不久之后，董卓便废黜汉少帝刘辨，迎立陈留王刘协登基为帝，将刚刚改元不久的元焘元年的年号，又改为中平六年，刘协便是历史中的‘汉献帝’。
董卓为了汉少帝不被其他势力摆布利用，将汉少帝夫妇和其母何太后一起囚禁在皇宫中，并派遣手下亲信死忠将士密加看守。
在董卓废立少帝之前，司隶校尉袁绍和尚书卢植极力反对，招惹到董卓勃然大怒，抽出宝剑欲斩杀袁绍立威，其实大半是想唬吓住袁绍。
袁绍基于四世三公袁阀子弟的骄傲，虽然有些害怕，仍然强自镇定下来，也拔出自己佩戴的宝剑，大声呵斥董卓：“汝剑利能斩人，某之剑不利乎？”
李儒忙劝阻住董卓，袁绍借机走出府门，他越想越害怕，连夜逃出洛阳城，去冀州刺史部暂时躲藏起来。
董卓第二天越想越气，罢免卢植的官植，发配至幽州军都山中服刑，他还想治袁绍的罪，后来知道袁绍逃走了，又有李儒的劝说，遂不了了之。
董卓做了太尉相国之后，为了稳住朝中的人心，他杷朝廷中有名望的人都加官进爵，以此来收拢人心。
任命太原王阀家主王允为司徒，王匡为河内太守，又听从李儒和投奔他的官员建议，任命袁阀的门生韩馥为冀州刺史。
连逃走的袁绍也被任命为冀州刺史部渤海郡太守，讨寇将军。
又大肄提拔杨阀的故生门人担任要职，一下子收拢住各世家豪族的心，都对董卓有了几分好感。
独有被幽禁在后宫的何太后哭得死去活来，还不自量力的大声责骂，口口声声说董卓欺负她们孤儿寡母，以臣子卑位竟然敢废黜皇帝，迎立刘协为帝。
这些怨言传到董卓的耳中，本来对何太后就没有好感的董卓，顿时大发雷霆之怒。
派遣李儒送给何太后一壶毒酒，象何进鸠杀董太皇太后一样，直接毒死了何太后。
汉少帝刘辨夫妇被幽禁在别处，连自己的母亲被人毒杀，一点儿也不知晓，他们还盼着有朝一日与母后团聚，真是可怜又可悲。
董卓又为了显示自己的治国能力，以及思贤若渴的名声，想到应该重用些当今的名士，显示自已博大的胸怀及任人为贤的胸襟。
可卢植因触怒他，被贬黜到幽州军都山中，其他该擢升的都提拔了，董卓想改变汉灵帝和十常侍及何进胡乱任命自己亲信的弊端，让世人对他心起敬意。
李儒建议董卓重用当今名士蔡邕蔡伯喈，此人是兖州刺史部陈留郡圉县人氏，是蔡氏世家子弟，精通儒学、音乐、书法等名种绝学，门生子弟桃李满天下。
“岳父大人，蔡邕曾担任过帝师（汉灵帝刘宏的书法老师），又是名闻大汉天下的名士。而且蔡邕上书过除去阉宦的奏本，还说过远奸阉亲贤士，必能治理好朝政。”
原来当年蔡邕的上书奏本，后来被当时的宦官曹节和张让等人察觉，支使宦官程璜诬告蔡邕大逆不道，意图谋害大臣等罪名，想一举置蔡邕于死地。
幸亏有大臣们联名帮蔡邕求情，汉灵帝刘宏又念及蔡邕教导过自己，免去了蔡邕的死罪。
于光和元年（公元178年），发配充军至并州刺史部朔方郡受苦，现在已经刑满归乡赋闲在家。
李儒信誓旦旦地向董卓担保：“岳父大人当重加擢升此人，并且在短时间擢拔其官职，定能收揽下天下士子们的忠心追随。”
董卓赞许的点头同意下来，令人持征辟文书，去圉县征辟蔡邕入朝为官，并让使者暗中威胁蔡邕。
蔡邕为了家族成员的人身安全，不敢轻易得罪董卓，只得进京出仕。
没料想到董卓在一天之内，连续三次擢升蔡邕的官职，最后做了侍中（官名，随侍在皇帝的左右）这个清贵又极得圣宠的高官。
蔡邕虽然不满董卓的为人处事，仍然对其心怀感激，之后推荐了一些有能力的人才入仕，帮助董卓治理国家，也让董卓收获了一些民心。
但董卓毕竟只是凉州的一个豪强子弟，又兼粗鄙厌文，对于士子文人之间的诗词唱和一窍不通，心中又不感一丝兴趣，一直无法与他们沟通唱和。
以致于清流士大夫们对他十分不满意，渐渐在暗处抨击董卓的不是，后来传到董卓的耳中，他更加厌烦和士人们打交道，以至于不再交流来往。
对于麾下的西凉精兵们，董卓仍然依据自己在凉州时的做法，根本不重视军中律法。
致使西凉精骑们时常在洛阳城中抢劫商贾，后来甚至发展到抢劫王公大臣和皇亲国戚及贵族富豪。
其中发生了不少皇亲贵族们与西凉精兵的武力冲突，董卓都偏袒自己的麾下，更加引惹得世家豪族们对董卓的憎恨。
西凉精兵们又禀承原有的军中规矩，将抢劫来的三成财物敬献给董卓，董卓怕伤了麾下将士们的忠心，便大大方方的照例收下。
以至于西凉精骑们更加无法无天，也更加桀骜不驯，甚至敢出手杀死与自方争执的世家豪族子弟，引发的世家豪族们对董卓更加不满意。
甚至发展到雇佣大侠刺杀董卓，数次之后引发董卓压抑已久的杀机，血腥斩杀了不少涉案的世家豪族，引发出人头滚滚的更大伤亡。
这下子各世家豪族老实了，再也不敢轻易招惹董卓，董卓见到世家豪族们如此欺软怕硬，自以为找到了至胜法宝，更加的热衷于血腥屠杀。
有一天董卓突发兴致巡视各地，