宣政院，初名总制院，是中国元朝时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
至元元年（1264年）元世祖忽必烈下诏设立总制院，院使秩正二品，由当时的元朝帝师八思巴兼领，并设有院使、同知、副使等官员，下辖吐蕃地区各级地方行政机构，包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、元帅府等。当时全国藏区被划分为三个宣慰使司都元帅府（即吐蕃等处、吐蕃等路、乌思藏纳里速古鲁孙等三路），均受总制院管辖。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请根据唐朝在宣政殿接待吐蕃使臣之例而更名为宣政院，由帝师兼领，被批准，而且院使升从一品，与中书省、尚书省、枢密院、御史台并列。
根据元朝的规定，对于全国各省佛教和吐蕃地区的一般性事务可设行宣政院驻当地处理，如遇重大军事则由宣政院与枢密院联合负责处理。他们凡是对汉地佛教有利的也做。
元朝掌管全国佛教事务并统辖吐蕃地区的中央机构。初名总制院，于至元元年（1264）设立，以国师八思巴领之。二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员（后增至十员），其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。
灭宋后，即置江南释教都总统；至元二十八年，又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。
至大四年（1311），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。至顺二年（1331），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
元统二年（1334）罢。宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
元代特别重视宗教，对于佛寺大加保护，特设总管机构“大禧宗禋院”，有院使、副使等官。所属各大寺院设总管府（如“南镇国寺”，设龙禧总管府；大“护国仁王寺”，设会福总管府；“大承天护圣寺”，设龙祥总管府等）。此外还设有田赋提举司、营田提举司、财用所、民佃提领所、香户提举司、营缮司等。在这方面几乎政教不分，而以正式官署管理寺院事务也是前代所未有的。
历代掌管宫廷器用之制作多为少府监所属官署。而将作监则掌管公用之建筑。元代升将作监为将作院，专司宫廷器用及衣冠服饰之制作。其所辖各种工艺品的作场也是非常繁多的，依其种类分设三个总管府掌管：一、诸路金玉人匠总管府。所属有玉局提举司、金银器盒提举司、玛瑙提举司、金丝子局、带斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、画局、装钉局、大小雕木局、温犀玳瑁局、漆纱冠冕局等。二、异样局总管府。所属有异样纹绣提举司、异样织染提举司、纱罗提举司等。三、大都等路民匠总管府。所属有备章总院、尚衣局、御衣局、织佛像提举司等。
关于宫廷的职事，专供皇后的有中政院，所属有中瑞司、内正司、正翊司等。专供太后的有徽政院；供应太子的有储政院。总之，元代的皇后、太后、太子诸王都可以有领地，有丁口，国官与宫官交错设置，政令分歧，是历史上所仅见的奇特现象。
元代所设各院，与传统比较接近的是：太常礼仪院、典瑞院、太史院、太医院（其所属有惠民局及医学提举司，是有关医疗事业与医学教育的）。
元末设置的奎章阁及艺文监，专掌书画鉴定及刊布图籍之事，也是前所未有的特设机构。
元代的驿站制度特别发达，因此而特设通政院以管理全国驿站之事，而於各路置脱脱禾孙一官以辨奸伪。
元代官制特点：
第一，除最高机构外，一般中外军民官署皆在主官之外设一达鲁花赤，主要由蒙古人担任，特别是外官，自总管府以至府、州、县行政实权皆操在达鲁花赤之手。
第二，自仁宗始，开科取士，分蒙古人、色目人与汉人、南人为两榜。虽已稍变初期专用蒙古人担任要职的做法，但南榜进士最多做到御史台及六部尚书为止，最高职位仍限于蒙古族人。
第三，事务官及吏员比较充实，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有发言任事之权。这是由于蒙古高级官吏对情况不够熟悉，能力薄弱，不得不假手於这些低级职员。
第四，工艺技术官司之设置十分繁琐，这是由于元代手工业发达，有匠户组织的缘故。