对日本来说，佐世保是重要的军港，战略地位极其重要，是日本海军最重要的锚泊基地之一，日本海军在这里的布防相当严密，港口入口中均布置有防潜网和水雷区。
在中日双方开战之后，佐世保港戒备森严，尤其是针对可能发生的中国潜艇的攻击。由于双方开战后，日本海军的主力舰一直未曾出现，而佐世保港又是日本海军重要的基地，有可能有巨舰停泊，因而两艘中国潜艇曾于1921年5月潜入佐世保湾，其中一艘触雷而沉没，所有艇员均丧生。击沉中国潜艇的消息让日本民众十分振奋，在他们看来，任何企图突破佐世保湾的尝试，都是不可能的。
但可惜的是，遭遇了挫折的中国人并不这样想。
由于日本海军也在欧洲的海战中损失惨重，“筑bo”、“鞍马”、“伊吹”等主力舰先后沉没，而新建造的战舰又没有全部完工，因而日本海军处于历史上罕见的“失血期”，而这一时间的中国海军却达到了历史上的最盛时期，中国海军在主力舰数量方面第一次拥有了绝对优势。尽管中国海军在欧洲表现出se，但面对老对手日本海军，中国海军高层丝毫不敢大意。在积极准备同日本海军主力决战的同时，一些中国海军将领也提出了效法德国海军的“潜艇偷袭作战”方案，和德国人的“无限制潜艇战”有所不同的是，中国潜艇在袭击日本海上航线，攻击日本运输船队的同时，也把寻找并攻击日本海军主力舰作为了同等重要的作战任务。
中国海军高层的一些将领为了强化中国海军主力舰方面的优势，打算使用潜艇击沉或者击伤日本海军的主力舰，以使中国海军能够轻松的得到制海权。
想要偷袭停泊在军港中的敌舰，只有具有非凡的胆略和高超的技术的人才能做到。用中国海军的实际指挥者杨朔铭的话来说，任何攻击者都“需要最为大胆与强烈的进取心”。因为他们所要面临的不仅是重兵防守的敌人海军，还有无法事先预知的强烈海流，它的力量足以使潜艇偏离预定航线而陷入危险境地。一直以来，杨朔铭都想尝试让一艘中国潜艇潜入日本海港，给予日本海军以沉重一击，如果能够击沉或者击伤一艘日本主力舰，日本人将一蹶不振（以日本人的速度，建造一艘战列舰并将其列装最快也须耗费2至3年的时间）。中国海军的情报部men为此做了大量的准备工作，并通过海军侦察船、在日本的情报人员和部分出海巡逻的潜艇搜集到了大量关于日本沿海各港口海湾的情报资料。中国伪装侦察舰派出的侦察飞机甚至设法拍摄了一些关于佐世保和广岛基地的清晰照片；在佐世保湾和濑户内海附近海域巡逻的部分中国潜艇也冒险靠近佐世保港，带回了一些极有价值的情报。在针对上述情报仔细研究后，中国海军潜艇部队司令部得出结论：必须采取夜间攻击的方式，因为那时海底的水流较为缓慢。接下来的问题就是确定执行攻击任务的人选。
经过严格的挑选，肖永林最终脱颖而出。
作为曾经在曹妃甸海战中驾使袖珍潜艇击沉日本战列舰的老战士，肖永林当时已经是具有多年作战经验的艇长了。
潜艇部队司令部的一位将军在给杨朔铭的报告中称：
“我们大家的选择倾向于海军上尉肖永林，他是‘飞鱼9’号潜艇的艇长。在大家看来他完全具备执行任务所需要的个人品质和专业技能，……所有的有关资料都已经递给了他，他可以选择接受，或者放弃，但他坚持要去。”。这一天是1921年5月20日，时任潜艇部队司令的魏永浩中将给了肖永林48小时研究作战计划并做决定。当晚他便将作战计划拿回去仔细研究到了深夜。次日，他决定接受这次作战任务，因为他完全有信心成功地完成这次作战任务。
当潜艇上原有储备的物资被卸下，取而代之的是比以往执行任务时少的多的补给品时，“飞鱼9”号潜艇上的艇员们已经清楚这是一次极为特殊的任务。1921年6月里的一天，“飞鱼9”号潜艇满载鱼雷缓缓离开了大沽港，沿着事先谨慎制订的航线驶往日本海，在那里改航向往南并潜航以避免被水面船只发现自身的位置。此次作战任务代号为“元”（取元世祖忽必烈东征日本之意），航线的制订是在高度机密的情况下完成的，然后由魏永浩亲自口述给海军司令蓝建枢。而在潜艇离港出发的时候，码头上甚至没有举行任何出海的仪式。
“飞鱼9”号潜艇沿着渤海海峡进入黄海。在航行的途中，肖永林未向艇员透lu出任何关于这次作战任务的内容。航行过程中的很多时间潜艇都在水下潜航，只在白