五月十二日深夜，南京已经陷入了恐慌当中，人们已经知道李自成占领了当涂，正向南京进发。尽管朝廷已经向史阁部紧急下令，要求他派出部队攻击李自成，延缓李自成的进击速度，等待仆从善、黄蜚、方国安等镇人马来增援京师。
可是人们都不相信会有什么作用。之前高杰还在太平府阻挡左良玉的清君侧大军，可是突然之间高杰就没有了踪迹，让李自成顺利的占据了当涂。既然高杰会突然消失，那么其他军将也极有可能不听号令。
达官贵人们乱哄哄的四处走动，串联消息。有的在收拾金银细软准备逃跑，有的则是慷慨激昂，想要联合起来死守南都。毕竟来的是李自成，专杀高官显宦和皇亲国戚，他们不得不有所准备。
而南京的百姓们却是一片漠然，弘光皇帝并没有给他们什么好处，倒是选秀女的时候有不少百姓家的女儿被抢拉了去。可是他们听说，李自成对治下百姓也不怎么样，各种税赋杂役依然会收。反正谁来了都一样，他们都是一样的命运，不会有丝毫的改变，所以他们漠不关心。
但是皇宫里却是更加惶恐。
马士英和阮大铖急匆匆的深夜进宫，向朱由崧汇报最新情况。他们比外间知道的要多一些，他们刚收到消息，刘泽清已经逃离扬州，瓜州失守。而且郑鸿逵的江防水师也不战而逃，长江天堑已经没有意义。南京不但要受到李自成的攻击，而且还要会被渡江而来的李岩夹击，情况万分危急。
朱由崧本来因为被打扰休息而不悦的表情，在听完马士英的汇报之后，已经变成惊恐。他结结巴巴的问：“马爱卿，这，这是真的吗？扬州，扬州已经失守了？”
“千真万确！”马士英也是急急忙忙的回禀：“臣之前安排了一个家人去扬州，这消息是快马刚传来的，不会有错。”
朱由崧惶恐的吩咐：“那，那该怎么办？现在赶紧通知给位大臣，来宫里商议对策呀。给史可法下旨，让他马上带兵来南京护驾。给黄得功下旨，给刘良佐，给各镇将下勤王诏。”
“陛下，来不及了。”阮大铖马上劝阻：“当涂到京城，已经没有守备的部队了，镇江到南京也是一样。只要一天的时间，闯贼就会兵临城下。再加上逆贼李岩的部队，怕是会有十数万大军围城，就算是各镇兵马过来，也一样不能解京城之围呀。”
此时朱由崧想起了可怕的洛阳之围，数十万流贼将洛阳围的水泄不通，一群又一群的往城墙上爬。城内的穷鬼们也是四处活动，随时准备在城内制造混乱，与城外的流贼相呼应。而城中的守军，除了向他父王催要钱粮，就没有其他事情可做。一旦军将们的愿望没有达成，他们就会同城外的流贼里应外合，将城池交给流贼，而后他们自己好一起瓜分钱财。
而马士英却是立刻接话：“陛下，万万不可开朝议呀。”
“先生，此话是何意呀？”朱由崧脸色惨白的问。
“陛下难道忘记先帝的教训了？”马士英痛心疾首的说道：“朝廷诸公，各个自诩铮铮铁骨，他们最在意的就是气节，自然会对迁都之议全力反对。先帝想要南迁以图再起，可是迫于众臣的压力，一个多月时间屡议不决，最终错过时机，被流贼围困于北京。可怜先帝刚烈，自缢煤山，而那些反对南迁的正人君子，殉国者又有几人？向闯贼祈职者又有多少？陛下要三思啊。”
朱由崧听到崇祯自缢，整个身体哆嗦一下。他想起他父王瘫坐在地上让他逃跑时的情景，想起了惨死于李闯之手的家人，想起了逃跑时惶惶不可终日的凄惨。他突然神经质的点头：“对，对，不能与大臣们商议，不能与他们商议。”
阮大铖马上说道：“请陛下稍作准备，子时三刻，臣等护送陛下出城。”
“夜晚出城，没有问题吗？”朱由崧突然又恢复了一些理智，关心的问着：“还有，咱们君臣要到哪里呢？”
马士英自信的汇报：“陛下放心。臣子为京营勇卫营统领，臣还有家兵一千，而且今夜出城，闯贼就算插翅也飞不到京城近前。所以此次南下，绝对安全。”
朱由崧终于放心了，点头道：“好，好，朕这就去准备。”
阮大铖提醒：“陛下，只要人走了就行，其他细软东西，到了地方都能再置办整齐，陛下无须操心。”
“朕省的，省的。”朱由崧连连应声。他可是从洛阳一路逃难出来的，自然不会在乎那些身外之物。
马士英和阮大铖早已经准备妥当，只等着朱由崧了。经过漫长的等待，终于到了出城的时间。大队人马在夜间出城，居然没有引起南京的任何警觉。
他们连夜南下，等午后终于到达漂水的时候却是遇到了麻烦。由于他们这次是秘密出逃，地方上自然不知道是皇帝出行，所以当地的部队毫不犹豫的对这伙冒充皇帝的盗匪发动的攻击。别看京营装备光鲜，薪饷是其他军兵的两倍，可是战斗力却是低了几层。
一行数千人马，被当地土兵一攻击，居然被冲散了队伍。马士英护着邹太后向杭州继续行进，而马銮却是带着朱由崧不得不向西南逃跑。因为江西防线还有黄得功和刘良佐，还有史可法，这个时候也顾不上门户之见了。要是落在李自成的手里，他们是必死无疑，史可法就算再政见不合，也不至于敢弑君造反吧。
朱由崧和马士英等人一跑，南京城中就彻