此时，逍遥王率领大军正在进攻着洛阳，根本就无暇顾及长安的局势，分身乏术，远水也救不了近火。唐高祖李渊也没有打算让李逍遥率领大军回来救援，为今之计只能将秦王李世民调遣回来。现在，所有的人全部都焦急地等待着秦王李世民能够回来，首先他必须处理这件事情，跪倒在地的是他的两个儿子，还有跟他南征北战的生死与共的兄弟，李渊根本就下不了手，将他们三人全部斩杀，无奈之下，唐高祖李渊只能一言不发的望着李建成等人，派遣而去的十万大军回来的只有十分之一不到，李渊的心在滴血，那些英雄善战的精兵强将，居然被李元吉这个忤逆子间接地害死了。
秦王李世民接到李渊的圣旨后，快马加鞭的赶回长安城，大军仍然驻扎在原地，只身回到了的来龙去脉说清楚，他直接将大军交给了刘文静等人带领，朝着晋阳的方向走去，而他自己则前往长安，他知道太子李建成、齐王李元吉战败了，不过他没有料到事情会是这样的发展，如果李元吉不是自己的兄弟的话，他相信李渊绝对会将李元吉推出午门斩首，柿子暗示这件事闹得太大，影响力太深了，一路上，秦王李世民都思考着如何能够将他们所犯的罪过，戴罪立功，就此揭过。
“世民，你回来了！”唐高祖李渊听闻传唤官的喊声，抬起头就远远地望见神采奕奕的李世民，昂首阔步地来到了大殿内，李渊微微一笑道：“事情的经过，朕相信你心中有个大概，朕决定将此事的大权交给你处置，想听听你的建议！”
秦王李世民风风火火的赶回长安城，一路上马不停蹄，更换了四五匹战马才赶回了长安。前脚踏入殿门口，后脚还未踏入，李世民就听闻唐高祖李渊所言，他沉声道：“儿臣以为，大哥跟三弟决不可斩首，至于裴将军那是不用说了。只不过，儿臣以为可以让大哥、三弟建功立业，将功补过，不知父皇以为如何？”
“将功补过？功过相抵？”唐高祖李渊听闻好奇地问道，“世民，你的言下之意是什么？”
秦王李世民躬身跪地，诚挚地恳求道：“父皇，儿臣请求带兵前去剿灭刘武周、宋金刚等人，将山西等地尽皆收复回来，还望父皇准予！”
唐高祖李渊沉思片刻，暗想道：“世民做事沉稳，又懂得灵活应变，此次作战，又有裴寂等人辅佐应该可以取得胜利。再说，世民数月前大胜，取得辉煌成就。不如就让他带领大军前去剿灭刘武周、宋金刚等人，且试试他的手段到底如何！”
于是，唐高祖李渊微微颔首，道：“朕允了！”然后，他又将目光看向了太子李建成、齐王李元吉、裴寂三人，冷厉地说道：“你们三人跟随在秦王的身后，一切大事不得擅自行动，必须由世民同意方可，若是再犯，朕决不轻饶！”
同年十一月，唐高祖李渊任命秦王李世民率领着大军征讨刘武周，就连太子李建成、齐王李元吉都受到李世民的节制，并且李渊担心太子、齐王李元吉不听号令，就将他们几人贬为一般的士兵，根本就没有任何的兵权，李渊这么做也是良苦用心，一来能够将失去的山西等地收复回来，二来还能让李建成、李元吉将功折罪，到时候也不赏赐，更加不会责罚了。
秦王李世民率领大军，屯于柏壁，与刘武周率领的大军彼此呼应，两军相持很久。趁着刘武周的大军被秦王李世民压制着，不敢轻举妄动，于是唐高祖李渊又命永安王孝基、陕州总管于筠、工部尚书独孤怀恩、内史侍郎唐俭侧面的掩护秦王李世民，目的就是能够将失地收复回来。
唐高祖李渊派遣支援部队从敌军身后发动突袭，准备攻打夏县，经过多番努力仍然不能取胜，于是将大军囤积于城南之地。接着，刘武周率领着麾下大将崇茂趁着夜色偷袭破孝基营，秦王李世民采取‘以其人之道还治其人之身’，趁着刘武周夜袭李唐大军时，秦王李世民率领大军将他们团团围住，因此刘武周率领的各路兵马全部都被秦王杀死。
崇茂率领残余的兵力杀了回来，抵达浍州；秦王李世民不可能放过他，于是就主动约他在美良川，一对一的单挑。崇茂瞥了一眼弱不禁风、文质彬彬的秦王李世民，根本就没有放在心上，反而是被李世民将其击败，被李世民一剑斩了。
崇茂和寻相又在蒲州向王行本求救，王行本知道‘唇亡齿寒’的道理，于是派遣大军前去救援。半路上，秦王李世民突袭而来，直接将王行本斩杀；然而，刘武周在浩州进攻李仲文，也每战皆败，士气大跌，仿佛他被天上的诸神抛弃了一样，万事不顺。
秦王李世民又在雀鼠谷击败宋金刚，斩杀俘掳数万人，获辎重千余辆。一直将宋金刚逼得轻骑遁走。其骁将崇茂、寻相、张万岁收其精兵，将介州及永安城门打开，献城投降于秦王李世民；刘武周于是甚为恐惧，独自率五百骑也弃并州向北逃窜。
无奈之下，刘武周的大军被秦王李世民剿灭，刘武周亲自率领着残军经过烛谷逃亡突厥；此时的宋金刚，就是想利用刘武周声望收拢人心，只不过无人响应，只得带百余骑也逃往突厥。无奈之下，宋金刚只得带百余骑也逃往突