凌霄在有熊部落附近的一座山上开辟了个临时洞府，平时无事，尽力教导轩辕和女娃。时间一晃就是十八年。
两年前，少典去世，轩辕继任有熊部落的族长之位，这一日，有熊部落来一人，手持赭鞭，背着一个竹筐，皮肤黝黑。正是游历洪荒的神农。
神农三年前将多年行医的经验和医理编制成书取名叫做《神农百草经》，此书一成，神农只觉心中空灵一片，心知大道已成，便四处游历洪荒，一边传授丹道医理，一边寻找自己的接班人。
直到今日，来到有熊部落，听说轩辕被人族圣祖凌霄收为徒弟之时，便知道轩辕十有八九便是自己要找之人。
叫人去将轩辕请来，轩辕得知是共主神农前来，急忙恭敬的迎接进部落之中。
屋内，神农见轩辕丰神俊朗，生的是一表人才，心中甚是满意。笑道：“听闻轩辕部落出了一位大贤，福缘深厚，竟然拜在圣祖凌霄门下，吾心甚喜，今日一见，果然名不虚传。”
轩辕谦虚道：“皆是师父教导有功，轩辕不敢居功，倒是听闻共主种五谷而饱天下，养六畜而兴天下，治丹药而医天下，乃是继天皇伏羲之后的又一位大贤，心中向往已久，今日得见，吾心足矣。”
神农与轩辕坐下后，因为一拜玄都为师，一拜凌霄为师，又都是天定三皇之一，互称兄弟，聊得甚是投机。
神农问了轩辕一些有关民生部落管理之事，轩辕对答如流侃侃而谈，时而发表自己的见解，不少见解让神农眼前一亮，久聊之下，发现轩辕果真学识渊博，便表示了自己的退位让贤之意。
轩辕心怀天下，也不推脱，二人商议三个月后，举行接位大典。
神农本来打算去拜见凌霄，却被凌霄传音告知三月后，自会相见作罢，回到陈郡，便开始安排传位之事。
三个月后，到了神农证道的日子，陈郡站满了前来管理的人族，高台上供奉着圣母女娲娘娘，圣祖凌霄道君，三清教主和天皇伏羲，凌霄身为轩辕的师父，又为人祖便赶了过来。
玄都是神农的师父，也站在高台上观礼，神农走上台，忽然间天光大亮，一架有九匹龙马所拉的辇车自天外飞来，一声朗笑自撵上传出：“这些年来辛苦皇弟了，如今皇弟证得地皇道果，真是可喜可贺啊。”
凌霄和玄都听得清楚，知道是天皇伏羲来了，神农一见是天皇伏羲来了，急忙迎接，一番见礼之后，玄都大法师取出三清符诏朗声念道：“奉玄门三清天尊敕令，人族共主神农自接任人皇以来，天下大治，务利至己矣，不望其报，不贪天下之财，而天下共富之；不以其智能自贵于人，而天下共尊之。今可得道，飞升火云宫，当历无量量劫不灭！另着人族公孙轩辕继位。”
神农拜了三拜，双手接过三清符诏，与轩辕一起登上高台，拈香拜了三清女娲和凌霄三拜，朝下方人族高声道：“神农自自成为共主以来不敢有丝毫懈怠，天幸如今下任共主已出，神农也可放心离去，今日神农禅位，天下共知！”言罢从袖中取出人皇至宝崆峒印，又摘下头上的九龙星辰冠，捧着来到轩辕面前，表情严肃地说道：“轩辕，今日我把人族的未来交到你的手中，你定要将我人族带领壮大，莫要辜负了圣祖期望！”…。
轩辕带上九龙冠，双手接过崆峒印，举过头顶，朝三清拜了一拜，跪倒在凌霄身前高声道：“今日轩辕接掌大位，必不负师父教导，不负地皇所托，望天佑我人族。”
这时，天边飞来一片巨大地七色功德霞光，一分为三，八成落在神农身上，神农立时证了地皇道果，身显五色霞光，直冲天际，仙音阵阵，金莲乱涌，修为瞬间突破大罗金仙。
一份约一成左右的功德落在玄都大法师身上，乃是有感玄都大法师教导人皇有功，以示奖励，功德临身，玄都大法师立时突破到了大罗金仙中期。
还有一成一份为二，涌入赭鞭和造化鼎中，成为两件功德圣器。
神农上了玉辇，转身对轩辕笑道：“皇弟，自此人族就交给你了，吾与复习皇兄在火云洞内候你。”说完朝凌霄和玄都拱了拱手，与伏羲大笑着乘辇往火云洞而去。
自此，轩辕接受人族共主之位，只是轩辕出生之时，正逢魔星降世，北斗冲七煞，自身沾染杀气，出生以来好武成风，不像前两代人皇一般以仁义治天下，且此时洪荒之中部落林立，人族四分五裂一盘散沙，轩辕身负一统人族的大任，注定要在将来掀起一场腥风血雨。
轩辕接位之后，凌霄带着女娃回了瀛洲岛，传授女娃修炼之法，自己却回了天霄宫中，继续炼器。
人族有一部落名唤九黎，部落中人大多是巫族和人族所生，天生好战，体能强盛，部落之中有一人名叫蚩尤，能征善战，乃是九黎部落的第一高手兼族长。
在多年的打猎厮杀中，巫族血脉觉醒，成了巫族新生的大巫，蚩尤巫族血脉觉醒之后，想到远古时期巫族的荣光，不愿看到巫族被弱小的人族统治就此落寞，便开始行走洪荒，寻找那些觉醒了巫族血脉之人。一时间，还真被他找到了不少。
共八十一人，蚩尤与他们结拜成兄弟，蚩尤也知道天道之下，人族当兴，但是却不惜看到人族骑在巫族的头上，苦思之下，决定以九黎部落为根基，统一人族。
借人族的汽运重兴巫族，此乃人族内战，想来那些圣人也不