这里落地生根。温体仁和周延儒自然也顺着朱由检的意思说，其他阁臣中也有一直主战的，因此调动山海关边军这一条总算是得到通过。
在具体的军事部署上，孙承宗主动请缨督师此战，朱由检也欣然诏准。因为孙承宗多次督师，他的威望足以降住祖大寿等山海关将领，而高第守城则可，让他出城指挥战斗，恐怕还是不行。
在兵力方面，阿敏的镶白旗加上少量的蒙古八旗和汉军旗，兵力约在二万左右。明军则有郝永忠一万五千、李来亨和李定国各四千。山海关方面，孙承宗建议调动满桂和何可纲各一万兵力，步骑各半，祖大寿等将领则仍守城。
朱由检也很赞同这个布置，因为这几支人马兵力合计已达到四万多，是清军的两倍。而且这几员大将都是能征善战之辈，阿敏想各个击破可没那么容易。他只补充了一条，那就是让曹文诏率领剩余的关宁铁骑一同出战，等此间作战一结束，就立即赶赴京师与卢象升会合南下。
这些军事部署还算顺利，因为通过京师保卫战一役，所有大臣都领略了朱由检的军事指挥水平，他们自己则对军事一窍不通，想反对也不知道该说什么。
议完军事，就轮到第二件大事，也就是善后。此次清军入关，攻破焚毁府县数十座，上百万百姓被迫撤退，流离失所。现在清军退走了，如何让难民返乡、如何赈济百姓，乃至重建家园，自然变成了非常紧迫的大问题。
朱由检首先表态：这次放弃府县、撤退百姓的决策是朝廷做出的，更准确一点说是自己做出的，所以朝廷和自己对此事责无旁贷，必须赔偿老百姓的一切损失。
在具体安排上，首先，安排百姓在官军的保护下，有秩序地返回各自的家乡。像永平等地，现在尚未收复，从那撤出来的百姓，朝廷要继续负责食宿，直到局势彻底平定。
第二，返乡的所有花销由户部银库和内帑银对半分担；对老百姓家中损失的一切财物，要由当地官员和户部专员联合检视登记，日后一一补偿；因战乱而死亡的，每人抚恤银五十两，全从内帑银出。
第三，要组织百姓抓紧秋收。虽然庄稼让鞑子毁了不少，但还剩下很多，能收多少收多少，多收一点，老百姓的日子就好过一点。收获完毕后，百姓可以自行播种，也可以免费领取朝廷提供的种子，这些种子全由朱由检的皇庄提供。从现在开始，遭受兵灾的府县，所有赋役全免三年。
第四，也是一件急需解决的事，那就是清军在多地纵火焚城、焚村，大量的房屋被毁，老百姓没有住的地方。
朱由检的对策是，现在通惠河已经竣工，京师扩建工程也不再是十万火急了，可以只留下蒙古俘虏继续筑城，其余十万名工匠几人或几十人一组，和难民一起返乡，要确保每个村子都有工匠。
这些工匠的工作只有一个，就是帮助老百姓盖房子。如果工程量小，就完全由工匠动手；如果工程量较大，则以工匠为骨干，雇佣当地百姓一起干。这其中产生的一切费用，由户部和内帑对半分担，朱由检责成工部尚书徐光启专门负责此事。
而遵化、蓟州以及喜峰口等关隘的重建，则由官军负责。这几乎就是新建了，兵部要先拿出设计方案，具体施工则由京师三大营淘汰下来、但还在军籍的几万人去做。
听完朱由检的计划，几乎所有大臣都皱紧了眉头。这次东林系大臣还没说话，户部尚书王在晋首先迟疑着道：“陛下，难民数量至少在百万以上，按照陛下方才所说，就算一人花费十两银子，也至少需要上千万两银子。户部虽有国债银，但按计划应先拨付各地官军欠饷，实在无力承受这么多额外负担啊…”
朱由检也沉痛地点点头道：“王尚书所言不无道理。但是这些银子一定要花，因为百姓的性命是无法用银子来衡量的。当初动员老百姓撤离时，朕已经向他们做了保证，如今怎能食言？各位尽