1945年，日本战败。 作为战胜国，中国在战后迅速派出使团赴日本，参与受降等有关事宜，著名考古学家李济先生作为使团高级顾问，负责在日本考察和索回被掠走的中国文物，而重中之重，就是查询和找回“北京人”头盖骨。
1946年3月，在东京，李济见到了驻日美国海军司令斯脱特。但是，斯脱特司令的回答却使李济十分失望：盟军司令部已经就中国政府此前的要求，根据报端的信息查问过日本政府，回答是，没有任何根据证明“北京人”在东京或者在日本！
原本白纸黑字的官方通讯社电讯，到了日本却变成了一团迷雾。这是日本人在捣鬼，还是美国人在掩盖？
日本外务省民间财产局，是二战后归还被侵略国物资的执行部门。在这份发给盟军总部民间财产管理组的报告上，日本外务省民间财产局表示，头盖骨化石并没有在日本被发现。他们同时还表示，1940年12月在秦皇岛及其周围驻扎的日本部队的相关资料已经丢失，该部队人员姓名和现在的地址不详。这样一来，中国方面通过调查驻扎部队来寻找北京人头盖骨的线索，就此中断了。
如果北京人头盖骨没有进入日本本土，莫非，它丢在了中国？
装载有北京人头盖骨化石的军用提箱，上面写着美军军医的名字。威廉?弗利，二战时期美国的军医，头盖骨出境的押运人，他是整个事件链条中最关键的人物。但他在哪儿？1940年12月8日之后，这个美国人就音信皆无。
30年后的1970年，一个叫威廉?弗利的人在《纽约时报》上发表了一篇文章：“12月8日，我在秦皇岛被日军逮捕，一周后被释放回天津租界，之后，我收到了从秦皇岛战俘营寄回的行李，以及应该装着北京人头盖骨化石的军用提箱。我打开自己的行李，发现被人动过。第二天，我就把其中的两只箱子送到天津的百利洋行和巴斯德研究所，而另两只则交给我平时最信任的两位中国人。”
根据这些线索，天津市公安局成立了专案组，询问了百利洋行天津分行和巴斯德研究所的所有老职员，得到的回答却惊人的一致：“提箱？什么提箱？我们从来没有见过美**医。”而在弗利所说的“两位中国人”则表示，他们的箱子里绝没有任何和化石乃至骨头相似的东西。
天津没有，那北京呢？
20世纪90年代，一名参加了侵华战争的日本老兵在弥留之际，透露了一段神秘的忏悔：头盖骨化石，就藏在北京城的中心。
老兵是日本“731”部队的上尉军医。他说，日军侵占北平不久就截获了“北京人”化石，并决定将化石继续放在协和医学院保存和进行研究，他被指定为护卫保管“北京人”化石的负责人。1945年日本失败后，他奉命转移化石，但由于已经没有运往日本的可能，决定先将化石掩埋：在秋天的一个沉沉黑夜，他把化石掩埋在了协和医学院正东、大约两公里，一个有着许多松柏古树的地方。为了日后识别，他还在埋藏地点旁的一棵松树干上，用军刀刮下一块长约1米、宽约20厘米的树皮。
根据这名老兵的回忆进行勘测定位，在广阔的北京东部，只有日坛公园符合“僻静、有许多古树”的条件特征。而更令人兴奋的是在日坛神道北侧不远的地方，人们的确找到了一棵被刮过树皮的松树，而且痕迹老旧。1996年6月3日，中科院与北京日坛公园管理处按协议进行挖掘，成果令人失望：下挖近三米，没有发现任何埋藏物。
时光飞逝，几十年中，与北京人头盖骨相关的人士相继辞世，多次调查无功而返，种种线索戛然而止。追寻国宝的下落，希望在哪里？
1972年，时任美国总统尼克松访华，开启了中美关系史上新的一页。除了在政治方面表示友好、经济层面寻求沟通以外，尼克松一行还向中方提供了一份特殊的礼物：二战中被击沉的日本“阿波丸”号沉没在中国海域的具体方位和装载货物清单。美方表示，希望和中国政府合作打捞“阿波丸”号。
“阿波丸”号上到底装了什么？根据美方在1972年送出的档案以及日本官方和民间友好人士提供的资料显示，“阿波丸”号上装载的物资竟然是：黄金40吨，价值10344万美元；白金12吨，约合5700万美元，工业钻石15万克拉，约3000万美元；还有各种纸币，宝石，工艺品等，价值难以估量！那么，在这笔财富当中，会不会包括日军从中国掳掠去的旷世珍奇呢？
1977年，根据**中央领导同志的批示，一项后来被确定为代号“77?13工程”正式启动，工程目标：打捞“阿波丸”号，揭示历史之谜。
同年5月1日，打捞组在福建平潭牛山海域70米水深的地方，确定并找到了“阿波丸”，初步打捞出的物品就很出人意料。除了资料记载的橡胶、锡锭等物品准确相符外，人们发现了伪满洲国内阁总理大臣郑孝胥以及郑孝胥之子郑禹的文物遗存。从这一点可以推论，中国北方的文物，确确实实在战时流落到了日本人手中，最后上了日本的船只。那么，经过层层保护装箱后的国宝北京人头盖骨化石，会不会也在这些文物当中呢？
从事件发生至今，对于“阿波丸”号往返航程中装载的货物清单、乘务员和乘客名单，日本政府从未提供过任何信息。为此，调查人员曾经走访过日本几个相关政府部门，但所得到的答复