日军为了防御旅顺要塞，特地从各个师团选调精锐，编成了旅顺要塞驻屯军，由陆军大将大山岩担任司令，大山岩是日本陆军元老，1885年的时候曾经担任过日本陆军大臣，也就是陆相，在甲午战争之时，他指挥日本第二军在金州、大连一带登陆，并围攻旅顺。
在攻克旅顺之后，大山岩纵容部下对旅顺展开洗劫，发生了震惊世界的旅顺大屠杀，旅顺大屠杀虽然发生，可是大山岩却认为，对旅顺进行屠杀不算什么，是完全正常和恰当的。
日本旅顺要塞驻屯军总共有三万人，要塞中囤积的粮食，足够三万人吃上五年，这么多粮食，日本只囤积了一小部分，大部分都是清军当年囤积的，清军在弃守旅顺要塞之后，把这些粮食全都留给了日本人，没有一个人想到烧毁这些粮食。
值得一提的是，日本人在旅顺要塞中囤积了大量黄豆，日本人之所以要囤积黄豆，也是有独到考虑的，要塞防御作战，常常要坚持很长时间，几个月、甚至是几年，在这种情况下，蔬菜会变得极其匮乏，因为蔬菜容易腐烂，难以长时间保存，而人体是不能缺少蔬菜的，缺少蔬菜，会让人体极度缺乏维生素，导致败血病的发生，严重的可以导致死亡。
这一点在世界战争史上有前车之鉴，林飞时代日本围攻旅顺要塞的战役，打到最后，被围困了将近一年的俄军缺乏维生素，非战斗减员极其严重，最终不得不向日本投降，投降之后第一件事情就是向日本人讨要蔬菜和水果吃。
日本打开俄国人的粮仓一看，当时就笑了，因为里面满满的都是黄豆，如果那些俄国军官能有一个，拥有华夏农民的智慧，把黄豆发成豆芽，就不会缺蔬菜了。
日本文化启蒙于华夏，农业文化更是如此，他们当然知道用黄豆发豆芽的法子，因此囤积了大量黄豆。
日军囤积好了粮食，要塞工事也进行了精心加固，日军对要塞工事进行了别出心裁的改进，并把这些工事命名为“叹息之壁”，意思是无论是谁，来到这些工事面前都只能叹息。
日军这种防御工事由高低不同的三层组成，最后一层，也就是第三层，最高，高出地面十五米，上面每隔三百米部署一门火炮，火炮一部分是日军自己的，更多的是清国的，这层工事主要负责远距离杀伤敌军，由于火炮的布设位置高处地面十五米，所以杀伤距离高达三千多米，只要有敌军进入靠近工事三千米的距离，就会遭到火炮的沉重打击。
第二层防御工事位于最后一层工事下方，高出地面七米左右，这一层主要是步兵在防御，装备马克沁重机枪，杀伤距离高达一千多米。
最后一层防御和第二层防御，可以从三千米之外杀伤敌军，这基本上断绝了敌军步兵夺取要塞的可能，训练有素的士兵跑过三千米的距离需要十三分钟时间，跑过一千米距离需要四分钟时间，而且这样跑是全力跑，不留一点体力给后续战斗，战场上绝对没有人这样跑，所以真实战场上需要的时间更长。
这么长的时间，多少敌军都被杀光了，更何况日军工事前面的空地上还布设了大量铁丝网、鹿角，让步兵的冲锋更加困难。
这两道防御工事已经够让人“叹息”的了，日军还嫌不够，又准备了第一道防御工事，这第一道工事更加凶狠！
第一道防御工事，是一条宽三十米，深十米的壕沟，敌军步兵冲过来，只能先进入壕沟，再向后面冲锋，壕沟在战场上很常见，可是日军这道壕沟，却和别人不同，别人最多在堑壕下面埋设地雷、尖竹签，而日军在壕沟下面，布设的是堡垒。
壕沟下面，每隔一百米布设一座堡垒，堡垒有向上射击口，敌军士兵只要敢从上面下来，就会被堡垒里的火力杀伤。
这三道防御工事极其坚固，日本自从1895年攻占旅顺之后就开始经营，到现在已经有五年多的时间，终于把这条“叹息之壁”修筑完毕，修筑的时候，强征了大量清国百姓，用刺刀和皮鞭威逼清国百姓为他们干活，死的清国百姓超过五千人，尸体都被日军喂了狗，林飞虽然知道这件事情，可是并没有重视，也没有干涉，这也成了日后反对派用来攻讦林飞的重要借口。
俄军在面对这条防御工事的时候，硬是没敢靠近一步，连一次试探性的攻击都没有。
林飞深知攻克旅顺要塞的难度，他从山东调集六万军队，围困旅顺要塞，这些军队都是从清国招募来的新兵，林飞在占领清国各地之后，就在当地招募兵员，组建部件，这些部队由华夏军派人担任军官，清国百姓当士兵，部队番号以部队所在地省份开头，后跟“师”等编制，比如说山东的部队，就以“山东第一师”“山东第二师”为编号，这六万人，编成了三个师。
这些新兵主要负责围困旅顺要塞，割裂旅顺要塞与其他部分日军的联系，真正的要塞攻坚部队，林飞决定交给常设主力师。
华夏帝国大多数常设主力师都在清国，所以林飞派出了驻守苏门答腊岛的主力师，第十三师和第十四师，两个师共计三万人。
自此，林飞已经在旅顺要塞集结了差不多九万人的兵力，林飞把这部分部队编成旅顺方面军，由李明白担任总司令。
一九零一年一月五日，李明白命令山东第一师、山东第二师和山东第三师向旅顺要塞要塞左右两翼的日军据点发动攻击，日军把