对于白彦虎的归降，马福祥兄弟是非常不愿意的。他们不但不喜欢白彦虎这个为了自己的私利，而置几万陕西起义军不顾野心，同时也对这个与阿古柏这样的侵略者同流合乌的行径而不耻与伍。当那名士兵说出了白彦虎派来的使者的目的的时候，两兄弟同时站起来，大声向左宗棠阻止道：“司令，绝不能答应他们。如此一来大清的颜面何在，大清的威严何在？“
左宗棠很理解两兄弟对于白彦虎的痛狠，但是他却不得不为新疆新的局势多做一些考虑。阿古柏的入侵已经被镇压了，可是俄国人却趁着阿古柏东侵吐鲁番的时候，出兵占据了北疆。现在的时刻，左宗棠最需要的便是后方的稳定与时间。
他在指挥所里转了一几圈，不无无奈地对着马福祥两兄弟苦笑地道：“两位将军，不是左某人不顾及朝廷的威严，实是现在新疆的危机未除，我们还需要时间去驱逐洋人。在吐鲁番与阿古柏的残部消耗时间只会对我们有百害而无一利。相对白彦虎的罪恶来说，北疆更加重要！“
大军新平定了阿古柏的南疆叛乱之后，左宗棠需要时间修复战争以及阿古柏统治新疆之时给南疆带来的伤痛。被叛军占领的城池需要收复，被驱散的百姓需要安抚，而重中之重的新疆各势力被消来之后，留下来的政权空白需要左宗棠花费精神去接收与调整。
马福祥两兄弟知道左宗棠说的都是事实，恨恨地叹了一声之后，只得同意了左宗棠收编白虎军的要求。两天之后，白彦虎带着数十名白虎军的残余部下，以及阿古柏血淋淋地人头来到吐鲁番，向清军投降。左宗棠实现了自己的承诺，他没有过多的追究白彦虎的罪过，让白彦虎将功补过，率着白虎军的残部纺入兰州军区序列，接受整改。
同时随着阿古柏的死亡消息渐渐在南疆传开，原本被洪福洪汗国占据的所有地区与城池纷纷倒戈，将洪福汗国的守将领杀死，引领大清军队入城。左宗棠一路率军急进，仅仅只用了一个多月的时间便轻意将南疆收复。
随后，左宗棠开始整肃南疆的政治局势，将原本在南疆势力巨大的几个新疆旧势力解除武力，将七大城池撤番置县，上报朝廷，让朝廷尽快派遣官员到新疆复任。
随着左宗棠迅速地收复南疆，咸丰开始将注意力转向侵入北疆的俄军身上。面对着俄国屡教不改的举动，这次咸丰并没有直接向俄国宣战，他第一时间公开向外界宣布接见前来北京求见他的德国驻华大使马克夫。
大清的这一举动严重地振悍了欧洲的“三国协约“集团，三国惊恐地发现，即使大清一片乱蓬蓬的局势，仍然对协约之间会产生严重的威协。在咸丰招见了马克夫不久之后，英法两国的大使专程赶往了北京求见咸丰，一来表示其对俄国人的侵犯行径感到报歉，二来也是想打听咸丰与马克夫之间到底有没有像外界传言的那样，某此对协约国有巨大影响的条约。
可惜他们却一无所获。咸丰除了对俄国人一而再，再而三的入侵大清的行径义愤填膺之外，便是不断地遣责英国人伙同俄国人唆使阿古柏入侵新疆，造成了新疆今日无可挽回的损失。
“大清的土地，一寸也不会让任何外人夺走。大清的勇士将不惜一切代价，将入侵大清的敌人赶出大清！“这是咸丰当着英法两国的大使当廷哮的话。
两国大使带着无可奈何的心情，紧急发报给俄国，希望俄国人在激动大清的愤怒之前，尽快从乌鲁木齐撤军，以免大清与德国之间达成同盟协定，到时候英法两国虽然没有什么好果子吃，而处在中德两国之间的俄国将会是最大的受害者。
面对着好不容易从新疆夺取的成果，俄国人一时犹豫不决。他既不想招惹大清，使得大清对俄生出报复，也不想就那么轻而易举地被大清的威言恫吓几句便灰溜溜地退回俄国境内。
俄国人需要考虑自己的得失，但是左宗棠却不会给俄国人任何多余的时间去考虑自己的得失。在平复了南疆的****局势这宾，左宗棠马不停蹄，率领大军向乌鲁木齐开进。对于北疆，左宗棠志在必得。他让金顺与李锦棠为先行，带着大军，沿着俄国人难以预料到的路线，突出骑兵，很快便将乌鲁木齐从俄军手中夺了回来。
原来，金顺与李锦棠率军从阜康出发，以声东击西之策迷惑俄军，一面沿着俄国防御严密却供水方便的小路，出敌不意地迫近了乌鲁木齐的北面重地古牧地。俄军没有想到清军不是沿着大道而来，却是从自己防御严密的小路前来，一时被打得措手不及。
清军攻克古牧地之后，迅速将乌鲁木齐的外围俄军据点一一肃清，最后，清军利用大炮，将乌鲁木齐的城墙轰倒，大清军从缺口处冲入城中，将守城的五千余俄军，全部歼灭。随后左宗棠命李锦棠守城，让金顺趁胜追击俄军。
清军气势如虹，一路穷追打，俄军根本没有办法稳住防线。加上此时的俄国大本营对于俄军到底该坚守大清的北疆，还是听从英法两国的建议，撤出北疆出现了几种不同的声音，俄国大本营对于北疆的俄军军事行动，一直没有明确的表态。
这使得俄军在北疆的行动，行止上无法统一，增援与要增援的人都无法对局势做出准确的叛断。清军一路之上，先后将被俄军占领的昌吉、呼图壁及玛纳斯北城。咸丰二十二年十一月六日，俄国大本营终