1521年，查理主持了在沃尔姆斯召开的帝国会议，通过了著名的沃尔姆斯法令，目的在于谴责马丁?路德，而马丁?路德对此毫不理睬。查理经常集中精力处理其他国事，尤其是奥斯曼帝国入侵匈牙利一事。这样，奥地利大公斐迪南就不得不出面应付棘手的奥地利新教。
新教不仅在民众中不断壮大，最终引发1525-1526年的德国农民战争，在维也纳大学和贵族中也颇有势力。
对查理誓言要守护的天主教信仰更大的威胁时1526年的一个消息，说天下无敌的土耳其大军在伟大的苏莱曼一世指挥下，已向匈牙利边境进发。这次苏莱曼退兵了，但三年后他卷土重来，志在攻克维也纳。他的军队到了城下后，只是简单的交了几下手，之后就扎营包围了整个城市，并给城内军民送去口信：“第三天我们要到城内吃早餐。”
土耳其士兵把战壕向前推进，在城下挖地道，埋地雷。如果维也纳失陷土耳其人无疑将长驱直入。然而，几天过去了，几个星期过去了，情况却没有什么变化。维也纳城防司令渐渐有了信心，告诉土耳其军队：“你们的早餐快凉了吧！”那时天气正逐渐变冷，土耳其人比拿破仑更清楚，在离家700里的冰天雪地，要养活一支大军谈何容易。随着冬季第一场雪的来临，土耳其人拔营返回。
即便如此，到1555年查理还是下了台。土耳其人和法国的威胁，加上日耳曼各君主利用路德派瓦解整个帝国的中央集权，这些使他渐渐丧失了统治全国的*。
他把尼德兰和西班牙王位传给儿子腓力二世，而把帝国和奥地利留给了弟弟斐迪南一世，退位到修道院去了，成了神圣罗马帝国有史以来第一个退位的皇帝。而哈布斯堡王朝正式分成了西班牙哈布斯堡王朝和奥地利哈布斯堡皇朝 两个支系。
正当反宗教改革运动在西班牙境内进行的虽说不是野蛮疯狂。但也如火如荼。在维也纳的帝位继承人马克西米利安二世 对新教徒倒是颇为容忍。一名大使曾评论说，在奥地利“很少有人问你是天主教徒还是新教徒”。这种相对的平静一直持续到1618年，最终被布拉格一次既非第一次，也非最后一次的政治纷争所打破，结果是空中飞人，发生了暴力事件。
这次事件的牺牲品是两名罗马天主教的帝国公使，他们前往布拉格与新教领袖会谈。然而，谈判越来越僵，战火不断升级，最后。两名着盛装的公使被离地面60英尺的赫拉德恰尼城堡的窗户上仍了出去。
他们设法用指尖勾住窗户边缘，但在重击下，被迫松手。他们惨叫着掉了下去，但幸运的掉在了粪堆上，得以逃回维也纳报告所受的侮辱。这件事导致了三十年战争，战火蔓延整个欧洲，真是史无前例。与之相近的大概只有后来的拿破仑战争或者是两次世界大战。
这五花八门争论的背后，新教徒与天主教徒斗争的实质是哈布斯堡家族和法国清算旧账，并且一直拖延到有关人士都精疲力尽为止。
三十年战争结束后，哈布斯堡家族的命运传到了14岁的喧王手里。
他还在保育室时，就曾用积木搭成礼拜堂，并装成神父做弥撒。给他的耶稣会老师留下深刻印象，但他个人素质却没有这么有魅力。
年轻的利奥波德一世发育不全，弱不禁风。奇丑无比，牙齿几乎都掉光了，高度近视，然而，这位多病的年轻人发愤图强。成为奥地利历史上统治时期最长的君王之一。
同时抗拒有史以来两个最狡诈的对手，法国的路易十四和土耳其宰相卡拉?穆斯塔法。使奥地利成为当时欧洲强权之一。
利奥波德早年大都在例行公事，他的耶稣会顾问因此疏于指导反宗教改革运动。他自己两次曾从匈牙利新教徒和土耳其人送来的有毒的鸽肉派中死里逃生。
1769年维也纳瘟疫蔓延；路易十四一直对奥地利虎视眈眈。 1682年，哈雷彗星划过了天空，预示着特殊的事情即将发生，而利奥波德对此还不清楚，“上帝啊，不要再让我做坏事了，”他写道“我知道自己罪孽深重，现在该是赎罪的时候了，上帝已经动怒，我们都看到了彗星，虔诚的人们都清楚，这是在告诫我们赶快赎罪，在我们为新犯的罪过接受应得的惩罚之前?” 上面提到的惩罚是有卡拉?穆斯塔法施行的。
他宣称，除非他的马都养在罗马圣彼得大教堂的圆屋顶下，否则决不罢休，为此土耳其10万大军开始了横越巴尔干半岛的长征。
到1683年7月，土耳其大军离维也纳只有几小时路程了，人们陷入恐慌中，不知所措。卡伦贝格加尔默罗会修道院的熊熊大火告诉人们，土耳其军队已兵临城下。
农民们涌入首都避难，贵族们却倒乡下逃生。利奥波德被臣民们围住，恳求他不要走，他哭着上了马车，还不忘伸出一只手让众人吻别。宫廷的侍从，佣人都急着逃出城堡，没有人想着去关大门了。
维也纳留下的六万民众，全靠一支二万人的步兵和武装民兵来保护，虽说备有大炮，但效果如何却未经过检验。维也纳三面有城墙，最有一面有护城河天然屏障，过桥在土耳其军队来之前已经拆毁。
帝*队（如果还能这么称呼的话）由利奥波德的姐夫，洛林的查理公爵率领，驻扎在多瑙河上游。幸运的是，波兰国王扬?索别斯基意识到维也纳失陷将会打开通往波兰的大门，于是主动出兵相助