第二部分 炼制天医神体
回到盘古大陆后，程驰与父母相处了两个月后，带着剑飞燕和荷思君，回到大学。一个月后，终于修炼到了凝魂境。莫行善进入程驰意识海，找到邪神元灵，报告自己已经帮助程驰进入玄脉凝魂境。邪神遵守约定，告知莫行善炼制天医神体的材料。其中最主要的一项，便是塑灵土，需要前往山海怪林（崇拜万物创造者女娲）万妖城获取。
无奈，程驰只好再次出发，让剑飞燕扮作自己，代替自己上学，而自己则前往昆仑殿，寻找进入山海怪林的方法。
在寻找昆仑殿无果的情况下，遇到了在外游历的茅山园门徒张道陵。张道陵答应带领程驰前往昆仑殿，但条件是，程驰答应帮助他夺取茅山园丹道大会，帮助他登上茅山园的丹堂长老之位。
程驰无奈，只得答应。跟随张道陵前往茅山园。借助“易形丹”，程驰与张道陵互换身份。在丹道大会上，程驰夺得头筹，为张道陵拿下丹堂长老的职位。
而在此时，来自苍幽死国的复仇者青瑶，带着苍幽戾灵，突然而至，在茅山园大开杀戒。程驰与众人一起，击杀青瑶。程驰在张道陵（精通三界知识，有大运道。盘古绝杀令的持有者，盘古大陆渡世者。）的指导下，控制了苍幽戾灵，与他产生了某种联系，苍幽戾灵化作与程驰一模一样的东西，平时则附身在他的手臂上。
事情了结后，程驰与张道陵前往昆仑殿，得知进入山海怪林的办法。他们前往万妖城，寻找塑灵土（塑灵土下落只有万妖城妖皇欧阳桓知晓）。却不曾想，辛巴的身份被人识破。遭遇到以八翼凤凰和冰霜应龙为首的势力追杀，程驰误入八翼凤凰的圈套，置辛巴与险地。
【提要：妖皇欧阳桓带领独子欧阳玄烨前往魔族，商议攻打神州的事情，在地界，遭遇苍幽死国地皇袭击，后同伴八翼凤凰和冰霜应龙，暗下毒手，致使他重伤身陨，独子欧阳玄烨逃脱。】
程驰及时识破八翼凤凰的阴谋，救下辛巴。顺利将辛巴送回麒麟一族。为帮助辛巴获得泰坦麒麟的传承，程驰等人前往山海怪林的巨人族，寻求巨灵液，为辛巴净身化形。而后又前往朱雀族（八翼凤凰管辖），寻回麒麟族失落的圣物——麒麟玺。
最后，程驰带着辛巴，进入麒麟禁地，助其完成传承。程驰也在麒麟圣地，强化肉身，获得麒麟臂。并得知了万妖城之皇，泰坦麒麟欧阳桓的真正死因。（八翼凤凰和冰霜应龙，为夺得万妖城，联合苍幽死国地皇，一同击杀泰坦麒麟。达成协议，共谋三界。在地皇看来，万妖城只要没有欧阳桓，取之轻而易举！）
眼看大势已去，八翼凤凰和冰霜应龙，对麒麟族发动灭族屠杀。程驰及时从禁地中出现，大战八翼凤凰和冰霜应龙。最终，辛巴成功获得传承，击杀叛逆，成为万妖城新的王者。
在辛巴的指引下，程驰进入万妖秘境，寻找塑灵土。获得无数天材地宝，找到了塑灵土。告别辛巴，张道陵决定留在万妖城，提升实力。程驰来到神魔绝域，邪神控制程驰身体，为莫行善炼制天医神体。
获得新生的莫行善，决定浪迹三界，寻找失散的妻子。临别时，将九黎珠交给程驰，作为纪念。程驰前往诤世宫，探望赵云姬。熟料，王沧海已经率领王家，归并为诤世宫的实力。程驰利用多余的塑灵土，为王沧海炼成新的手臂。两人情到深处，***合。
王沧海坚持留在诤世宫，将诤世宫发展为超级势力，而程驰无奈，返回盘古大陆。