1月30日，他们终于收到中华共和国外务部发来的电报批准(奇怪的是本来属于内政的问题,居然是外务部发文,实在搞不懂革命党的神逻辑)。第二天一大早，张天德他们立即行动起来——伍连德医生后来在万国鼠疫大会上详细介绍了当时的处理方法：军队雇用了200名工人加上100名武翼新军防化营的士兵，把棺木和尸体以100为单位，分成22堆。先是用炸药爆破冻土，挖了一个20英尺见方、10英尺深、每次能够装500具尸体的大坑。然后，按照每百个尸体10加仑的标准，用消防车在尸体上面浇上煤油。火点起来，尸体迅速猛烈地燃烧起来，2200多具尸体就这样灰飞烟灭了。伍连德后来写道，目睹亲人遗体化为灰烬，两万名傅家甸市民面无表情，“呆呆出神”。对于张天德、伍连德如何以专业精神以及敬业之心，指挥这场鼠疫，《远东报》的一则评论也许能最充分地体现：“武翼新军防化营的营官张天德和哈尔滨防疫局总医官伍连德自到哈以来，办理防疫事宜，不辞劳苦，闻日前，在东四家焚烧疫尸，防疫局委员等皆不欲往前监视，两位官员自赴该处点查尸数，亲视焚烧，俟焚化净始行回局。”
当时，俄国防疫部门的相关人士也在旁观看了具有历史性的焚尸过程。后来他们也效仿中方的做法，把俄国人辖区内染疫尸体，无论是新近死去的还是已经腐烂的，全部火葬。2月间，俄方共焚化了1416具尸体，其中1002具尸体是从坟墓中掘出来的。
1月31日这一天是中国传统的大年初一，此时，傅家甸已经有14的人染鼠疫死亡。适逢春节，防疫指挥部下发传单，号召大家燃放爆竹。伍连德认为，从科学的角度来说，爆竹里的硫磺同样有消毒的功效。大年初一这一天，傅家甸的死亡人数从183名下降为165名，“此后日渐消减”，而且再也没有回升过。
直到3月1日午夜，当鼠疫死亡人数为零的报告传来时，坐落在哈尔滨傅家甸的防化兵总部内一片沸腾。几日后，鉴于鼠疫死亡连续多日为零，防疫委员会宣布解除对傅家甸的隔离。
哈尔滨鼠疫之后，张天德和防化营又转战长春、沈阳等地，经过努力，到4月底，东北三省各地的鼠疫被全部消灭。这是人类历史上第一次依靠科学手段，在人口密集的大城市成功控制传染病的行动。张天德营的大无畏精神和治病救人的仁义让本来对武翼新军并不了解的东北百姓都有了非常直观的印象,这也为后来的东北易帜发挥了重要的作用。
吴宸轩曾经这样评价张天德营长的贡献，“这是武翼新军第一次以救人的规模而非杀敌的数量来衡量战功大小，希望这不会是最后一次，因为这样的成才是我们这些军人更愿意讲给儿孙听的宝贵财富。”