由于高远确认了监控没有被动过手脚，因此基本可以认定学校里，肯定有吃药变小的组织成员存在。
但因为对方迟迟没有行动，而柯南又调查了帝丹小学一到六年级的所有学生，却并没有找到可能是朱奈瑞克的人。
所以，这样平静下的阴霾，却让在学校里的小哀跟柯南都一直处于紧张的状态。
同时，唯一奇怪的事情，是根据高远的说法，那天晚上他没有在饲养小屋找到的那只疑似由鼠爸爸变小而来的幼鼠的情况了。
但是，在得知此事后的第二天，柯南跟小哀就前去饲养小屋观察了，可是却发现这第三只奇怪的幼鼠，却是实实在在的，就待在饲养小屋之中。
询问了负责饲养小屋的老师，以及常来观察天竺鼠的同学，也都没人发现过天竺鼠曾消失过的事情。
因此，高远那天发现的那只天竺鼠不在饲养小屋中的情况，也就成了一道新的阴霾，笼罩在众人头上。
调查没有任何更多的进展，可能是朱奈瑞克的人物也迟迟没有现身……
渐渐的，这样状况，让人不得不思考对方真正的目的是什么——
因为，如果按照此前的推断，对方就是有可能选择逃出组织的朱奈瑞克的话，为什么对方已经找到小哀这么长时间了，却迟迟没有动作呢？
是发生了意外……
或者，从一开始大家的推测就是错误的？
因此，每一分每一秒，柯南跟小哀在校内都不能松懈下来——
于是，终于到了某一天，一直处于紧张状态的小哀，还是有点撑不下去了，便去到了保健室休息。
但事件，就在此时，发生了——
小哀，失踪了……