在蔡锷的倡导之下，首先确立武装反帝制、反袁世凯的方针，随后便是筹划建立统一的反帝制、反袁世凯的军事指挥系统，也就是联合所有西南军阀的部队组成护国军。而在廖仲恺的建议之下，西南诸省在组建护国军的同时，还要成立护国军政府，确保在政治上能占据一席之地，并且给所有反帝制的地区提供指引和依托。
所有相关细节和文件筹备，都在会议进行期间陆续完成。
等到会议结束之时，许多基础工作基本上都已经完成。昆明的几位大商户捐出了一栋大楼，用作护国军政府的办公驻扎地。在唐继尧、刘显世、任可澄以及孙中山、廖仲恺等人的举之下，由蔡锷出任护国军政府大将军，执掌护国军所有军务。
蔡锷随即马上着手对西南诸省各路军队进行整编，定制护国军相关章程和番号。
护国军政府这边则在蔡锷忙于军务之际，又立刻举行了一次选举会议，决定尽快确定军政府的首脑人物。对于西南军阀而言，他们心中所属意的人是唐继尧，不仅是因为唐继尧与他们的利益更为贴近，再者在整个西南诸省当中目前就属云南最有实力，给唐继尧和蔡锷都扣上大帽子，此二人自然要承担更多的责任并且投入更多的本钱。
然而中华革命党和西南诸省的资产阶级革命派，以及一些社会贤达，大部分却是希望能够拥戴孙中山出任军政府的首脑。蔡锷掌武，孙中山掌文，双方都能最大化调动和发挥反袁、反帝制的声势，简直是在合适不过。[
相反若是让唐继尧出任军政府首脑，那整个护国军和护国军政府全部都是滇系掌握，纵然其他几个省没有什么怨言，但就整个大局观而言肯定还是欠缺一定火候。更何况，也并非所有西南军阀都拥戴唐继尧，像四川熊克武和湖南谭延闿二人都是对唐继尧颇有不满，于是声势上自然还是支持孙中山。
军政府因为这件事发生了一定争执，让原本本来很效率的局面一下子陷入了僵局。
恰恰在十一月八日这天，中华革命党人陈其美率领一支革命军在上海策划并发动了一场起义，也就是被后世国民党大肆吹捧的“肇和舰”起义。
实际上“肇和号”起义只是一次规模很小的行动，即便是“肇和号”也是当时驻守上海海军当中型号很落后的炮舰，不过其吨位有两千六百吨，在近代中国海军中算是比较大的军舰了。而真正是因为这次行动有蒋中正参与其中，所以才被后世的官方喉舌大肆渲染，变成一次“似乎很有影响力”的起义行动。
如今历史已经发生改变，此次“肇和舰”起义的情况也同样有变化。因为在行动过程中革命党人因为歪打正着，不小心点燃了军舰的药库，引发船体剧烈爆炸而严重受损。同样因为这次爆炸，导致十多名革命党人与二十多名海军官兵阵亡。事件立刻在江浙一带引起广泛讨论热议，也因此促成了中华革命党的名声影响力传播更为广泛。