曾经有人劝谏李逍遥将他们斩杀殆尽，以除后患，却被李逍遥拒绝。李逍遥的理由很简单，一是李建成等人的子嗣年纪尚幼，根本就不足为惧，且是李家的后代，他不忍对这些无辜的孩子下手。再怎么说他们也是自己的侄子辈，也是李家的骨血，父辈的恩怨不允许留在下一辈；另外一个理由就是，李逍遥认为手足相残已经是大大的有悖礼数，若是再下旨除去后患。纵然是明君，也不可如此做。毕竟，李逍遥已经是太子了，群臣归附，民心所向，无人能够撼动得了他的太子之位。因此，群臣建议的谋略被李逍遥全部否决。
唐高祖担心李建成等人去世，会造成朝野动荡不安，为了进一步促使李逍遥登基为帝，不受任何的干预。他任命秦王府麾下宇文士及为太子詹事，杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，大肆重用秦王府的旧臣，目的就是让这些人与李逍遥相处融洽，使得大唐更加的繁荣昌盛。
接着，唐高祖李渊又大肆的加封逍遥王府麾下将领，秦琼为左卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军；还加封太子及秦王麾下将领，左虞候段志为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军。
太子李建成、秦王李世民及齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫魏徵将这种情况告诉了太子李逍遥。于是，李逍遥首次以太子的身份，颁布太子令曰：“六月四日玄武门之变以前与东宫、秦王府及齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
太子令颁布一个月后，李逍遥担心之前的人心中还有所芥蒂，就派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，并且给予魏徵他见机行事，先斩后奏的权力。谏议大夫魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。
他们两人看见魏徵，就准备远远地逃遁而去，却被魏徵所擒。他见众人惶恐不安，寻思道：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”
于是，他将李志安等人一律释放。此事，魏徵没有丝毫的隐瞒，毅然决然的上报给朝廷，李逍遥得知此事后，不仅没有丝毫的怪罪，还大加赞赏魏徵机智过人。随后，李逍遥一纸诏令让魏徵将之前流放的王硅和韦挺召回，重新录用，唯有杜淹依然在外流放；还任命秦王府的将领屈突通、屈突盖为陕东道行台左、右仆射，镇守洛阳。
屈突盖得知李逍遥不尽前嫌，不仅没有怪罪自己卖主求荣，还重新重用，愿意誓死追随李逍遥；屈突通得知李逍遥的诏令来到他的面前时，他都无法相信李逍遥如此宽宏大量。但是，屈突通知道这一切都是拖了自己弟弟的福，不然不会重新被朝廷重用。
至于逍遥王府的其他人等全部都被唐高祖李渊赏赐，担当朝中重要职位，并且兵权也交给了李靖手中，就连逍遥王府的家丁都成为皇宫大内的侍卫统领，地位水涨船高。‘晓’组织中的余下之人，也全部都被李逍遥册封，成为东宫宿卫，他们也是真正第一次走上台面，李逍遥成为太子后，组织就被解散了；但是形成了新的机构，成为直属于皇上的独立部门，表面上是东宫宿卫，实际上是监察百官的官职，而这支机构由伍氏兄弟两人掌管，伍氏兄弟被百官暗地里称之为‘黑白双煞’。凡是被他们两人抓住的官员，无论是职位高低，还是达官贵人一律严惩不贷，甚至是原本是同僚的大臣们，只要犯事的把柄被他们两人抓住，那根本就没有任何的情面可将。
由于朝中在无人能够与李逍遥相抗衡，百官对李逍遥的能力也是心悦诚服，众人都在期待着李逍遥登基的那一天。时间悄然而逝，李逍遥早已将原属于太子李建成、秦王李世民、齐王李元吉等人势力全部拉拢至自己身边，为了考虑平衡，他也重用了这些人，避免逍遥王府旧部一家独大。若是不及早处理，对于日后的大唐皇上就留有很大的掣肘。
公元六百二十六年九月三日，唐高祖李渊颁布制书，在紫宸殿中宣布，将皇帝位传给太子李逍遥，自称为太上皇，仍然居于大内皇宫正殿——太极殿。李逍遥闻之大惊，他反复拒绝，却被李渊强逼着接受。李渊这些年来，他已经身心疲惫，只想早点退下皇位，好生休息一下。于是，李逍遥接替皇位后，唐高祖李渊就将李逍遥与长孙秀敏所生的李昇等孙儿全部带在自己的身边，终日逗孙为乐。
高祖颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日，太子李逍