有了第一团成功改编的经验，李定国部的改编就更加容易了。
在朱由检的设想中，秦兵应该在短期内扩充到三万人左右的规模，解胜、解勇、李定国、郝永忠、李来亨，这五员虎将各统兵六千。有了这三万精兵，朱由检就有了最大的本钱，在必要的时候完全可以和魏忠贤翻脸摊牌。
按理说六千人已经接近前世一个师的兵力，最起码和一个独立旅相当。但在这个时代，“师”这个字眼比较大，几乎等同于全国规模的兵力。为了隐瞒秦兵的真正实力，朱由检还是沿用解胜部的建制规则，把李定国部改编为秦兵第二团，团长自然是李定国。
第二团与第一团一样，同样下辖八个营，步兵营、骑兵营、炮兵营、车兵营、工兵营、侦察营一应俱全。所不同的是，因为李定国部有丰富的作战经验，兵力也较解胜的第一团更多，所以步兵一、二营和骑兵三、四营，都是加强营的编制。
步兵营每个营下辖六个连，再加上通讯排、警卫排、炮兵排、炊事排、狙击班，标准建制接近千人。骑兵营每个营下辖五个连，约有六百人。这四个主战营加起来，就是三千多人，几乎占了李定国部现有兵力的绝大部分。至于其他营，兵力与第一团相仿，由于装备还在完善中，尤其是炮兵还不成型，因此只能暂时起到辅助的作用。
至于颇为重要的各营营长职务，也不劳朱由检费心。因为李定国部和解胜部不同，这一年来与流贼战斗不断。战场虽然残酷，但也是最能锻炼人的地方。秦兵本来也不过是农户出身，但这一年来，李定国手下已经涌现出不少优秀将领。李定国本人又是智勇双全，在他的熏陶下，他手下的各位将领也都能独挡一面。
在这其中，较为突出的有四个，分别是窦名望、靳统武、高贵和王国玺。这四个小伙子与李定国年纪相仿，却同样立下赫赫战功，在军中很有名气。于是朱由检任命他们分别担任一至四营的营长。至于其他长官，也由李定国提名、众将官公议，很快选了出来，在此不消详述。
在接下来的授衔仪式上，因为李定国战功卓着，被朱由检授予上校军衔。同为团长，解胜只是少校军衔，这就看出区别来了。军人最重荣誉，为了不被李定国落下，解胜等将领也必然渴望上阵杀敌立功，军衔的激励作用就体现出来了。
其他将领也获得少校至尉官不等的军衔。全部授衔完毕后，朱由检对他们发表了简短的讲话道：“诸位，我们秦兵是自行组建的，朝廷到现在也不给我们粮饷，你们的团长李定国立下了擒获高迎祥的大功，可到现在还只是个六千户，你们就更别提了。是不是觉得很不公平？”
“没错！”诸将皆忿忿不平地道，“朝廷瞧不起我们秦兵，其他官军也瞧不起我们，别看他们到了战场上个个是草包，可碰到我们还要耍威风！”
“威风不是抖出来的，而是打出来的！”朱由检目光炯炯地道，“诸位不要不平衡，朝廷虽然不重视秦兵，但本王没有忘记你们，陕西父老也没有忘记你们。虽然朝廷不给粮饷，但秦兵的粮饷绝对远超任何一支官军，因为你们在战场上的表现配得上这么多粮饷。我朱由检就是头拱地，也要确保将士们的军需供应！你们接下来要做的，就是好生练兵，不断地杀敌立功。总有一天，朝廷的那些总兵都得靠边站，你们个个都得成为统兵一方的大将。谁要是没有这个志向，就趁早给我脱下军装，回秦王庄抱孩子去！”
众将登时一片哄笑，可也从朱由检的话语中获得了更多的希望和无穷的力量。
这时已是掌灯时分，遣散众将后，朱由检与李定国就着两碟小菜促膝谈心，一聊就聊到了深夜。
朱由检对李定国的战略眼光是十分看重的。如果说在这个时代，卢象升是他在人上最为敬重的忠勇之将，孙传庭、杨嗣昌是善于筹划和执行政令的治世能臣，那么李定国就绝对是在军事上首屈一指的天才统帅。因此有些事朱由检不愿意对别人说，因为即使说了别人也帮不上他什么忙，但他却愿意跟李定国说，李定国也经常能给他非常好的建议。
首先朱由检对李定国讲了他对洪承畴的担心。李定国凝神思索了片刻便笑道：“殿下，这个不妨。殿下是万岁亲弟，连魏忠贤都不敢与您明着做对，洪承畴恐怕也没这个胆子。即使他对殿下有歹心，但他的洪兵是以高杰部为班底建起来的。高杰本来就是秦兵的手下败将，军纪又差，以秦王庄的坚固城防，只要严加防备，高杰三日攻城不下，第四日末将与李来亨、郝永忠等人必率军来援，高杰就死无葬身之地了。
“而且孙大人出任陕西巡抚后，也能控制一部分兵力，比如左光先对殿下一直崇敬有加，他是不可能跟着洪承畴来打殿下的。至于洪承畴那个师爷似有阴谋，殿下更不用担心。这世上邪不胜正，阳谋永远大过阴谋，殿下只要不断地壮大实力，奸邪小人自然无机可乘。”
朱由检听了顿有豁然开朗之感，兴奋地连喝了好几大碗茶水。接着二人又谈论起秦兵下一阶段的作战目标，以及如何快速壮大实力。李定国诚恳地道：“殿下倾力支持秦兵，每月军饷达数十万两，王府压力实在不小。屯田又远水不解近渴，因此末将闲时总在想，有个什么法子，既能快速提升秦兵的战斗力，又能尽量少消耗殿下的粮饷呢？”