蔡元培虽然没有政治经验，但不代表他就没脑子，相反在座人中他的智力比大多数人高得多，只不过平时专于教育和研究，对俗事并不在意罢了。听得张謇问他意见，他皱眉想了想，开口道：“我考虑了下，觉得还是按章总长意见办吧。”
蔡元培表明了态度，也等于相信了方子达电报中的陈述，张謇没料到会是这样，当即愣了一下，直愣愣地看着蔡元培简直不敢相信自己的耳朵。当确认他说的内容自己的确没听错后，张謇忍不住暗暗大骂蔡元培简直是个王八蛋，这么好的机会也不知道把握，居然还同意对方意见，根本就是读死书给读傻掉的典型。
段芝贵是个老狐狸，接任国防部长职务后的他在内阁会议中一直哼哼哈哈和稀泥，表现一贯低调，今天的会议也是如此，就如一个毫无关联的旁人一般基本不发表意见，只是装着打磕睡任凭事态的发展。
当见到内阁大多数都赞同章宗祥的意见时，段芝贵就知道用这件事把方子达搞下台是暂时不可能的了。既然如此，他也不会枉作恶人，当宋教仁点名征求他意见时，他就随大流地说了几句废话，最后婉转表示支持内阁决议。
内阁成员中，除少数如张謇这样的人外，基本上不是偏向方子达一派就是中立派，何况又没了段芝贵的明确支持，所以在宋教仁表示对此事表决时候很轻易的就通过了按照方子达电报中所要求的立即开始行动。
当天下午，宋教仁召集紧急国会，用k作为第一大党的优势在极短的时间就拿出了正式结果。接着，总理府召开新闻发布会，对孙文之死表示哀悼和强烈谴责，同时拐弯抹角地指责i本治安恶化状况，以表示对此案的高度重视，邀请协约国各国对此进行联合调查，以避免外界因素影响而导致的案情混乱。
与此同时，曹汝霖代表外交部召见i本大使，向i本zfu立即施放所谓的“嫌疑人”并澄清事实，还中国zfu官员以清白。
对中国zfu的要求，i本方面一口否决。口口声声说已经掌握了确凿证据，可以证明蒋志清和戴季陶就是杀害孙文的主使之一，而直接行凶者就是他们的护卫人员，根据东京jing视厅传来的最新消息，在他们的旅馆中已搜出了行凶的手枪，这个案子由于发生在i本本土，根据国际法律惯例，此案必须由i本司法进行duli审查，根本不需要联合调查，也没必要交由第三国处理。
曹汝霖当即对此反驳，他表示，蒋志清、戴季陶等人作为出使美国代表团成员具有外交身份，外交人员涉入刑事案，作为东京jing视厅根本没有权利出面扣押和调查，而应该先通报对方所在国的大使馆和外交部，随后在取得协商一致的情况下方可调查。而i本zfu这样做简直就是先斩后奏，至于i本zfu所提出的所谓证据，在没有中方派人员监督的情况下根本不足为凭。加上此案的受害者也是中国人，案情牵涉政治方面极其敏感，强烈要求联合重新调查，并在有必要的情况下交由第三国duli审查。