因为NERV的各支部纷纷被攻占，那8台无人驾驶的EVA量产机很快就陆续就停止了行动，地下都市中的战斗并没有持续太长时间。
在“原剧情”——《EVA新剧场版》的“原剧情”中是没有EVA量产机出场的，可是楚轩在获得了赤木律子的所有记忆之后，对于主要是为了用在量产机上的“DUMMY~SYSTEM”始终保持着警惕，并且提前就联络好了帮手。
可是……
楚轩找来的这些帮手在战斗结束之后，却又纷纷将枪口对准了楚轩。
——这并非是螳螂捕蝉，黄雀在后的阴谋，只不过是因为楚轩刚才的诡异行径，让拉克丝?克莱茵不得不对他保持着一定的戒心，基拉等人只不过是在执行命令罢了。
不过基拉他们也对楚轩现在的形态产生了警惕，毕竟楚轩现在变成了一个巨人，而且构成他的身体的材料还是EVA初号机和第十使徒！
“相良中士，请你联系泰莎上校，将联合研究所的4号实验室顶棚打开。”
成为了巨人的楚轩很懂“规矩”，没有做出什么容易引起误会的动作——因为他根本就一动不动，只是“小声”地开口向相良中士提出了一个和现在的状况好像完全风马牛不相及的请求。
不过，只要泰莎进到了4号实验室之中就会明白的，因为在占地巨大的4号实验室里，有一台天顶星人专用的转换设备，可以让天顶星人在巨人形态与人类形态之间来回转换。
“楚轩，你现在还保有自己的意识吗？这个巨人已经被你完全控制了吗？”
驾驶着无限正义高达的阿斯兰好像接到了拉克丝的指示，主动从驾驶舱里走了出来，“试图”面对面地和楚轩进行对话，但其它几台高达却仍然没有移开对准了楚轩的枪口，果然粉红切开里面都是黑的。
“不用担心。这个巨人就是我本人。
我只不过是变成了类似天顶星人的生命体，在4号实验室里有一台我改造的转换设备，应该能顺利地将这个身体重新变回人类。”
尽管楚轩已经降低了音量，但他一说起话来却依然好像滚滚的雷声似的，不过阿斯兰却没有任何不适应，因为在人类对抗星际异虫的小行星带前线，他也曾和许多变成巨人形态的天顶星人战士并肩作战过。
接下来。楚轩先是请泰莎解救了被冷冻隔离的黑猫，又请她保护好绫波丽的“备用身体”，然后进入他自行改造过的转换设备中，在巨大的罐子里泡了将近150天，才终于重新变回了人类的形态。
——原本天顶星人的转换设备中是没有液体的，楚轩所制造的液体其实有着他所改良的巨人化病毒技术和基因强化调整技术。使他成为了理论是最完美的“新巨人类”，今后可以不使用转换设备，自由地在人类形态和巨人形态中转换。
EVA绝非“神”或“神的使者”，如果将《死海文书》看作一本某个外星种族在“荒凉的偏远星球”——地球上研发生物战斗兵器的实验记录的话，那么人类被认定为最后一个使徒“李林”，就可以解读成人类是那个外星种族所制造的最为成功的生物战斗兵器。
那么接下来呢？
接下来那个外星种族将人类之前的各种不成功的生物战斗兵器——即“使徒”封存了起来，留下了一部分已经制造出来的人类和自愿留在这里进行后续观察任务的外星人。并带着人类的基因信息这种成功的“产品”离开了。
留在地球上的外星人写下了隐晦地记录了一切的《死海文书》——其中还有再次唤醒过去封存在地球上或地球附近的宇宙空间中的“使徒”的方法，以及某个“崭新的想法”。
而离开地球的外星人则将人类的基因带回他们的战争前线，并用其制造出了天顶星人，和数量众多的星际异虫进行了长达上万年的战斗。
——在被林明美的歌声“打败”之前，天顶星人是一种男女分开，只知道战斗的种族，但他们和人类的基因却是完全相同的，只不过在无性繁殖之后又利用天顶星科技变成了巨人而已。这绝不是用“巧合”就能够解释的。
如果楚轩的推测没错的话，那个正体不明的外星种族应该就是《星际争霸》剧情中的“萨尔那加”，不光是使徒、人类和天顶星人，甚至连尚未出现的“星灵”和正在宇宙中肆虐的“星际异虫”也都是他们制造的生物战斗兵器。
只不过后来星际异虫泛滥到连他们自己都无法收拾了，所以他们不得不在勉力抵挡着星际异虫的侵袭的同时，再制造出一个繁殖能力足够强大（相对星灵而言），智力又足够高的生物战斗兵器——人类来。
但即使如此。萨尔那加人最后还是灭亡或逃跑了——倘若萨尔那加人获胜了的话，那么地球人类和天顶星人不可能再没有获得过任何有关萨尔那加人的消息，被留在地球上的萨尔那加观察员也不必在寿命将尽前留下《死海文书》了。
当楚轩从转换设备中出来的时候，季节已经从夏天变成了冬天。NERV和SEELE的事情全都被联合国与莱茵哈特皇帝解决了，楚轩完全没有插手——也压根就轮不到他插手。
将保存在他身体内的绫波丽灵魂完整地转移到了一具“备用身体”中之后，楚轩带着黑猫和绫波丽去探视了已经被软禁了将近半年，始终一言不发的碇源堂。
在一座环境清幽的别墅里，楚轩与舒舒服服地被软禁在这里的碇源堂见面了，除