从将军到海盗
组建舰队后，爱奥尼亚人面对的重大问题之一是缺少位由大家公推的军事统帅。重任最终落在勇敢的福西亚人迪奥尼西奥身上，他具有丰富的海上经验。然而，虽然从迪奥尼西奥本人的谋略才能和福西亚民族享有的恒久盛名来看，该任命十分合理，但这与他卑微的政治地位并不相匹配，因为在舰队的三百五十三艘三层划桨船中，仅有三艘是福西亚人的船只。
盟友间的分歧和勉强加入战争的态度在这位海军统帅下达的严格命令前得到了集中爆发。希腊水手们厌倦了高强度的艰苦训练，开始表示不满，甚至舰队中的一些分部拒绝承认迪尼西奥的统帅职务，从战斗演练中撤走，无所顾忌地在岸边安营扎寨，仅打算参与战斗，而不在战前的训练中耗费精力。
这种分歧让一些首领感到胜利的希望渺茫，且被曾遭阿里斯塔戈拉斯流放的一位领主埃阿塞斯所利用，他说服萨摩斯的各个首领与波斯人达成协议，一旦战争开始便将部队撤走。
“舰队是这样组成的。米利都人的八十艘战船占据黎凡特一侧，紧挨着的是普里恩纳人的十二艘战船和米乌恩特人的三艘战船。再接下来是特约人的十六艘战船和开俄斯人的一百艘战船。它们的旁边是厄立特里亚人和福西亚人，其中厄立特里亚人有八艘战船，福西亚人有三艘战船。挨着福西亚船只的是莱斯博斯人的七十艘战船。最后是萨摩斯人的六十艘战船一字排开，占据彭宁特一侧。总共是三百五十三艘三层划桨船。”(埃罗多托，《历史》，第六卷，第8页)舰队两翼战船全部一字排开后，福西亚船首先开始进攻，他们或许此时就对萨摩斯船会逃跑确信不疑。事实的确如此，战争刚一开始，萨摩斯人就履行了和波斯人的协议，拉起船帆，向着自己岛屿的方向远驶而去。这次反叛肯定是萨摩斯船队首领们的责任，因为六十艘船中有十一艘拒绝服从命令，坚持准备参与战斗。
但无论怎样，这突如其来的逃跑都在希腊人中间造成了极大的混乱，当他们看见舰队中重要的一部分怯懦地撤退时，士气大跌。在此情形下，莱斯博斯人认为大势已去，便也做出同样的决定，将自己的七十艘船撤离，而无数的爱奥尼亚人也紧随其后。由于出现的叛乱，希腊舰队数量锐减，很快被敌船赶上，首先遭到腓尼基人的攻击，死伤惨重。开俄斯人决心不做临阵脱逃者，将八十艘三层划桨船投入战斗，打破敌舰的队形，摧毁和俘获大量敌船。此时船已开到开阔的海面，满足于已到手的战利品的开俄斯人眼见败局已定，便企图撤回自己的岛屿。然而招致波斯舰队的追逐，最终至少损失四十艘战船。
继续战斗的希腊战船英勇奋战，但还是遭到了全面失败，已经没有任何可能对抗船数如此之多的对手了。舰队统帅福西亚人迪奥尼西奥不仅在战斗中得以幸存，还展示出了作为海上勇士的杰出才能。他率领自己的三艘三层划桨船奋勇杀敌，给波斯船队以重创。当看到失败已成定局，迪奥尼西奥俘获三艘敌船，收入自己麾下，最终逃脱了波斯舰队的大肆追击。
迪奥尼西奥意识到爱奥尼亚的沦陷无可挽回，而波斯人的挺进也不可抵挡，于是将他的小船队驶往腓尼基人的海岸，那正是敌人的沿海心脏。迪奥尼西奥相信敌人不会料到他会逃往那里，而且由于大部分的腓尼基舰船都去参战了，此刻那里正处于不设防的状态。
很长一段时间内，迪奥尼西奥将行程中相遇的腓尼基人或埃及人的船只通通俘获、劫掠或击沉，完全像海样，同时也是对他们的报复有了俘获的船只，迪奥尼西奥的船队明显壮大。在波斯舰队返航之前，他改变了海域，一直行驶至西西里岛。从那里开始，他作为职业海盗，在各港口的居民和商船间不断地制造恐慌。但是他的目标总是伊特鲁利亚人或迦太基人的船只，而对希腊船只十分尊敬，这为他得了同时代人的认可，称他为爱国者。
另一位在这场战争的最后由将军变为海盗的是那位受到挫败的领主伊斯迪埃奥。
由女婿阿里斯塔戈拉斯发动的爱奥尼亚起义刚一爆发，为避免有任何不忠而被大流士一世扣留在宫廷里的伊斯迪埃奥便想办法赶到冲突地区，以便给起义者们以暗中支持。
埃罗多托写到当萨迪斯的波斯总督阿尔塔菲尔内斯问他为什么爱奥尼亚人要起义，伊斯迪埃奥说他一无所知，并对所发生的事表示惊讶，似乎对局势丝毫不了解。但是阿尔塔菲尔内斯了解起义的真相，回答他说:“伊斯迪埃奥，情况是这样的，你缝好了鞋，阿里斯塔戈拉斯把它穿上了。”
既然已经无法隐瞒自己参与了起义，伊斯迪埃奥企图返回米利都，但是被无意再推举其当领主的市民们拒绝了。开俄斯人同样没有接纳他。伊斯迪埃奥辗转了几座城邦，最终到达米提雷纳，取得了莱斯博斯人的支持。他带着八艘三层划桨船离开那里，不再可能加入任何一座爱奥尼亚城邦，现在已经没有祖国需要保卫，同时他对遭到的拒绝也心怀仇恨，于是决定随意漂泊。伊斯迪埃奥航行到拜占庭，将船队埋伏在海峡入口处，开始袭击从本都运来小麦、皮革、奴隶、蜂蜜、石蜡和腌制品的商船。许多爱奥尼奥船只都见识了这位新海盗的怒火。只有那些宣称有意愿与之联合的船只才能全身而退，否则的话，便只