就在林达标上密折的三天后，林哲召见了军方施清瑄、林达标以及诸多将领，商议海陆分离事宜。
施清瑄得知林达标要把海军彻底从陆军里独立出来，到也没有太多的反对，海陆军到底不是一个军种，再者目前的海军部已经拥有了一定的独立性。陆军方面虽然掌控了海军的作战指挥权，但是联合参谋部下属的海军作战司里的军官却是清一色的海军军官。
实际上和陆军关系不大！
所以军方那边很快就是正式提交了海陆分离计划，其中最为重用的就是把联合参谋部的海军作战司划归海军部。
同时海军军官学校脱离军训部。划过海军部。
吴淞炮台、上海海军基地以及福州马尾炮台等沿海的海防设置以及港口正式划归海军，内设的岸防炮部队也是一柄划归海军管辖。
一系列的调整后。联合参谋部更为为陆军参谋部，海军部则是全权负责统辖所有海军事务，包括作战，军训、军政、后勤、军械等事务。
拒总体上目前的统帅部构架变动不大，但是经过这一番调整后，陆军已经是和海军正式分家单过。
但是从统帅部依旧直辖军械部、军需部、后勤部等诸多陆军部门，而海军则是统帅部的一个单独部门就可以看得出来，陆军在中华军的地位依旧是不可动摇的主导力量。
这海陆分家后。军费自然也是得分出来，但是这一次林达标就是吃了不少苦头，比如说今年下半年的三千万剩余总军费里头，海军方面竟然只分了三百万，区区十分之一而已。
但是这个分配比例也是林哲亲自定下的，林达标想要改也改不了！
毕竟现在陆军还在持续进行西征战役，已占领控制区内的非法武装清剿任务以及整编扩编计划，军费的压力相当大，而海军这边短时间内并没有什么压力，甚至连后勤运输以及内河支援都和海军没有关系了。
即便是后续要进军四川派遣军舰过去。但是现在海军的内河炮舰规模已经是足以满足现有的作战需求，甚至还有过剩。
林达标知道这些，所以争取不到之后就是一门心思放在了明年的军费争夺上来。并为此是制定了诸多计划试图打动林哲从而争夺更多的海军军费。
就当南京这边闹出来了文武之争，海陆分家这些风波的时候，中华军的西征步伐也没有停下来。
当中华军基本控制了广西、湖广等地后，第四军开始进军贵州，而第五军更是直奔四川二区，第三军也是从广西开始朝着云南进军。
六月以及七月份，中华军在上述地区陆续和镇胡军以及太平军爆发了诸多中墟模的战事，但是在这两个地区中华军并没有和敌军爆发大规模，甚至决定性的战役。为什么？
因为中华军还在路上，等什么时候中华军跑到昆明。大理了，什么时候去到重庆、成都了。那么就会打上一场打仗，现在嘛，主要就是赶路，然后和沿路的抵抗力量小打小闹。
在西北方向，第六军也是正在朝着陕甘进军，其下一步的战略核心是攻占西安，攻占西安后则是进军兰州这个陕甘地区的政治和文化中心，以达到掌控三秦之地，威慑西域地区的战略目标。
西北地区的战事虽然爆发的比较频繁，主要是因为这一地区残留了大量的清军势力，而陕甘地区的清军也没有和曾国藩那么干脆投降，而是抱着顽抗的态度，不过该地的清军实力相当的弱小，过去数年虽然勉力编练的几千人的新军，但是基本都送往山西以及河南作战，最后陆续被中华军所歼灭。
现在陕甘地区，包括陕西、甘肃、新疆三地在内，其清廷遗留的军事部队虽然高达两万人以上，但实际上战斗力相当之差，根本无法对西进的第六军等中华军部队构成威胁。
因此在西北方向的进军，如其说是进军，但实际上就是一场武装行军，对中华军造成最大麻烦的不是敌人的武装抵抗，而是那漫长到足以让人绝望的补给线。
整个1859年的夏天，在外征战的中华军基本都在行军中度过，就算八月份攻占西安的时候也没有掀起什么波澜来，当地清军只是象征性的抵挡了半天后，就是向第六军所属的第八师宣告投降。
但是这个时候，陕甘地区却是出现了一些预料之外的变化，为了抵抗中华军的西征，陕甘当地的前清官员以及清军大势压榨当地民众，加上当地传统的回汉矛盾，直接导致陕甘地区出现大规模的动乱。
这一次动乱在短短数月内就是波及了整个陕甘三省地区，甚至连已经在中华军内控制下的陕西东部地区都是出现了回乱。
这一动乱不仅仅让试图继续顽抗的陕甘当地清军陷入绝望之地，更是直接影响了中华军的后续西征计划！