应高明的要求，商飞公司单独成立了一个内部审计部门，对所有的工作的流程和执行都有权进行审核，以纠正程序和体系上的缺失，这也包括对商飞公司的供应商的审计，因为供应商的产品质量会直接影响到商飞公司的生产或研]这个内部审计也是西方大公司的通行的做法，主要是考察财务上和运营上的工作缺失不足，并责令各部门整改。其实这个内审就象人为了健康要不断检查自己的各项指标一样，对企业的不断改进和现问题是极有好处的，所以有些西方的公司内审程序极为严格，甚至强过外审。这个内审部门由高明亲自挑人组建，直接向高明汇报，高明不在时就直接向麦基通报。因为那时的国企对内部审计还很陌生，于是高明在选好了人后就对内审员亲自培训，并带着他们对公司的各项工作进行了一次试验审核。
因为许多人不了解内审是什么，审核前公司上下都人心惶惶的，都觉得这个跟检查组、整风组啥的一样，怕是又一次整人、整风之类的运动，有许多人都在底下牢骚，说怎么美国人也搞这套，还让不让人专心工作了！余世珍听到后也有些担心，急忙找到高明问这是要做什么。高明就给他仔细讲解了内审工作的内容和意义。余世珍这才明白，双手赞成，两人一合计，这样的误会还不在少数，不如统一讲解传达一下，免得下面误解做出不配合的动作。两人就把公司的管理人员都召集起来开了个会，由高明给所有人都上了一课，讲述内审工作的内容，方式，和意义，并把内审部的员工分派到各个部门和车间去进行现场教育和培训，要让人们都明白内审工作的目的不是为了整人。
培训起到了一定的效果，但还是有一部分人不相信公司的目的是这么纯洁的，总是觉得他们会借机整人报复。这么多人有这种看法那是很自然的，这也是没办法的事，只有用长期的行动来消除人们的疑虑。
经过一系列的铺垫和准备，试验审核很快就展开了，虽然人们都有了准备，但还是查出了无数的漏洞，其中还牵扯到了一起采购部门的涉嫌贪污的事件，普通的工作缺失都可以改善，但贪污**损公肥私是绝不可以允许的，必须杀一儆百以正视听，这一点上高明和余世珍的观点非常一致。涉案的两人在兵器工业部和航空部里都有人，有些领导建议给个处分就行了，要不再扣些工资啥的，毕竟要抱着治病救人的原则嘛，但高明坚决坚持开除两人，其他事情都好商量，但公司决不能养活家贼！那可是他的钱，这跟偷他的钱包有什么分别？不管遇到什么阻力或是有多大的后台，在商飞绝不允许有这类现象出现，一经现立刻开除，涉及到法律的移送司法机关处理，绝不姑息。
高明的这段话很快就传到员工的耳朵里，大部分人听了都是大快人心，认为高董做得对，就得这么整治一下公司的歪风邪气，给商飞公司一片纯净的乐土，再说那确实是人家的钱，谁家的钱被偷被骗了不得急呀！当然，也有些人则担心这样做会不会遭到报复，还有些手脚不干净的人则被高明的雷霆手段震慑住了，赶紧收手，毕竟商飞公司提供的各项待遇在当时的国内都是极端丰厚的，无数人都削尖了脑袋想往里钻呢，真的犯不着为点小钱耽误了前程。
其实，高明要亲自领衔内审部门的原因之一就是要从作风上给众人立起新规矩，他明白国营公司的一个弊端所在就是损公肥私，但人事体制上又错综复杂，解决问题时会遇到各种各样的掣肘，这个问题必须从一开始就给员工明确地表态，公司其他的工作上的失误和疏忽都可以容忍，毕竟是人，谁都会出错，但这种贪污的行为不属于那个范畴。而且这件事以出资人的身份来做则更容易推行下去，从这点上来讲，高明甚至比余世珍更合适，他可不怕得罪人，官司打到国务院都可以，让所有那些有后台的人收手。
当然，也不是没人想报复一下，但那些后面算计的人对高明一时也无计可施，人家是投资方，根本和自己不是一个系统，从某种意义上讲，只要人家不犯法，政府也管不着人家，这个工程又是国家的重点工程，想给商飞穿小鞋都要十分小心，上面的一大票大佬们可都在象关注成长的宝贝儿子一样关注着商飞呢。
商飞的这次内审中出现的其他问题，各部门都在紧张地进行整改，人们看到这次审核真的是对事不对人，心也就安生了许多，各部门都在暗自地攀比看谁的问题少些，平时走路就腰杆更直些。经过这次试验审核，余世珍对内审的意义有了进一步的了解，也很满意内审部门的工作，对今后的工作更加支持。
商飞公司所有课题中最困难的一项就是动机，运1o现有的915动机根本无法满足当时的国际上的噪声和环保要求，而短时间内又不太可能在研上有什么大的突破，所以高明跟董事会商量后提议在加大动机的研力度的同时到欧美找找关系，看看能不能说服他们大批地提供航空动力系统，或请到苏联的技术顾问帮手。
公司对飞机下一步的定位做了修改，一方面按空军的要求着力把运1o改造成军用运输机，一方面开始以运1o为平台设计运1o改进型，争取在1992年左右搞出样机并取得适航证。同时运7作为支线客机的目标同样继续试飞和改进，目标是在两年到三年内拿到适航证并可以具备一定大批量的生产能力