但是，莫斯科并不赞成中共毛泽东主席对形势的估计和所设想的对抗措施。还在事变爆发前夕，即1941年1月4日，共产国际总书记季米特洛夫就曾针对毛泽东主席对国民党的激烈态度，在电报中提醒过他：不该将破裂作为出发点。
皖南事变的发生，使毛泽东主席相信自己以前的估计和态度并没有错，错的其实是莫斯科。再加上他15日给共产国际去电后，莫斯科方面一直没有回复，因此，他更加坚信自己的判断没有错，故一再向党内各领导人强烈地表示对莫斯科的不满。刚一得知皖南新四军全军覆灭的消息，他就愤然致电周恩来副主席，要周副主席质问苏联驻华武官兼军事总顾问崔可夫：“蒋介石无法无天至此，请问崔可夫如何办？”
但苏联驻华大使和武官都表示，目前局势须有全局的观察和布置，尤其要从各方面探查，蒋介石是不是与日本有秘密联络，或有新的谈判。要判断蒋介石是否有意破裂，不仅要注意华中国民党的部队，也要注意胡宗南或其他方面的国民党军的动向。虽然必须积极加强军事准备，但“今天的工作中心，仍是求得抗战继续。”但毛泽东主席仍坚持蒋介石就是蓄意破裂。
20日，毛泽东主席在电报中干脆告诉各方领导人说：现在的问题是远方（指苏联）的政策与我们所想的相左，三个月来几经往复，尚未得到解决。
23日政治局会后，毛泽东主席更是尖锐地批评苏联继续寄希望于国民党的做法。他明确地告诉周恩来：朋友们的意见是错误的，请对朋友们说，蒋介石一月十七日命令是中国全国性突然事变的开始，是全面投降全面破裂的开始，要他们停止接济，准备后事，不然要上当的！
25日，看到周恩来副主席转达的苏联驻华大使等各方的意见，强调蒋并非真要破裂，认为延安的估计有些过激等，毛泽东主席当即明确表示：人家已宣布我们叛变，我们决不能再取游移态度，我们决不能再容忍，我们决不能怕破裂，否则我党就要犯严重错误，因此延安命令及谈话的全部内容，包括文字在内是完全正确的。我们表明态度之后听凭蒋介石去处置，或者他执行我们的十二条，两党重归妥协，或者实行全面破裂。你们应向各方表示，蒋介石已将我们中国共产党推到了对立的地位上了，除非蒋介石取消十七号关于撤销新四军番号的命令及实行其他必要步骤，我们是只有和他对立一途，因为我没有别的路走。