12月18日早上，当救援的日本军队赶到总统府时，总统府早已人去楼空，最高司令官的失踪使得他们开始出现混乱。按日本军律第九师团师团长吉住良辅将暂时替代总司令官职位。吉住良辅的军队是在城南驻扎，当他收到消息立刻收拢第九师团部队，以免遭到偷袭。而城内各个地区都出现了小规模的反抗，他下令各部队在各自驻扎地区实行剿灭行动，各部师团长召集开紧急会议，并向上海司令部通电征求上级指示。
幕府山位于南京城外北面，靠近狮子山。这里现在聚集了五万多人，男女老少都有，他们全部用铅绳绑着，这些都是当初南京城破之时在此处出逃的百姓和逃兵，被日军第十三师团捕获全部驱赶关押在这里。现在由三千日本兵在看守，由于日本军本身后勤补给就不足，还需要到处抢掠，不可能给俘虏饭吃，所以这五万人从15日城破那天开始就没吃过一点东西，三天以来，已经有数百人被打死或者饿死。
中午时分，昨晚攻占了狮子山的吴振南率领三千士兵偷袭了在幕府山驻扎的日军，由于晚上对狮子山的偷袭是全歼敌军，所以幕府山的日军根本不知道这个时候还会出现中国的军队，而且使用的枪械装备全是跟他们一样的。吴振南率领一千人正面进攻，老金率领一千人从背后包抄，一个非常简单的包围战术，日军在没有准备的情况下被打了个措手不及。没有过多的抵抗，在此处的日军将领下令迅速撤退，他以为这些军队只是南京守军组织起的小规模自卫队，只要回到南京城中，派来大部队马上可以消灭掉，没必要跟他们瞎耗着。但是当他往城中撤退时，和平门上乔装的两百假日本兵又一次打了他们偷袭，把这部日军的指挥将领打死了，张烈早就率领了一千士兵埋伏在狮子山，他抓准时机从背后杀出，老金的追击部队也适时赶到，将这近两千的日本兵全部消灭在了和平门。
18日，整个南京城逐渐形成了反击的势态。严子云占领电台，一千士兵随身边游击，另外两千士兵分部躲在各处民房相互掩护策应，偷袭日本军，日军第六师团一部在电台附近与严子云部队展开了激烈的巷战。由于房屋众多道路不便，日军没办法出动坦克部队，而部分地区的百姓也自行组织起来反抗日本军，战况正在胶着中。严子云通过电台的电话联系到了重庆的蒋介石，蒋介石本来以为南京失守，唐生智下落不明，十五万军队早已溃不成军，本来没抱太大的希望，突然接到一个陌生电话，说南京正在死守胶着当中，他也是兴奋不已。不过要他马上组织军队救援南京是不可能了，在电话中蒋介石承认了严子云司令的职位，并鼓励他继续坚持抗战，他会尽量组织军队前去救援。听了蒋介石的语气，严子云是失望之极，看样子自己还要和日军打半个月巷战了。这时，他突然想到能不能联系共产党的八路军，请求八路军支援南京，不过短时间内没办法联系上，这个时候的电话可不是现代的手机，知道了老毛的电话号码就能打过去，还需要不停地发送信号，那边接受才能接通电话。按照历史发展，严子云猜测现在老毛应该在延安。由于国共合作共同抗日的谈判成功，延安与南京的电台也应该已经接通，他喊来一个曾经做过通信兵的部下，专门负责与延安的共产党联系。
日军那边，吉住良辅暂时替代司令位置，下面人多有不服。不过这次会议还是没有发生争吵，所有将领一致通过继续攻占南京，十五万的守军都被他们干掉了，现在这点小抵抗只是跳梁小丑，不过日军粮草已经呈现紧张的局势，吉住良辅下令自行征收，不留俘虏，现在回去就把抓到的俘虏全部杀死，将南京城分成几处，各部分工抢掠，要用铁血手段镇压南京城。此命令一出，日军的残暴完全暴露了出来，18日夜晚就有近六万俘虏和百姓遭到杀害，南京城尸横遍野。
12月19日，严子云全城通电发出广播组织全南京人民共同抵抗日军的通告，揭发日军的暴行。由于影响重大，电台处受到了日军猛烈地炮火攻击，严子云部下近三千人拼死抵抗，双方都死伤惨重。
当日华侨招待所避难的一万难民在遭到日军捕杀时，几名曾经的逃兵飞扑上去与抓捕的日军展开了肉搏，很快这几名勇敢的士兵被迅速围杀，但是有了带头的，后面更多发了狂的人冲了上去，抓捕的士兵结成阵型用机枪扫射，就在街头被打死无数人。听到枪声，整个街道发生了暴动，人们拿起砖头、铁棍、木棒等武器冲上去跟日本人拼命，有些外国国籍的人也加入了暴动当中。一个连的日本兵在杀死了数百人后，被群众围殴致死，带队的连长被扒光衣服倒吊在了一间大楼上。此事件被日军视为奇耻大辱，迅速调来部队对华侨招待所的人进行了铁血的大屠杀，此后全城爆发了护城起义，百姓自行组织部队抵抗日军，一日间，就组织起三万人，全城笼罩在了战火之中。
宋希濂在清凉山除了原有的3000人，现在又组织起5000人的部队，不过还是以3000人为主力，那五千民兵没经过训练战斗力不强，不过在楼房里打巷战还是给日本人造成很大的麻烦。
徐伟率领五百骑兵在太平门遇到了88师的师长孙元良，没想到他没有撤退，率领88师残部在城内躲藏找机会反击日军。现在与徐伟会合一同退入玄武门，唐生智曾经在这里筑好了