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就在张天成的信使到京之后，将郑芝龙呈交给大中朝的降书顺表以及部将的名单交到了肖天健的手中，肖天健召集诸臣再一次商定了分封之后，便马上派出使臣，持他的圣旨前往福建宣旨，从郑家手中接管泉州府、汀州府、漳州府等地。
同时按照原来大中朝议和的条件，所有郑军就地接受大中军的整编，包括郑家的水军以及商船船队以及水手们，也都在泉州和漳州等地沿海港口驻泊，等候接受大中朝的整编。
而郑芝龙在接到了肖天健的圣旨之后，得知了他被封为靖海侯这个结果非常满意，事先他也打听过有关大中朝封爵之事，本以为即便是肖天健按照原来的约定，对他封爵，最多也就是能给他封个子爵男爵之类的爵位就算是不错了，但是没成想肖天健居然如此大方，一下便封他了个侯爵，保持了他的爵位不低于永历朝分封他的爵位，这让他非常满意，也觉得很有面子。
包括他的那些弟弟以及族亲，也都各有封赏，这让郑家这些头领们也都放心了下来，起码在这方面，大中朝皇帝是说话算数的，没有对他们过分的刻薄。
至于郑军接受整编，他们也没什么话可说的，陆师肯定是全部要被大中军接收过去，很可能会就地遣散，这一点没什么可担心的。
但是对于郑家水师的整编，郑家却是有一点想法的，毕竟这个时代军船和民船之间并没有明显的界线，包括西方的帆船，也一样是既可以运货也可以进行海上交战之用，郑家麾下大大小小拥有各种船只两千多条，其中超出四百料以上的大福船和二号福船以及海沧船、白艚船、乌艚船、广船、快船五六百条，其余的还有小一些的近海用的四百料一下的小型海船还有一千余条。
而水师之中的水手也有近两万人，这些人平时可以操舟行商，战时随时都抄家伙上阵就是水兵，这些船只和水手具体该怎么划分，留给他们郑家多少船只和水手让他们今后继续行商之用，便成了关键的问题。
在这件事上，其实双方之前也是有过商议的，大中朝提出可以给郑家留下二百条四百料以上的海船，作为他们今后行商之用，其余船只则交给大中朝官方进行处置，而那些郑家水卒，则按照他们的意愿决定去留，愿意留在郑家手下继续做事的人，可以留下，愿意加入大中朝海军的，则可以接受整编。
但是现在郑家投顺有点晚，作为惩罚，原来的大中朝提出的条件便不能继续执行了，按照肖天健的指示，在原来的额度上大刀一挥裁去一半，原来二百条船，现在只许郑家保留一百条，而人员方面也仅仅允许郑家保留三千人，其余的全部交由大中朝来进行甄选之后另行安置。
郑家对于大中朝提出的新方案颇为不满，但是现如今他们也没有继续反抗的余地，只能听命于大中朝的安排。
另外肖天健招郑芝龙以及郑家上下受封之人赴南京面圣，说要亲自册封郑芝龙以及郑家上下受封之人，以示恩典。
对此郑家上下颇为担心，有心想要不去，但是这个时候郑军上下军心已散，而且随着朝廷敕令下达之后，石冉和刘耀本各率一万精兵，分头进入到了泉州府和漳州府，并且分出一部分兵力接管了汀州府。
在大中军的兵锋之下，郑芝龙有心想要不去南京，但是这个时候却找不到一个合适的理由来拒绝，否则的话摆明了就是抗旨不尊，那么接下来到底会发生什么，郑家上下无法预料。
于是无奈之下，郑芝龙只得谢恩领旨，表示会尽快赴南京听封，但是在他们家族内部商议之后，郑芝龙还是让郑芝豹托病为理由，留在泉州坐镇，以防郑家上下赴南京一旦有所变故，他们总算是留下一个后手。
就在郑芝龙受命前往南京的时候，各方对郑军的接管也随即展开，一批批郑军奉命放下了武器，被大中军暂时圈管起来，然后分批进行遣散，为此肖天健着令户部拨发出了二十万龙币作为遣散费用，并且令各地官员对于原属本地的郑军遣散兵员进行编管安置，授之于田，令其回乡耕作。
对于郑家水师方面，大中军采取人船分离的办法，暂时令郑家水师兵将全部登岸，离开他们的船只，由大中朝海军派人接管郑家原有的各式战船，除了准许郑家自行选留下一百条船只之外，其余的船只进行甄选，留下一部分坚固的船只，作为战船补充入海军之中使用，至于剩下的一些不堪作为战船使用的船只，一部分直接拆除，其余可用的船只则准许浙江、福建、南直隶沿海商贾赎买，作为今后通海行商之用。
郑家看准这个机会，又通过出钱赎买的办法，从中买回了一批原属于他们的船只。
不过大中朝也履行了当初和议的条件，在大中军接管泉州府和漳州府之后，对于原属于郑家的财产给予了保护，没有让人侵犯郑家的财产和家族成员，这一点让郑家多少放心了许多。
其实大中朝内部在郑芝龙宣布投降之后，对于如何处置郑芝龙其实是有很大的争论的，以军方为主，许多人提出来即便是郑芝龙投降，但是此人也不足为信，即便是不杀，起码也要将其编管在南京城中进行监视，一旦发现郑家再有反心，便立杀无赦。
但是也有一些大臣以为，大中朝朝廷要讲信义，不能对郑芝龙太过分