偏偏这个时候的神圣罗马帝国，急需一位强势的君主，鲁道夫二世的庸碌，让帝国错过了最后挽回的抢救机会，也注定了自己的悲惨结局，还不可避免的背了一个大黑锅。
平心而论，这时神圣罗马帝国的情况，是否是君王个人能力所能扭转的，都是一个问题。不过鲁道夫三世的管理国家的能力是真的差，这没什么争议。
由于鲁道夫不愿向奥斯曼帝国妥协，而且顽固地认为他可以通过一次新十字军东征统一所有信奉基督教的国家，1593年他开始了一场同土耳其的战争，这场战争一直持续到1606年。
期间的1604年他所统治的匈牙利发生叛乱，1605年鲁道夫被他的其他家庭成员迫使，将匈牙利事务的管理权交给了他的弟弟马蒂亚斯。马蒂亚斯在1606年艰难地分别同匈牙利叛乱者和土耳其人达成和平协议，鲁道夫对此非常生气，他认为马蒂亚斯所作出巨大的让步只是为了维持自己的权力，因此准备重新对土耳其开战。但马蒂亚斯争取到了匈牙利叛乱者的支持，迫使鲁道夫放弃了匈牙利、奥地利和摩拉维亚的王位给自己。
与此同时，波希米亚新教派抓住时机，提出更多宗教自由的要求，鲁道夫在1609年签署文件满足了他们的要求，赋予信奉新教的波希米亚和西里西亚贵族以宗教信仰自由和特权，这一举动成为了后来1618年开始的三十年战争导火索。
虽然波希米亚人的要求被满足了，但是他们却得寸进尺地施压要求更多自由，鲁道夫只得派兵镇压，波希米亚人转而向马蒂亚斯请求帮助。马蒂亚斯将鲁道夫囚禁在布拉格的城堡中，直到1611年鲁道夫将波希米亚的王位让与马蒂亚斯。
被弟弟夺去所有实权的9个月后，鲁道夫于1612年1月20日去世，去世时只剩下神圣罗马帝国皇帝这个空头衔，马蒂亚斯在1612年6月13日继承了鲁道夫的皇位。
不论如何，现在鲁道夫三世在位是个好事，至少短时间内神圣罗马帝国不会有什么大的动作，也不会有比较危险的尝试。