朱由检的辽东攻略其实也很简单，用一句话概括就是：弃辽东、拒山海关、死守京师。
先说弃辽东，这是辽东攻略的第一步。说起来似乎简单，无非就是放弃宁远、锦州、大凌河等一切关外城池，将所有边军和人口撤入山海关内。这样做的好处朱由检早就想过了，既缩短了补给线，节省了大量的粮饷；又可将分散的兵力集中在关内，使后金军丧失打运动战、歼灭战、围点打援战的机会。
但这看似简单的第一步，其实也是最难的一步，因为这里面有两大极难逾越的障碍。首先是舆论，丧失国土这个骂名可太难听了，任谁也承担不起。这个时空的明朝官员基本上都是一根筋，只知拒敌于国门之外，根本不懂战略战术。况且朱由检刚说过“祖宗之地寸土不让”，现在若公然主动放弃辽东大片国土，大臣们该如何看他，会不会产生激烈的抵触情绪？
而对于老百姓来说，朝廷连年加派“三饷”，基本上都用在了辽东。如今关宁防线好不容易建起来了，皇帝说放弃就放弃，岂不让百姓寒心？
第二大障碍则是边军。朱由检深知像祖大寿、吴襄这样的将领，其实已经成了割据一方的军阀，他们完全是把辽东当做自己的地盘，把边军当成了自己的私军。他们麾下的士卒也多在辽东拥有土地和家庭，现在朱由检要他们退入关内，等于是剥夺了他们苦心经营数年乃至数十年的全部家当，一定会遭到强大的阻力。（ 稍有不慎，还可能激起哗变甚至投敌，后果不堪设想。
但是障碍再大，朱由检还是下定决心，一定要暂时放弃辽东。正所谓长痛不如短痛，虽然此举在短期内必然会带来很大的损失，可总比这么一直耗着，到最后全军覆没强。
这也是朱由检一定要亲自来辽东的最大原因，因为只有他这个皇帝，才有足够的权威震慑边军，让他们乖乖地撤退。至于舆论问题，朱由检打算制造一场“失败”，让辽东看起来不是主动放弃，而是战败丢失的，这样只需对负责将领稍事惩罚即可。反正明军在辽东是屡战屡败，再败一次也没什么稀奇。
辽东攻略的第二步是拒山海关，这和第一步也是紧密相连的。因为边军撤出来必然要先退到山海关，这座“天下第一关”却不能再放弃了。因为山海关不但离京师已经不远，更重要的是它濒临渤海，地势险要，是个极好的防御战场。
在这里朱由检决定采纳王在晋的方案，在现有关城外再筑一道重城。这样既可避免后金居高临下攻城的情况出现，也可以充分发挥火器的优势。
另外选择山海关做为防御的底线，朱由检还充分考虑到渤海的影响。后金军虽然骑兵冠绝天下，但完全没有海军；大明虽然水师力量也很孱弱，但好歹比后金强。如果皇太极真的兵临城下，明军完全可以将战舰行驶到关外的近海，从海上炮击敌人。这就是移动的炮台，还完全不用担心遭到后金军的攻击。
另外，用海运向山海关运送粮饷，也比陆运拥有更多的优势。陆运必须使用大量的人力，速度也慢，往往粮食还没运到，先被运粮的人吃掉一多半；海运却只要有风即可，占用人力少、运量大、速度快，在这个没有火车和汽车的年代，实在比手拉肩扛的陆运便捷太多了。
而之所以选择山海关，而不是同样临海的宁远或是其他什么地方，正是因为朱由检充分考虑到渤海的特殊地理和气候因素。渤海是内海，冬季大部分地区会封冻，包括山海关以南的天津卫等地都会结成厚厚的海冰，船只无法靠岸。而且后金军还可以涉冰而过，当年觉华岛就是因此覆灭。
可是在渤海之中，偏偏就有一个不冻港，那就是秦皇岛港，也就是现在的山海关。道理说来也简单，因为渤海南、北均有大河注入，北面是辽河，南面是海河和山东诸河，惟有山海关附近没有大的河流入海。淡水比海水的含盐量低，更容易结冰，因此山海关的位置可谓得天独厚，这样一个战略要地，朱由检当然要牢牢守住。
至于具体的守法，朱由检打算以经过改编的祖大寿部为主，尤其是李崇瑶一手带出来的关宁铁骑，应该是山海关守军的核心。这支部队不仅要守城，还应该可以随时出动，骚扰辽东的后金军民，让皇太极也尝尝“敌驻我扰”的滋味。
至于满桂、赵率教等部，则分驻于蓟州、宣府、大同等方向，因为朱由检知道蒙古人早晚会倒向皇太极，历史上后金军六次入关，前五次都是途经蒙古草原，从上述地区突破。朱由检并不指望满桂和赵率教能阻挡后金军，只要能起到个预警和迟滞的作用也就行了。而且没必要和敌人硬拼，只须死守城池，因为后金攻击的真正目标也不是那里。
辽东攻略的第三步，也是最为关键的一步，就是死守京师。因为朱由检经过反复盘算，认为对付八旗铁骑，再没有比京师更合适的战场了。
首先，京师对敌我双方都具有极其重要的政治意义。对后金来说，攻陷大明的都城，当然是个极大的诱惑，历史上皇太极第一次率军入关，正是直取京师，酿成“己巳之变”。
而对大明来说，京师也绝不容有失，因为这是皇帝和朝廷的所在地，沦陷就意味着亡国。故而只要有外敌攻击京师，天下勤王兵马就会云集响应，京师内的军民也会同仇敌忾，奋起杀敌。
对朱由检自己，这也正好