浙江湖州和嘉兴的局势，在短短十天之内，就开始大乱，流民骤然增多，府州县衙门无法救济，给朝廷写去了紧急的奏折，但朝廷估计不会有什么实质性的救济，最多也就是免去当年赋税之类的圣旨，因为水灾的损失太大，当地开始出现小股的土匪，专门针对商贾和富户实施抢劫。
更为过分的是，当地的商贾开始屯聚居奇，粮食的价格涨到了每斗四钱银子，按照这个价格计算，每石粮食价格达到了四十两白银，这样的价格不要说老百姓无法承受，就算是普通的官吏都没有办法。
湖州和嘉兴紧靠着南直隶所属的苏州、松江和常州等地。
让人觉得奇怪的是，苏州、松江和常州等地很是平稳，其实从灾情方面来说，最为惨重的是松江，但松江的流民在很短的时间之内就稳定下来。
苏州、松江、常州和镇江等地的府州县衙门，开始了全面的救济灾民和流民的事宜，南京兵部右侍郎马祝葵、南京礼部右侍郎赵单羽、南京兵部郎中李岩以及南京户部郎中梁兴力，代表南京的六部和都察院，分别到这些地方督办救济灾民和流民的事宜，同时带去了部分救济用的粮食，短短几天的时间，就有十来个官吏因为救济不力被惩戒，有的甚至被直接关进大牢之中。
苏州等地的救济事宜，有条不紊的展开，官府首先发布告示，同时在府城、州城和县城之外设立粥棚，粥棚每日所需要的粮食，全部由官府直接提供，至于说那些投亲靠友的人，经过鉴别之后进入到城池。
城内的商贾，凡是有屯聚居奇的，一律从重打击，不到十天的时间。有三十多家商铺遭遇到惩戒，他们的损失非常惨重，不仅仅是本人被关进大牢里面，且商铺里面的粮食被充公。归官府所有，在这一点上面根本没有商量的余地，其他的商贾看见这样的情形，再也不敢抬高粮食的价格，只能够按照平日里的粮食价格买卖。
府州县衙门所有的官吏。几乎都投入到救济灾民和流民的事宜之中，一部分人对灾民和流民进行鉴别，凡属于赤贫的农户，官府负责接济，而那些乡间的富户，则要掏腰包购买粮食，这样的鉴别非常的严格，村镇的里正悉数都要参与，若是有人企图蒙混过关，一样会遭受到惩戒。甚至是关进大牢之中。
洪水退去之后，很多地方都需要劳力来恢复，官府于是组织流民和灾民回到家乡去，参与到救灾的事宜之中，由官府拿出来粮食，就在当地实施救济，而且粮食的救济和发放，也不会采取平均主义，根据个人的劳动能力来计算，青壮能够得到的粮食自然是多一些。
正是采取了这样的措施。苏州、松江、常州和镇江等地，迅速平稳下来，流民和灾民源源不断的回到家乡去了，俗话说得好。故土难离，洪水已经退去了，回到家乡去救灾，重新建起来房屋，到田间去抢收一些尚未完全损失的粮食，至少是生活的保障。加之官府提供了粮食，依靠着自身的劳动，能够得到更多的粮食，将多余的粮食存起来，日后的生活就有保证了，也就能够度过难关了。
老百姓的确是淳朴的，官府及时的救济，让他们感恩戴德，做事情也是非常的卖力，没有一个人偷懒的，这让救灾的事宜进行的非常顺利，半个月的时间过去，不少地方已经开始重新修建房屋了，田间地头山间的窝棚数量逐渐的减少。
当然实施这样的救济，需要拿出来足够的粮食，还有部分的钱财。
南京能够保证苏州、松江、镇江和常州等地救济需要的粮食和钱财。
当然在救灾的过程之中，洪门也跟随参与救济，不过他们主要的任务，还是要求商贾领取经营许可证，缴纳保护费，就在各级官府严惩屯聚居奇的商贾的时候，洪门也跟着惩戒那些不愿意领取经营许可证的商贾，洪门的理由很简单，救济灾民和流民需要粮食，需要银子，官府要求洪门参与到救济之中，那么洪门就要求诸多的商贾拿出来粮食和银子了，这样的理由让商贾无法反对。
南直隶的商贸是发达的，不过商贾绝大部分都集中在府城、州城和县城，散落在村镇的很少，这也让洪门发放经营许可证的事情顺利很多。
其实南直隶各级官府都知道洪门的背景，诸多的商贾也知道，如此的情形之下，不给洪门缴纳保护费，恐怕日后不要想着能够做生意了。
南京是洪门的重点。
六部和都察院的官吏，都知道此次救济的钱粮，都是郑家军贴出来的，这可不是几百石、几千石或者是几万石的粮食，动辄就是几十万石甚至是百万石的粮食，拿出来可不简单。
洪门就以这个为借口，开始在南京城内发放经营许可证，要求商贾缴纳保护费。
南京城内的商贾，数量庞大，仅仅是青楼、酒楼和客栈等等，数量就不少，更不用说那些从事粮食、盐铁、布匹等买卖的商贾了。
洪门的这一手，在南京城内引发了很大的震动。
抵制的商贾不少，不过洪门的态度也非常的强硬，必须要领取经营许可证，缴纳一定数量的保护费，否则就不要想着在南京做生意了。
五月底六月初，冲突终于爆发。
首先是南京兵马司出面，他们知道洪门的背景，故而只是进行劝阻，他们的劝阻当然没有作用，洪门我行我素，凡是不愿意缴纳保护费的商贾，一律不准在南京城内做生意。