由于浙江与上海东临黄海，历来海防极为重要，浙江陆军总参谋长徐树铮认为不可缺少海军保护，并建议卢永祥策反国防军海岸警卫队的海军。此时在江苏镇江尚有部分国防军海军舰艇停留休整，更重要的是此时的国防军海岸警卫队内部也有矛盾。
海岸警卫队的矛盾在于海军指挥权之争，总参谋长沈鸿烈是湖北人，毕业于日本海军军校，而中国海军历来福建人为主，闽人原本就团结，在国外的福建人就非常团结，在国内也抱成一团。民国海军就有闽人和非闽人相互争权之事，在广东的时候，国民海军就曾经发生福建人与广东争权。
民国海军部并入陆军部之后，海军司令林建章原本并没有对王茂如有所不满，但是因为不满沈鸿烈对于闽人的打压，引怒于王茂如。其中真正引起林建章心底愤怒的是，国防军的两艘战列舰老人星号和复仇号舰长并没有让经验老道的福建籍海军军官担任，而是由沈鸿烈在日本留学的两个同学担任。
在日本人的协助之下，徐树铮前往北京策反了海军司令林建章，林建章派遣心腹等人南下镇江，策反“海筹”号巡洋舰、“建康”号驱逐舰、“永绩”号炮舰、“靖安”号运输舰、“辰”字号鱼雷艇、“列”字号鱼雷艇投向浙卢，为此特成立沪海舰队，委任原海军第一舰队司令周兆瑞为沪海舰队司令。
让王茂如无法容忍的是海筹号巡洋舰等军舰遭到策反，在他看来。海军已经尽在囊中，而这次海筹号叛变让他忍无可忍，再也不能忍受卢永祥下去了。之前容忍卢永祥是看在老交情上。并且王茂如认为国内统一战争重要的不是打，而是谈，哪成想卢永祥如此不仗义，接受日本人援助私自扩军，还拉拢了自己囊中之物海军，是可忍孰不可忍。
民国九年十一月一日，王茂如召开紧急军事会议。彼时出席会议的有国防军麒麟军团代表，凤凰军团代表，鬼车军团代表。以及中原五个师团：朱熙部，陈光远部，孙烈臣部，吴光新部。郑士琦部。各代表，国防军副总参谋长雍星宝等大批参谋赶赴北京，参加密谋会议，讨论如何讨伐卢永祥。彼时，国防军海岸警卫队司令责令严查海军军官，并通缉林建章，林建章与北京匆匆离开之时被捕入狱。
民国九年十一月十日，海岸警卫队司令任国栋立即返回武汉。率领老人星号战列舰战列舰，复仇号战列舰等二十余艘舰船沿长江而下。直扑上海。而第二十四师团长朱熙返回南京之后，下令军队整军备武，准备一战。第三十一师团长陈光远将部队江西乐平和福建寿宁，吴光新所部随同海军向东移动，麒麟军团与孙烈臣部第二十九师团随后立即南下。
彼时国防军以一个军团四个师团，由于国防军军队精简计划尚未实施，因此这总兵力为七个师团的南下部队总计十八万人。大军南下之时，浙江军队总兵力表面上是八万人，实际人数更少，且四面受围。
东，受国防军海岸警卫队的攻击。
西，受第二十五师团吴光新所部的攻击。
南，受第三十一师团陈光远所部的攻击。
西北，受第二十四师团朱熙所部攻击。
北，受国防军麒麟军团的攻击。
卢永祥与徐树铮越分析越流冷汗，战争还未打响，在外援无救的情况下卢永祥败局已定。
在扩充兵力之前，卢永祥和徐树铮盲目乐观地以为他们依靠着日本人的支持，再联络东南军阀，一定可以对抗国防军对抗王茂如。然而当王茂如真正动手的时候卢永祥傻眼了，日本政府并没有直接派兵增援，日本军方内部一部分人不愿意与中国国防军动手，只有部分海军军官嚷嚷着干涉中国内政，陆军却忽然缄默起来。而卢永祥四处拉拢却四处碰壁，在要打仗的时候，一个个将卢永祥全都扔在了一边。
为了获得外援，卢永祥迫不得已紧急向南方广东革命政府发出救援令，希望孙文能够派遣军队攻击福建，使得攻击浙南的国防军陈光远部不过粤军总司令陈炯明立即予以拒绝，为了一个卢永祥得罪了国防军，陈炯明除非是个军事白痴。孙文原本也稍微想过，只是国民党的军官幕僚立即抱着他的大腿说总统，这事儿咱真不能干，吃力不讨好还得罪人啊，孙文这才打消了念头。
为了配合国防军统一中国，民国九年十一月十七日，中华民国总统徐世昌宣布，罢免卢永祥浙江督军一职，浙江陆军司令由臧致平担任，并由总理靳云鹏提起国家公诉，起诉卢永祥分裂祖国身犯叛国罪，委任浙江警察司令夏超代任浙江督军。总统同时宣布罢免何丰林淞沪护军使一职，罢免其中央第六混成旅旅长一职，由该旅副旅长葛齐声担任第六混成旅旅长兼淞沪护军使。
在总统罢免了卢永祥与何丰林的浙江督军和淞沪镇守使之后，二人表示拒绝接受总统令并宣布浙江上海独立，二人于杭州发表独立通电，号召全国军阀反对独裁，支持民主独立运动。尽管二人只是为自己的利益，但是表面上的官腔却打得十足，独立就是民主，统一就是独裁，只是两人算盘打得再精明却也抵不过现实的残酷。
民国九年十一月当卢永祥与何丰林发表独立通电的第二天，上海发生了军事政变，北洋军第六混成旅副旅长葛齐声趁着何丰林去杭州参加军官会议之际一举夺权，将何丰林心腹全部抓获并关押起来，控制了第六混成旅。