企业号正在拼命规避鱼*雷时，日轰炸机队又开始对其进行攻击，又有2颗炸弹命中目标。这场遭遇战只持续十三分钟，日本人飞走的时候，兴高采烈地报告他们替前一天祥凤号的失败报了仇，毫不含糊地击沉了一艘“大型航空母舰”和一艘“中型航空母舰”。
实际上，企业号尽管由于被鱼*雷和炸弹击中，产生7度横倾，但该舰调整燃油之后，恢复了平衡，继续接纳返航的飞机着舰。同时为战斗机加油加强制空。但由于燃油泄漏，企业号舰内突然发生爆炸，并引起大火，火势迅速蔓延，以至无法控制。下午15时左右，舰长下令全体舰员离舰。17时许，费尔普斯号驱逐舰奉命对其发射5条鱼*雷，企业号于17时56分沉没。已经降落到该舰的36架飞机也随之沉入大海。美第17特混舰队约克城号上虽然尚有轰炸机和鱼*雷机27架、战斗机12架，但已入夜，弗莱切无意再战，遂率队撤离战场。第二天，瑞鹤号的飞行员为追击美舰再次进行侦察巡逻时，海上只有企业号的残骸了。看上去各自互有损失的日美双方打成了平手，但是日本不得不停下阿留申群岛进攻阿拉斯加的主力舰队，因为南方舰队已经无力抵抗美国太平洋舰队的下一次攻击，天知道如果让美国人占据了特鲁克，日本的国防圈能坚持多久。
虽然战局暂时陷入了僵局，各得一分的日美两国海军都在策划下一步的行动方案，但是能将日本从北方功略里硬生生的拖住，保护了美国第四十九个州的安全还是小事，更宝贵的是赢得了重建太平洋舰队的时间，在已经全国动员的美国工业的支持下，日本的冒险国策将面对的是数倍于他们的钢铁的碾压。所以说从这场看似平分秋色的珊瑚海海战之后，日本已经丧失了取得太平洋控制权的机会，剩下的不过是美国人用多大代价来给日本政府和军部做个了断，当然这都是在中国被红俄拖住在西西伯利亚的前提下。
日本的工业在中国的不断蚕食之下，几乎是敛尽家底才维持了联合舰队的规模，从开战之初到两年后日本海军精锐尽丧，日本一共生产了航母7艘、战列舰2艘、巡洋舰9艘、驱逐舰33艘、潜艇87艘。而在同一时期美国生产了航母（包括护航航母在内）76艘、战列舰6艘、巡洋舰23艘、驱逐舰135艘、护卫舰266艘、潜艇163艘。仅从数量上就可以清楚的看出日美在生产能力上的差距，日本整个二战期间仅仅建成了33艘驱逐舰而美国在同一时期却有400余艘反潜舰艇建成下水！
日美双方作战飞机年产量对比：盟国不仅在飞机数量上占了上风，而且在战争中不断推出新型飞机，到了战争后期美军的飞机性能已经远远优于国防军。反观日本，在整个二战期间基本上都在使用‘零’式或其改型。‘零’式从很多方面来说确实是一种非常优秀的战斗机，但是到了太初二十二年其性能已经明显落后于美国的新机型（由于日军轻视对飞行员的保护，只注重飞机性能，过量采用易燃的铝制材料与蒙皮并缺乏装甲，导致‘零’式等一线作战飞机在被击中后很容易起火燃烧，导致机毁人亡）。在美国生产的飞机中约有47810架是多引擎轰炸机（双发或四发），而日本仅仅生产了15117架（基本上是双发机）。因此，无论是从飞机生产数量上，或是从飞机总载荷上看，两国之间的差别都非常之明显。当颓势不可避免的时候，日本将何去何从？也许从这一刻起，日本的命运已经注定，只是他们还可以选择做谁的战利品而已。