刘铭传亲自率领近卫团，驻防沪尾，手下主要军官分别是林朝栋、唐殿魁和刘盛藻，同时将李彤恩和孙开华，这两个一文一武，原先就驻守沪尾的官员，也调进了近卫团；
周盛波指挥的练军两个团，全部集结在“长城”山脉里，周盛波本人带一个团，防御月眉山地区，杨洪彪带另一个团驻守基隆岭一带；
这样，在法军进攻基隆时，最有战斗力的部队全部放在第二线，可以完整的保存力量。
在港口防御，重点也在沪尾港。
沪尾港其实是淡水河的入海口，它是台湾最重要的商业口岸，也是台湾茶叶最重要的输出中心，英国人很早以前就在这里设置了德记洋行，专门贩卖台湾的茶叶和樟脑，每年光茶叶出口就有五六百吨。
孙开华一直担任陆路提督兼沪尾守备，此人十八岁参军，打仗极为勇猛，但是长得却是一副女人模样，颇为妩媚，大家暗地里都叫他“孙美人”。
至于李彤恩，原本是担任沪尾的通商委员，对沪尾洋人的情况非常熟悉，而且很有智谋。他本来体弱多病，想要退休，但刘铭传将他留下来，作为智囊倚重使用。
在李彤恩的建议下，刘铭传采取了几项重要举措，第一项就是堵塞沪尾港，用一些帆船装填上石头，沉在沪尾港口水底。这样，吃水深的大型战舰，就无法进入港口，但是一些轻型船只仍能进入。沉船选择的戎克船，所谓戎克船就是中国独创的帆船。同时在港口设置了大量的浮动木桩。
沉船堵口，自然会影响港口的贸易来往。为此，李彤恩与英国领事反复交涉，辨明厉害，才使对方接受堵口。
第二项措施是在港口内安设了数十枚水雷，这些水雷并非锚雷，而是装满了炸药和电雷管，用电线遥控指挥的电发水雷，指挥所就放在港内炮台的后面。
其外壳采用生铁、熟铁、马口铁皮、铜或木材等制作。炸药为黑火药，发火机构叫电雷管，主要以二铜丝装入导管内，铜丝下端连以白金丝作为电桥，将导管插入铜管，装以雷管、棉花药（硝化棉）等物，然后密封，用电线连接，一线一雷，也可一线数雷。所用电源则大都为湿电池，电池大都进口。
有了堵口、水雷、以及炮台的配合，法军就无法发动突袭了。
第三项措施是严格监管那些外国船只以及外国引水员（领航员），使其不被法军利用。
同时沪尾炮台也得到了整修加固，有两门280克虏伯重炮，这样的火力就相当可观了。
而基隆港虽然不是防御重点，但也对基隆炮台做了改进，主炮台有两门170滑膛炮，另左右各有一个副炮台，共有六门180滑膛炮。但是除了那两门克虏伯炮，其余的都是旧式的滑膛火炮。所谓滑膛炮，就是炮膛里面没有螺旋膛线，早期火炮大都是滑膛炮，其射程、威力和稳定性远远不如线膛炮。
法国的装甲军舰，装甲最薄处也有150厚，只要距离1000米开外，这些滑膛炮炮弹，即便击中也无法穿透。
但正如刘铭传事先的规划，就不必对这些火炮进行更新了。
现在一切准备就绪，就等法国人动手了。