征东行省在高丽国的统治没有达到地方统治的层面，只在高丽国都城设有行省官署，没有建立管辖路府州县的地方统治体制。
征东行省的长官只任命高丽王一人为丞相，其下平章政事、左右丞、参知政事等官职基本是缺而不任，下属机构的官员一般由高丽人来担任。征东行省一般官员的任命程序，是由行省丞相（高丽王）向元廷保举任官人选，奏请元廷批准备案批准。
至正十一年（公元1351）爆发了红巾军起义，迅速发展为大规模的农民战争，元朝统治已经处于风雨飘摇之中。在这种形势下，高丽恭愍王决意逐渐脱离元朝的控制，走独立发展的道路。
1356年（元顺帝至正十六年、高丽恭愍王五年）3月，“罢征东行中书省理问所。”10月，在高丽使臣李仁复的上书中告知元廷，高丽已将征东行省“理问所等官司，一切革去”。又向元廷请求：“蒙钦依世祖皇帝旧制，除三万户镇守日本外，其余增置五万户府及都镇抚司，乞皆革罢”；“（元朝）枢密院所差体复使亦宜停罢；宣徽院、资政院、将作院、大府监、利用监、太仆寺诸衙门所差人吏，一切禁断。其方物可充用度者，明立额数，听本国自献。”理问所与都镇抚司是征东行省的诸机构中涉及高丽国军事、行政事务较多的部门，这两个机构及所属的5个万户府撤销后，征东行省的职能实际上转变为以迎送元使为主的机构。同时，又禁止元廷各官司派遣来高丽所取物品的官使，由高丽国向元廷供奉方物。从而使高丽国与元朝的关系，由特殊政区恢复到行省设置以前的内属国
2元地理志
《元史?地理六》
征东等处行中书省，领府二、司一、劝课使五。（大德三年，立征东行省，未几罢。至治元年复立，命高丽国王为左丞相。）
高丽国。（事迹见《高丽传》。至元十八年，王睶言：“本国置站凡四十，民畜凋弊。”敕并为二十站。三十年，沿海立水驿，自耽罗至鸭绿江并杨村、海口凡三十所。）
沈阳等路高丽军民总管府。
征东招讨司。
各道劝课使。
庆尚州道。
东界交州道。
全罗州道。
忠清州道。
西海道。
耽罗军民总管府。（大德五年立。）[1]
1280年，元朝为了东征日本，在朝鲜半岛设置征东行省，在高丽首都开城派遣“达鲁花赤”监督高丽国政。
1281年，随着进攻日本失败曾一度解散征东行省。
1284年，忽必烈将耽罗（济州岛）归还高丽。
1287年，复设征东行省。
1301年，元成宗撤销高丽征东行省的行省建置。
1355年，高丽吞并元朝双城总管府。
1363年，崔荣成功战胜残留在济州岛，平壤等地的蒙古军队，收复这些地区的主权。
4机构和职能
征东行省由于具有羁縻统治的特殊性质，其下属机构的设置、官员的任免以及行省的职能与元朝内地行省也有所不同。元顺帝至正十六年（1356），高丽恭愍王遣政堂文学李仁复如元的上表中论及了征东行省的设置及相关的事情：
切惟世皇（元世祖）征东，令国王为丞相，行省官吏，委国王保举，不入常调，非他行省比。其后续立都镇抚司、理问所、儒学提举司、医学提举司。比来省官皆托妇寺，滥受朝命，擅作威福。小邦有监察司、典法司，掌刑听讼，纠正非理，而省官听人妄诉，拘取诸司所断文卷，以是为非，莫敢谁何，人疾之如狼虎。况今省官有与逆贼谋者，愿自今其左右司官，令臣保举，勿蹈前弊。其理问所等官司，一切革去。世皇东征日本时，所置万户中军、右军、左军耳。其后增置巡军、合浦、全罗、耽罗、西京等万户府，并无所领军，徒佩金符，以夸宣命，召诱平民，妄称户计，勒令州县，不敢差发，深为未便。如蒙钦依世祖皇帝旧制，除三万户镇守日本外，其余增置五万户府及都镇抚司，乞皆革罢。朝廷使臣及府寺院监司所差人吏，多是小邦之人，不务宣上德意，专要夸耀乡闾，威福自恣，恩仇必报，屈辱宰相，凌犯国主，经年不还，增娶妻妾，无恶不为。
将上述记载的内容与《元史》、《高丽史》、《高丽史节要》等史籍资料相印证，可知征东行省的下属机构有：左右司、都镇抚司、理问所、儒学提举司、医学提举司等，与元朝内地行省相同机构的职能既有相同的方面，也存在不同的方面。
左右司，是掌管行省日常事务的机构，设官与内地行省基本相同，置“郎中二员，从五品。员外郎二员，从六品。都事二员，从七品。”下属官吏有掾史、宣使、译史（通事）等。征东行省左右司的特殊职掌，一是传达或秉承元朝的旨意在高丽国行事，二是转交高丽国百官给元朝的上书。
都镇抚司，是掌管军务的机构。《元史?兵志》记载：“遇方面有警，则置行枢密院，事已则废，而移都镇抚司，属行省。”都镇抚司长官为都镇抚、副都镇抚。在征东行省，元世祖时期为东征日本，在高丽国置万户中军、右军、左军。其后增置巡军、合浦、全罗、耽罗、西京等万户府。按照元朝制度，没有战争的时期，诸万户府由行省都镇抚司掌领。征