毛文龙得意洋洋地向黄龙提出皮岛有内奸，孰料黄龙微微一笑道：“毛将军所指的，可是李登科、崔耀祖、王才等人？本兵察觉出他们有反意，已将他们拿下，几天前解往登州了。”
毛文龙本想给黄龙来个下马威，让他知道皮岛之兵可不是那么好带的。没想到人家早解决了，而且除了王才以外，李登科、崔耀祖二人也是毛文龙当年重用的将领。这下毛文龙更觉脸上无光，只好讪笑着问起具体经过。
黄龙倒没有羞辱毛文龙之意，一五一十地介绍起来。原来自从被朱由检任命为东江镇总兵，黄龙深感责任重大。朱由检对皮岛这个位于满清后方的战略要地亦非常重视，当日登上皮岛之时就做出了一系列部署，黄龙全部严格执行。
首先是整顿防务。除了撤回铁山的明军之外，黄龙还把皮岛附近所有岛屿、尤其是最大的身弥岛上的明军统统撤回到皮岛上。因为朱由检曾指示，明军在皮岛并不是为了占多大地方，而是像钉子一样插在满清后方。因此没必要占领太多的岛，只要确保最重要的皮岛不失即可。皮岛方圆不过十里，毛文龙经营多年，易守难攻；而身弥岛比皮岛大了数倍，如果也要驻守，势必分散兵力，所以干脆撤防。
另外黄龙集中兵力于皮岛还有一个重要的考虑，那就是整肃军纪的需要。东江镇这一万多士卒都是毛文龙带出来的，虽然在银子和女人的刺激下，作战还算勇敢，但军纪极差，甚至还出了孔有德、耿仲明、尚可喜这样的叛将。黄龙则与毛文龙截然相反，一贯治军极严。他可是当着朱由检的面打了保票的，为了把东江镇兵打造成一支军纪严明、真正有战斗力的强大军队，黄龙也算是煞费苦心。把这些兵集中在皮岛上，当然比分散于各岛更好管理。
首先黄龙把皮岛所有战舰牢牢控制在自己手中。他平时吃饭睡觉都在船上，并且从低级军官中提拔了一批相对老实肯听命的，替换了原来的战舰指挥官，水手也更换了一批。而那些军机涣散、桀骜不驯的，都让他们留在皮岛上。这样就算皮岛之兵真的哗变，没船他们也出不了海。
第二招是严格训练管理。黄龙制定了非常详细的作息制度和训练计划，上至军官下至普通士卒，必须严格守时完成。除了军事训练之外，全体官兵还要参加集体劳动，构筑皮岛的防御设施。至于毛文龙时期那一套丑陋不堪的“节目”，一律立即废止。尤其是岛上的大量技女，更是以最快的速度送至登州，再转往京师。对违反军纪者决不姑息，带头闹事者更是毫不手软，该杀便杀。
在黄龙的铁腕手段下，皮岛官军的军纪果然在短时间内有了较大改观。但黄龙也知道，光靠威压维持军纪是不行的，还必须提高士卒的士气，让士卒得到利益，发自内心地拥护自己。而让士卒得到利益的来源，就是在朱由检指导下设立的皮岛商行。
黄龙把刚腾出来的身弥岛辟为专门进行贸易的“自由港”。虽然在这个港口销售货物要交税，并非现代意义上的自由港；但明朝现在还没有一个真正开放的港口，而皮岛对所有商船来者不拒，已经算是很自由了。
按照朱由检的密旨，皮岛的军舰在身弥岛港口外巡视，只要登船检查，并无违禁之后，便放商船入港。即便知道这些船是做朝鲜、日本甚至女真人的生意，黄龙也不干涉，但只有一点卡得死：凡属战略物资，只能进，不能出。比如粮食，商船在皮岛只能卖粮不能买粮，甚至转运都不行，东江镇会以比较高的价格全部买下。至于茶叶、布匹甚至是铁器，一律不禁，只按货值收取很少的关税。
除了关税之外，还有不少商船加入了皮岛商行，按约定要上缴一半利润。虽然这是一笔巨大的开销，可是皮岛上的官军扮做水手留在船上，也大大降低了商船被海盗抢劫的风险。而且在朱由检的授意下，登州等沿海府县只要看到皮岛商行的商船，是完全不管的；而其他商船出海则被视为走私，抓住了就会被严办。等于皮岛商行是一张海上贸易许可证，有了这张许可证，就可以正大光明地跑船，多跑就能多赚。所以商人们开始时确实暗中埋怨，可是跑多了以后，发现赚钱不比过去少，也就习以为常了。
关税和皮岛商行的利润，给皮岛带来了巨大的收益。仅仅半年多时间，皮岛就有白银数十万两入账。黄龙把这些银子一部分用于购买粮食，一部分存起来做为奖赏军功之用，剩下的全部分发给官军。普通士卒每月能分到二两，军官还要多一些，已经比朝廷发的饷银还多了。
这和毛文龙时期又有不同。那时皮岛从贸易上攫取的巨大利润，基本上都进了毛文龙等少数高级将领的私囊，普通士卒主要靠作战时的抢掠发财。虽然有时候确实能抢不少，但是回到皮岛后喝酒耍钱逛窑子，很快就消耗光了，因此普通士卒手头基本剩不下银子。现在还没上岸作战，每个月已经有了稳定的收入，而且有银子也没处花，所以人人都小有积蓄，对黄龙的看法自是大为改观，黄龙的权威也与日俱增。
但并非所有人都支持黄龙，尤其是毛文龙过去重用的那些军官。他们可无法再向过去那样捞钱了，再加上训练艰苦，不能像过去那样花天酒地，很多人都对黄龙心生怨恨，甚至觉得当初还不如跟着孔有德他们反出皮岛。
黄龙本来就是临危受命，对这种情况