段祺瑞借口“养病”而递交辞呈躲到西山在前，何向东拒绝接受将军尊号和长江巡阅使头衔在后。在袁世凯看来，是段祺瑞已经降服了何向东，何向东此举是为段祺瑞称病辞职助长声势，要挟大总统。
那么，是否可以说黎元洪已经失去对何向东的影响力了呢？得再试一试！
恰在此时，蔡锷和蒋方震联名呈上《对日作战方略》，袁世凯转手交给副总统兼参谋本部总长黎元洪过目。黎元洪认为，日本是中国之大敌，早日定策早作准备，上上大善。袁世凯顺着话头说，当今中**队以第九师最善战，将领以何向东最有军略，不如由参谋本部出面组织一个秘密委员会，由总长牵头，何向东、蔡锷、蒋方震三人为核心，从筹备编练模范团新军起步，以期实现方略。
黎元洪知道袁世凯的意思，心中笃定的他立即拍发电报给长江中上游警备总司令部，请何向东北上会商大计。何向东回电称，职归陆军部管辖，请陆军总长下令指定司令部主事之人选，交接职务后即可奉命成行。
7月12日，黎元洪拿了回电给袁世凯看，袁世凯确信，黎元洪已经叫不动何向东了。
大树底下好乘凉，有人在朝好做官。
袁世凯为官多年，虽然也推行新政，但终究是旧官僚堆里打滚儿出来的，依着惯性思维，由此认定段祺瑞的势力已经大到非设法遏制、剪除一些的地步。乃召统率办事处坐办王士珍谈话，请其代替段祺瑞出任陆军总长。
王士珍无心****，如非年初时袁克定亲自到正定来请，是断然不会进京供职于**，当统率办事处坐办的。如今，看到袁世凯与段祺瑞斗气斗法，哪里肯接那烫手山芋？倒是当面劝袁世凯说“芝泉一向脾性就是如此，能迁就则迁就”，出了大总统府又给段祺瑞写了信，以老大哥的身份“责其意气过甚”，“贻笑旁人”。
段祺瑞露了肌肉，做够了姿态。看到王士珍的亲笔信就从西山回到北京，首先去大总统府拜见袁世凯，自称“祺瑞糊涂，得聘卿老大哥一番教训之后幡然醒悟，特来向大总统请罪，明日就到部办公和主持将军府事宜”。
袁世凯见识了段祺瑞手里的实力，对以段祺瑞、冯国璋为首的北洋军将领们更生出戒心，更急切的要组建新军取代旧军，届时才能以新人取代权大难制的老人，确保袁家天下无虞。此时，袁世凯自忖以模范团开始建设新军的策略没有见效之前，不宜与段决裂，还需借用段祺瑞的力量把那些越发难制的北洋军大小头目们管束住，以免生出更大、更多的麻烦来。
双方小心试探过一回之后，因陆军事权争夺而产生的“第一次袁段矛盾”就此化解。结果是段祺瑞失去对陆军大权的控制，陆军部成了一个空头衙门；换取以第五混成旅扩编的第十师人事权，段以与自己和王士珍关系都很密切的卢永祥为师长，令其加紧编整部队。
7月17日，豫南镇守使兼鄂军第一师师长黎天才“招抚白狼”成功，呈请陆军部、统率办事处准予整编其部为鄂军第三独立旅，赵白朗为上校加少将衔旅长，李鸿宾为中校参谋长，宋老年为第一团中校团长，王生祁为第二团上校团长。
同日，湖北的何向东宣布接受将军府定武将军名号，改警备司令部为长江巡阅使署。并以河南剿匪结束，请调十五师回鄂。18日，统率办事处回电汉口堤角，第十五师驻扎河南要害、不宜轻动，划归陆军部暨直辖；另调王占元之第二师驻防湖北，划入巡阅使署序列；再，湖南警备司令官窦秉钧中将调任第十五师师长，赵恒惕少将调任湖北警备司令官。
这又是一笔交易，何向东付出第十五师，换来第二师和一个独立旅，看起来是赚了，其实却是亏大发了！第十五师与第九师一样，是超编到一万八千多员额的大师团，炮团是54门火炮的满编制；王占元的第二师和赵白朗的补充旅加起来也就一万八、九千人，却一门火炮都没有，还得等着汉阳兵工厂的产出装备。
这笔账还有另外几种算法。
第一种算法，第二师原本是北洋军主力师，在槐树湾丢了炮兵团装备之后，一直元气未复，士气低迷，就算河南“剿匪”最紧张时，也部署在豫中和豫东护卫开封、项城，未曾动用。明面看起来是袁世凯对第二师的爱护，实则是对第二师战力的怀疑。以第二师进入湖北给何向东眼里掺沙子，顺便借助陆军第二军校和兵工厂的力量，帮第二师补补元气，在袁世凯看来是“何乐而不为”？哪知何向东如今最喜欢跟别人比掺沙子的能耐，第二师来就来吧，王占元要是配合、听话，那一年之内管保第二师脱胎换骨；不配合、不听话，那一年之内也管保第二师脱胎换骨，只是更彻底而已。
第二种算法，王占元一向与冯国璋亲近，这是北洋军系统发展过程中以桑梓观念形成的小圈子。何向东把第二师攥在手里，多少也算给南京方面加了一道保险。如此，宣武上将军冯国璋能够招呼的部队，就只有江西的李纯和冯国璋直辖的禁卫军王廷帧部。
第三种算法，原先的第九师、第十一师、第十五师都是超大编制，占用了第二混成旅、第六混成旅、第九混成旅的编制员额和陆军部拨发军饷。如今把这三个师交代出去之后，黎天才的鄂军第一师又兼着豫南镇守使，由河南财政开销军费。如此，湖北财税的地方截留部分，只需