三清因为和女娲一起解决了此次洪荒危机,而又得到了不少了的功德。虽然他们作为圣人已经不在乎这些功德了,但是他们门下都有弟子，有这些功德可以更好的庇佑弟子。
作为引发了这次洪荒大危机的祖巫共工与祝融则成了众矢之的。尤其是一向跟巫族不睦的妖族,帝俊借着自己天帝的身份，向巫族发出通告，要求他们交出共工、祝融。
祖巫们自然不会听帝俊的命令，更何况他们一向没把妖族所立的天庭当回事。没人说住在天上的一定会比住在地上的高贵,也没人说地上的一定要听天上的。
本来巫妖两族就已经面和心不合,这下子直接从斗口变成了动手。继龙凤大战之后洪荒的又一次大战打响了,这次的主角变成了巫妖两族。
早在巫妖两族就交不交出共工祝融之事开始扯皮的时候,三清就带着门下的弟子回了各自的道场,并且严格约束各自的弟子不得随便离开山门。他们已经预感到天道终于打算收拾巫妖两族了,枪打出头鸟,虽然他们三清已经成圣，可是门下还有许多的弟子。三清有着护短的本性，为了防止门下弟子被卷进巫妖大战中，他们只能先封山了。
当然在洪荒当中也有许多向三清一样敏感的人，尤其是那些经过龙凤大战的人，他们觉得现在巫妖两族的冲突跟当年的龙凤两族的冲突何其相象，换言之他们已经踏上了作死的不归路。所以为免被波及，聪明一点的也都躲起来了。
有躲起来的，自然也有迎难而上的。比如西方二人组，他们认为这是从东方偷得气运的良好机会，所谓富贵险中求，这个险值得冒。于是西方二人不时的来到东方，在巫妖大战中寻找机会。他们今天在巫族当中挑拨，明天就在妖族那边帮忙，看着双方有歇战的打算，就忙填上一把火。
就这么挑来弄去，他们居然真的从东方偷去了不少气运，继三清之后，也相继成圣了。
除了躲起来的和搬弄是非挑拨，洪荒当中还有一族既无法躲避，也无法抵挡巫妖两族大战的波及，这就是人族。
人族被女娲造出来的时候，女娲并没有赋予他们法力，只有经过修炼，人族才能进行修行，而且人族的修行过程很艰辛，没有大毅力的人是无法实行的。
当初三清在巫妖大战开始之初，就把所有在人族帮忙的弟子都撤回去了。这些三清门下在临走的时候，还一再的叮嘱过人族要小心，千万不要牵扯到巫妖两族的争斗中。
人族对于三清门下都很尊敬，他们自然会遵从这些人的忠告。不过人在家中坐，祸从天上来。人族不去招惹巫妖两族，可是巫妖两族却偏偏都盯上了人族。
巫妖两族都想压对方一头，可是双方的实力却偏偏势均力敌。没有办法只能想各种办法来增强自己的实力。后来这两族都发现人族的元神很适合被他们拿来炼阵、炼法宝。于是人族一下子就遭殃了，不是被巫族抓走，就是被妖族抓去，原本繁衍生息已经很有规模的人族一下子少了大半。
剩下的人族被迫迁徙以躲避巫妖两族，这些幸存下来的人牢牢记住了巫妖两族跟他们的刻骨仇恨。以至于后世的人谈妖色变，只要捉到妖就不会留情，这就是他们已经铭刻在骨头里的仇恨驱使的。
巫妖大战的j□j出现在夸父逐日之后。
妖族天帝帝俊有十只金乌儿子，这些金乌是日精所化，如果十日齐出，整个大地都会被烤干。十只金乌可以算是妖族的大杀器，不过因为金乌还都没有成年，帝俊疼爱自己的儿子，并没有让他们参与到与巫族的战斗中。
可是有一天十只金乌突然同时出现在空中，大地上的江河湖海的水份都被蒸发了，大地被晒出一块块裂块，人族和巫族的不少人都被活生生的热死、烤死了。
巫族当中有个叫夸父的，他大声的咒骂着金乌们，并且在大地上不停的奔跑着追逐着金乌所化的太阳，不过他最终还是被热死渴死了。
夸父有个朋友叫做后羿，他为了给夸父报仇，拿起弓箭来射太阳。普通的弓箭自然射不了太阳，不过他一次偶遇了一个游方的修士，这个修士给了宝弓和宝箭。用这把弓和宝箭后羿一下子射死了八个太阳，在他打算射死剩下的两个的时候，帝俊和太一带着妖族的援兵赶到了。
帝俊很爱他的十个孩子，现在一下子失去了八个，他的心情自然很愤怒，大喊着要杀死后羿为儿子们报仇。在这个时候，十二祖巫也带着人杀到了。祖巫们自然不会让巫族杀了后羿的。于是本来就相互仇视的巫妖两族这下子彻底不顾一切的打了起来。
这一仗打的天昏地暗，血流成河，双方都伤亡惨重。在鸿钧老祖作为天道的代言人出面阻止这场可怕的战争之前，妖族这边帝俊、太一战死，巫族那边的十二祖巫也死了大半。最后妖族的天庭打得人丁寥落，巫族的人口也减少了很多，可以说是两败俱伤。好在双方都还留下了一点苗裔，不至于灭族亡种。
因为在洪荒占有重要地位的巫妖两族一下子元气大伤，为了在天地之间树立新秩序，鸿钧重新立了天庭，负责掌握洪荒的事物。而新的天帝就是鸿钧身边的道童昊天，称为昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇上帝。他的另外一个道童瑶池也被立为新的王母。这就是后世人们所尊崇的玉皇大帝和王母娘娘。
在新的天庭确立之后，三清带着几个亲近的徒弟，