除此之外，菲岛的岛屿虽然不少，但是大都是种植橡胶、椰树、香蕉等农作物，其海下储藏的油气资源并不是非常丰富。
而尼西群岛则是个自然资源丰富的国家，素有“热带宝岛”之称。其中矿产资源、生物资源、农业资源和旅游资源相当丰富，为国家经济的持续发展提供了有利条件。
据后世记载，尼西群岛的石油、天然气和锡的储量在世界上占有重要地位。石油储量约为1200亿桶、主要分布在苏门答腊岛、爪哇岛、加里曼丹岛、西兰岛和伊里安查雅等地。印尼还拥有巨大的天然气储量，约有123 589 兆亿立方米 (相当于206 亿桶石油），其中己探明的为24 230兆亿立方米，主产于苏门答腊的阿伦和东加里曼丹的巴达克等地。锡的储量为80万吨，主要分布于邦加和勿里洞、林加群岛的新格岛等地。煤炭已探明储量为388亿吨，主要分布在加里曼丹岛、苏门答腊岛和苏拉威西地区。煤矿多数为露天矿，开采条件很好，煤炭质量也好，每千克热量在4000-7000大卡，含硫很低，但水分略高。镰储量约为560多万吨，居世界前列。金刚石储量约为150万克拉，居亚洲前列。此外，铀、镇、铜、铭、铝矶土、锺等储量也很丰富。根据印尼能源矿产部日前的统计，印尼煤炭资源储量约为580亿吨，已探明储量193亿吨，其中54亿吨为商业可开采储量。由于还有很多地区尚未探明储量，尼西政府估计煤炭资源总储量将达900亿吨以上。
亚洲地区是尼西煤炭出口的主要目的地，占出口总量的70以上，其次为欧洲和美洲。在亚洲地区的主要出口对象是印度、日本、中国等。尼西煤炭对中国的出口2010年达到4290万吨，已经成为中国南方部分地区的主要煤炭来源地。
粮食作物是尼西群岛种植业的基础部门。稻米是主粮。杂粮有玉米、木薯、豆类等。尼西是东南亚最大的豆类生产国，但单产较低。尼西是世界上种植面积仅次于巴西的第二大热带作物生产国。经济 作物大多在种植园种植，不但品种多，而且有的作物产量在世界上名 列前茅。尼西的胡椒、金鸡纳霜、木棉和藤的产量居世界首位。天然 橡胶、椰子产量居世界第二。产量居世界前列的还有棕榈油、咖啡、香料等。尼西是水果王国，盛产香蕉、芒果、菠萝、木瓜、榴莲、山竹等各种热带水果。
尼西群岛的森林面积为1。2亿公顷，其中永久林区1。12亿公顷，可转换林区810万公顷。尼西的森林覆盖率为67。8。尼西盛产各种热带名贵的树种，如铁木、檀木、乌木和袖木等均驰名世界。
后世，尼西是排华问题最为严重的国家之一。