有了剿饷的保证，五省总督孙传庭终于看到了剿灭流寇的希望，四正六隅、十面埋伏的作战部署，已经传到到各地，接下来就看孙传庭如何的部署了。
秋收季节的时间，孙传庭将自己关在屋子里足足半个月的时间，他一直都在思考和定夺如何剿灭李自成和张献忠两路流寇，李自成和张献忠麾下的流寇，号称都是几十万人，从孙传庭掌握的情报来看，两路流寇的兵力都在十万人以上，而且经过了长时间的征战厮杀，流寇的战斗力也有一定程度的提升，朝廷大军想着一次性的同时剿灭两路流寇，显然存在很大的困难，最好的作战安排是各个击破，以主力剿灭其中一路流寇，以各地军队防御另外的一路流寇，防止李自成和张献忠的联合。
究竟首先剿灭哪一路的流寇，孙传庭经过深思熟虑之后，认为首先对付张献忠，这是因为张献忠的力量相对来说要弱一些，且张献忠麾下的刘文秀、李定国和艾能奇等人作战勇猛，这些人都有独当一面的能力。
张献忠盘踞在湖广的襄阳和郧阳等地，且开始向四川一带渗透，四川的地形异常的复杂，很多地方都是易守难攻，若是让张献忠彻底打通了前往四川的道路，那么日后的作战将变得更加的艰难。
孙传庭麾下的大军驻扎在武昌府一带，距离襄阳不是很远，按照四正六隅的作战部署，要求四川、陕西以及河南等地协同作战，就能够彻底堵死张献忠所有的逃跑路线，当然孙传庭最为担心的一点，就是张献忠和李自成的联合。
一般情况之下，张献忠和李自成是不可能联合的，两人都是流寇多年的首领，各自都不服气，联合起来会形成一山不容二虎的局面。故而孙传庭可以放心大胆的供给张献忠，不过这里面也有一个条件，那就是必须要以主力单独进攻张献忠，而以其他的力量阻止李自成。可能李自成巴不得这样的局面出现。
六月底，孙传庭的作战思路基本形成。
让孙传庭想不到的是，他的作战思路首先就遭遇到监军王永吉的反对。
皇上下旨征收剿饷，保证朝廷大军剿灭流寇的粮草，就是想着在最短的时间之内彻底剿灭流寇。且皇上在圣旨之中明确说了，让大明百姓忍受一年的时间，这说明皇上对流寇肆掠的情形已经是非常的痛恨了，不惜增加百姓的负担，举全国之力剿灭流寇，如此的情况之下，不展开全面的进攻，单单打击张献忠一路的流寇，皇上和朝廷怎么可能答应。
孙传庭据理力争，与王永吉两人甚至产生了矛盾和意见。
孙传庭和王永吉谁也不能够说服谁。无奈之下，孙传庭的作战思路被奏报到朝廷。
内阁大臣、兵部尚书杨嗣昌仔细看了孙传庭的作战安排，内心里面是认同的，各个击破是很不错的剿灭流寇的办法，毕竟孙传庭麾下只有不足十万大军，也是剿灭流寇的主力，其余各省仅仅是协助作战，关键时刻还是要依靠孙传庭麾下的大军。
但杨嗣昌不敢表明赞同的态度，因为他知道皇上的想法，皇上对南直隶的局势已经非常的不满意。急切希望能够在最短的时间之内剿灭流寇，让北方彻底稳定下来之后，腾出手来解决南直隶的事宜，若是按照孙传庭的作战思路。剿灭流寇至少需要一年以上的时间。
内阁商议孙传庭作战计划的时候，杨嗣昌没有明确的表态。
周延儒和张凤翼对于这样的作战安排，都明确表示了反对。
张凤翼曾经也是兵部尚书，他认为这样的作战安排，没有能够体现出来四正六隅、十面埋伏战略部署的真正作用，更没有能够体现出来朝廷征收剿饷的重大意义。和以往剿灭流寇的战术思想差不多，尽管说同时剿灭李自成和张献忠两股流寇，难度一定是很大的，但依照四正六隅的安排，两路出击还是可以的，剿灭流寇的作战，以首先剿灭和重点打击张献忠为主，为削弱李自成的实力为辅，这样的两路打击，能够收到最好的效果。
内阁很快形成了意见，呈奏皇上。
按说内阁这个意见已经很不错了，说到底内阁还是基本支持孙传庭拟定的作战计划的，只是改变了其中围困李自成的安排，要求河南、陕西和山西等地必须要抽调兵力，围困李自成的同时，适时的展开打击，这样做能够让李自成处于高度紧张的状态，自顾不暇。
内阁深层次的意思，就是阻止李自成和张献忠两路流寇的联合，那样剿灭流寇的难度将是成倍的增加。
可惜内阁的这个意见，遭遇到皇上无情的训斥。
紫禁城，乾清宫。
皇上脸色苍白，手里拿着内阁的票拟，对着内阁一帮人毫不客气的开口了。
“朕同意征收剿饷，穷尽我大明之财力，就是想着要彻底剿灭流寇，我大明之百姓，时刻期盼着局势能够稳定，朕不惜耗费民力，保证剿灭流寇战斗之粮草供给，却换来如此之局面，难道朝廷大军惧怕流寇吗，朕早就说过，流寇之中尚有很多人，乃是走投无路之农民，只要能够好好的安抚他们，他们就一定会脱离流寇之队伍，回到家乡去种地的。。。”
皇上侃侃而谈，倒是没有发很大的脾气。
周延儒等人面面相觑，想不到他们殚精竭虑修改的作战计划，居然遭到了皇上的质疑和反对，这样的情形太少见了，若不是流寇已经成为朝廷的心腹大患，若不是大明局势之微妙，内阁是根本不