因为要继续故事而扩大设定，但始终有着理想化的一面，可以说这是都筑现在的考虑？当然随着故事不断的发展，至少在事件中死去的人是越来越多了……
关于世界的体系运作，这里还是继续看看foce再不断修正推测吧
某个意义上，“世界”比起现实中的“国家”，更像是“城市、乡村或地貌群”级别的感觉。就这两话世界穿梭，再联系a‘s等动画场景，“世界”经常被以“地貌”来给读者留下印象，这即使是用现实来说也只有中小面积国家才可以。也许是交通技术已经到了次元级别之后，“地球村”的概念的具象化吧（扯远了）
以下是个人感情的一言，要是魔炮追求机构设定的“现实性”，也许会进一步削弱而不是增强其自身的独立存在的，虽然现在也有点不断的削弱的感觉就是。。。
圣王教会是否“假借”名义这一点目前也无法考究，毕竟创建圣王教会的人已经不存在了。然后你提到的信仰主体是教义，这一点似乎不太附合宗教的逻辑，宗教一般都是因为信奉某一个（或多个）神体，从而去遵守教义的，要说教会如何能得到那么多贝尔卡后裔的认同，这个恐怕也不尽其然，目前我们所知道的人数仅仅只有登场人物的寥寥，即使教会里许多工作人员也未必都是古代贝尔卡的后裔，所以在那个战乱时代究竟有多少人支持圣王教会，目前是很难确定的。同时，圣王很有可能是当时相对势力比较大的一个邦国，因此愿意追随圣王，以及后来圣王教会的人会比较多也是有可能的，而且正文中我还提到，教会极有可能是在圣王死后创立的，假设说圣王之死也代表着贝尔卡战乱时期的结束，那其他国家的势力很有可能被消灭得七七八八了，因此圣王教会能够独树一枝，成为古代贝尔卡残存的“唯一”大规模宗教团体。
当然，这一点也只存在于一个假设上，不过这里是有一个目前无法解释的疑点就是，圣王统一战争的主要矛盾是哪几方？如果说现在已经登场的圣王、冥王、霸王三家是参与了当年的对立的话，那现在他们之间的关系似乎太不合理了（当然这是剧情的需要），即使他们知道薇薇欧只是克隆体，这样的反应也相当地不合理。退一步来说，即使当时他们之间互相有从属国关系（假定另两国是圣王的从属国好了），但战争中的同盟关系很难真正地升华到这样的高度。在这一点上，我能想到的只有“不但薇薇欧是克隆体，另两个恐怕也并不是当年的王，而是后裔”。这或许也能解释伊克斯与艾茵哈特的年龄问题吧。
另外，我仍然还是对圣王在世时会有一个教会将圣王本人进行供奉这点表示怀疑，毕竟宗教这种东西拿一个活生生的人作为神明来供奉，只是增加操作的难度吧。至于地面总部，雷吉亚斯应该就是典型的鹰派代表人吧，也许他的那三个后台就是当年斗争的失败者（笑。
最后你提到的关于片中对“世界”的视觉感受，这个在大多数作品中都是这样的，要设定一个不存在的世界或国家，唯有用地貌和环境最容易让人从印象中加以区别。比如“炎热”、“寒冷”、“密林”、“城市化”、“沙漠”、“沼泽”等，这种跨度极大的变化会比名字更加深观众的印象。
而“世界”究竟是个什么样的概念，这个目前仍然没办法找到太好的佐证。
我前面说人数少，是指相对于整个古代贝尔卡时期的人口的话，即使有数千信徒的话，也只是当时人口的九牛一毛。假设说如果圣王并不是当时唯一有统治权的王，这一实事可靠的话（即当时并不是帝国时代，而是邦国的话），那很难想象大部分人愿意追随教会，如果说幸存下来的“大部分”人都成了为教会的信徒的话，我只能相信那是因为圣王一方的人活下来更多而已。再反推上去，会有这样的结果也很可能当时圣王的实力是凌驾于其他各国的。
当然，这必须建立在其他假设成立的前提下。而且我也认为应该还存在着与圣王及圣王教会站在反对面的古贝尔卡后裔存在的，比如说风云骑士，从现在来看他们和圣王应该并没有太大联系，而且他们现在在一定程度上为教会工作，也是因为教会更多地象征着贝尔卡，而不是圣王，薇薇欧的出现只是偶然，这一点我也是认同的。
“圣王女”的身份，我更倾向于她就是圣王本人，如果是王储的话称呼应该有所不同，而艾茵哈特是不是克隆体这个目前还不好说，所以这个问题我没有正式拿来研究，但我猜测应该不是，毕竟有两个克隆体的话似乎很没新意。
说到宗教的发源的问题，其实你举的例子和我的观点并没有太大矛盾，圣王教会是怎么起源的这点不是很清楚，也有可能在圣王在世的时候已经有这样一个组织，但是真正意义上转化为供奉圣王，并将其神格化一定是在圣王死后；同时也有可能是圣王死后才有人起意创立圣王教会的，这两者都有可能，而且都有一个共同点就是正式地成形肯定是在圣王死后。
至于最高评议会，如果说他们是坚决拥护管理局宪章，以魔法力量