建初元年春正月，诏令兖豫徐三州禀赡饥民。皇上问司徒鲍昱如何消弭旱灾。鲍昱回答说：陛下方践天位，虽有得失，不至于引起天道异常。臣前为汝南太守，典治楚事，系狱者千余人，恐怕未能尽当其罪。因此说大狱一起，冤者过半。又那些有罪远徙的人，骨肉分离，孤魂不祀。应该使那些远徙的人家还归家园，解除禁锢。使死生获所。则和气可至。皇上采纳他的建议，校书朗杨终上疏说：近年北征匈奴，西开三十六国，百姓频年服役，转输烦费，愁困之民，足以感动天地。陛下也应该留意省察。皇上下其章，第五伦也同意杨终的说法，牟融，鲍昱皆以为孝子无改于父之道，征伐匈奴，屯戍西域，先帝所建，不应该有异议。杨终复上疏说：秦筑长城，功役繁兴，胡亥不改变以前不合理的政法，遂使四海灭亡。因此孝元弃珠崖之郡，光武绝西域之国。不因为一介鳞片而变异我的衣裳。鲁文公毁泉台，春秋讥讽他说，先祖所建，而自己将它毁了，不在那里居住不就行了吗？因为它的存在不妨害于民。襄公作三军，昭公却舍弃了它，君子称赞他复古，以为不舍弃则有害于民。今日伊吾之役，楼兰屯兵，久而未还，这可是有违天意。皇上从其议。
丙寅，诏令二千石勉劝农桑。有罪非殊死，须待秋后按验。有司明慎选举，进柔良，退贪猾。顺时令，理冤狱。是时，承接永平故事，吏政崇尚严切。尚书断决政事，大抵偏向于从重。尚书沛国陈崇，以皇上新即位，应该变改前世苛俗，于是上疏说：臣闻先王之政，赏不僣，（jian），刑不滥，与其不得已，宁僣勿滥。以往断狱严明，所以威惩奸匿。奸匿既平，就应该济之以宽，陛下即位，也就表达了这个意思。多次诏令群僚，用温和的语言来引导大家。但有司并没有全数奉承，继续崇尚深刻。断狱者，以篣略酷烈为快，执宪者，不以诋欺放滥之文为烦。或因公行私，逞纵威福。为政犹如弹奏琴瑟，大弦急者小弦绝，陛下应该光大先王之道，荡涤烦苛之法，轻薄捶楚，以济群生。广全至德，以奉天心。皇上深纳陈崇之言，每事务于宽厚。
酒泉太守段彭等，兵会柳中，击车师，攻交河城。斩首三千八百级，获生口三千余人。北匈奴惊走。车师复降。会关宠已殁（mo），谒者王蒙等欲引兵还，耿恭军吏范羌时在军中，固请迎耿恭。诸将不敢前行，于是分二千兵与范羌。从山北迎耿恭。遇大雪丈余，军队仅能至城。城中夜闻兵马声，以为敌兵来袭大惊，范羌遥呼说：我是范羌，汉遣兵来迎校尉的。城中皆称万岁。开门相拥涕泣。明日，遂相随归国。虏兵来追，且战且行，吏士素来饥困，从疏勒出发时，尚有二十六人，随路死没，三月，至玉门，只剩下十三人。衣履穿决，形容枯槁。中郎将郑众为耿恭以下洗沐换上衣冠。上书奏耿恭以单兵守孤城，当匈奴数万之众，连月踰年心力困尽，凿山为井，煮弩为粮，前后杀伤丑虏数百千计，卒全忠勇。不为大汉之耻。应该蒙受显爵，以激励将帅。
耿恭至洛阳，拜为骑都尉。诏令悉罢戊巳校尉及都护官。徵还班超。班超将出发还国，疏勒举国忧恐，其都尉黎弇说：汉使弃我，我必复为龟兹所灭。实在不忍见汉使离去。因以刀自刭。班超还至于窴，王侯以下皆号泣，说：依靠汉使如依父母，实在不能离去。互相抱持班超的马脚，使不得行。班超亦欲遂其本志，于是返回疏勒。疏勒两城已降龟兹。而与尉头连兵。班超捕斩反者，击破尉头，杀六百余人，疏勒复安。
甲寅，山阳东平地震。东平王刘苍上便宜三事。皇上报书说：近日吏民奏事，也有这个说法。但明智浅短，或说也许是，又怕不对。因此不知所定。得到大王的书策，才豁然开朗。考虑如此嘉谋，应该以次奉行。特赐王钱五百万。后来皇上欲为原陵显节陵起县邑，刘苍上书进谏说：窃见光武皇帝躬履俭约之行，深深明白其始终如一，勤勤恳恳，以葬制为言。孝明皇帝大孝无违，承奉遵行。谦德之美，于此为盛。臣愚以为园邑之兴，始于强秦，古人即使丘陇，都不希望太明显，何况筑郭邑建城堡呢。上违先帝圣心，下造无益之功，虚费国用，动摇百姓。不是可以至和气祈丰年的所为。皇上于是就不再提起这事。自此朝廷每有疑政，都会派使者前去咨问。刘苍尽心答对，皆见纳用。
秋八月庚寅，有星孛于天市。初，益州西部都尉广汉郑纯为政清洁，化行夷貊。君长感慕，皆奉珍宝内附。明帝为之置永昌郡。以郑纯为太守。郑纯在官十年而卒。后人不能抚楯夷人，九月，哀牢王类牢，杀守令反，攻博南。
阜陵王刘延，数怀怨望，有上告刘延与子男刘鲂造逆谋者，皇上不忍诛，冬十一月，贬刘延为阜陵侯，食一县。不得与吏民交通。
北匈奴皋林温禺犊王将众还居涿邪山。南单于与边郡及乌桓共同击破之。是岁，南部饥荒，诏令禀给之。
二年春三月甲辰，罢伊吾芦屯兵。匈奴复遣兵守其地。永昌越嶲益州三郡兵及昆明夷鹵承等，攻哀牢王类牢于博南，大破斩之。夏四月戊子，诏令赦还坐楚淮阳事而迁徙者四百余家。
皇上欲封爵诸舅，太后不听。会大旱，言事者以为是因为不封外戚之故。有司请依旧典。太后下诏说：凡是上书言事的，都是为了献殷勤而求取富贵的，往日王